在2080年的現在，全球的科技已達到了一個全新的高度，由馬博士研發的太陽能“天幕”，使一些需要特殊治療人羣能夠仰賴着高科技太陽能“天幕”籠罩着才得已有生存空間；同時由於太陽能替代石油、煤炭等能源，世界各國從此不再爲此紛爭，而這項技術是由馬博士研發而成，因此****們爲了謀取鉅額的能源利益，準備在展示太陽能“天幕”之時刺殺馬博士；因此，保護能源技術發明人人身安全之重任，就落到了防衛軍身上。 在緊急會議上，大艾總監調出了由奇俠潛入恐怖組織中得到的襲擊馬博士的恐怖組織人員名單資料，交給了所有人，讓他們事先摸清敵人信息。當隊員們看着眼前旋轉銀幕上的刺殺者形象與資料時，都有一個感受，阿敏說出了這個想法：“這些都像是由人類改造成的昆蟲型半機械人嘛！看起來很恐怖哦！”這時隊長翔問了個問題：“總監，我們該怎麼做？”接着，大艾將人員分配名單發佈到每個人手中的聯絡器中後，說道：“我已將任務分配情況發到你們的聯絡器上，散會後馬上去落實。還有，奇俠，你也跟阿敏一起去。”在一邊喝水的奇俠也點了點頭後說：“OK！沒問題。”於是，散會後，各個人員馬上前往京都科技中心進行安排與分配工作；當阿敏坐上自己的飛機時，奇俠也上來了，阿敏一看：“你爲啥跟我？自己不會騎車去？”奇俠想了想：“好像其他人都需要帶着重要人物去科技中心，看來看去就只有你這裡比較空閒，所以就上來了；再說，我騎車去也行，就是慢了點，不過你覺得那些警衛會讓我進去嗎？只能跟你進去嘛！”阿敏嘆了口氣，駕機出發了。
科技中心內，所有警衛人員和安保人員集中保護着展示大廳，尤其是十點鐘之時，馬博士站的地方，以及撤退時的安全通道；一邊，奇俠正守着阿敏一起查看所有可能出現****的地方和行進路線，這時奇俠插了一句：“別忘了或許會從地下鑽出來哦。”這時候，已經在飛機上受夠奇俠囉裡囉嗦地講話聲的阿敏，終於爆發了，使勁在奇俠耳朵前吼道：“你給我住嘴！別以爲你在防衛軍裡有親戚我就不敢動你！再吵照樣把你滅了！！”幾句話結束時，周圍的人愣了幾秒鐘，奇俠直接暈過去，暈前感嘆自己還好沒娶她做媳婦，之後，發愣的人又開始戒備了；過了幾分鐘後，奇俠暈暈乎乎得起立，開始去找點事情做做了，不過還是遊蕩在阿敏附近。 防衛軍基地中，大艾叫住然然：“然然，你回家去看看小利和小光吧！這次任務，你就別去了吧。”然然愣了一下，回過神來反問大艾：“爲什麼每次都這樣？一有特殊狀況，都不讓我去做呢？也僅僅就是那次對抗合體怪獸的時候幫過你。大艾，我是你妻子沒錯，但我也是你的戰友，一起旅行的夥伴，別再自己一個人承受了，好嗎？”這時，大艾終於下定決心，說：“那好吧，一定要活着。”然然點了點頭，去做準備了。三十分鐘以後，RS戰機降落在了科技中心，大艾和然然下機後也來到了現場，準備隨時站在馬博士身邊保護其安全。
終於，太陽能"天幕"終於在馬博士與市長的合力下開啓了！就在打開天幕的一分鐘後，大地震動了，全體警衛與安保人員緊急行動，在會場中心地底下鑽出一個巨大錐形鑽鑿機器並開始打開時，開始迅速有序的保護馬博士和市長離開，同時也在裡面的半機械人出來後，開始進攻對方了。在馬博士和市長坐着專機緊急離開並前往防衛軍後，所有人開始全面進攻；但進攻對半機械人毫無效果，卻無人退後。在警衛開始銳減時大艾下令所有人撤出中心，示意跟隨一起來的昆金、錫東、阿勝、大河、雷韓、奇俠及阿敏開始對抗半機械人，當看見然然也前去對抗時，大艾也參戰了，剛好與前來的九個半機械人數量一致。這時，大艾將靈力石化爲聖士之槍將那個飛在空中並企圖去進攻然然的那個名叫卡豹的蝙蝠型半機械人一槍爆的什麼都沒剩下後，昆金他們分別將刺蝟型半機械人、螳螂型半機械人和蛇形半機械人用自己特有的光槍一一擊爆了，唯有他們的老大——死神一號卡龍，以及卡龍的妻子——死神二號斐娜暫時無恙；當卡龍看見自己的弟弟卡豹死於大艾的手中，右手機械手隱藏的槍對準然然，一槍擊出，將然然擊中後企圖逃走；大艾親眼看見然然倒下那一幕，直接飛躍而去，在然然倒地前扶住瞭然然，使勁喊：“然然！然然！！”在呼喊多次無迴應時，大艾憤怒了，化爲風狄企圖抓住轉入地下的高速旋轉的錐形鑽鑿機器卻失敗了，又變回了大艾而絕望的倒地了…………
夜晚，大艾無力的坐在天台上發愣，已經不知道該怎麼做了；這時候，阿敏來到天台看着大艾這麼失落的樣子，也於心不忍，上去了，從身上取出一樣東西說道：“總監，助理還有救，只是需要時間。”大艾聽過後，稍微有些震驚，不過他想起來了一些事情，說道：“我也知道是什麼，這是太陽生命結晶，在整個宇宙中，這種結晶所存在的數目絕對不會超過十顆；只要使用了，最多隻需要一天就能起死回生了。雖然你是太陽的女兒，你父親也僅僅只給了你一顆，這樣做不好吧？”阿敏笑了笑：“這沒什麼，助理平時也經常照顧我的。對了，總監，聽說那個卡龍最近有所行動了，正在進行一個透過時空倒轉的技術，準備帶領一批用未來技術改造的半機械人，其實也就是帶斐娜一個人，回到馬博士的小時候，想要刺殺馬博士......你知道什麼是時空倒轉的技術啊？”大艾說：“還記得我發明的時空穿梭機嗎？跟着原理一樣。”說了後，大艾站了起來：“既然卡龍想殺死小時候的馬博士後改變歷史，那我也要回道過去將其消滅。阿敏，然然拜託了，或許這一走就回不來了，但是一定要讓然然活過來。”阿敏答應了下來後，大艾迴去準備了。這時馬博士也找到大艾總監，一面對然然的死有所愧疚，另一方面對大艾說道：“關於****回到過去的行動，想必總監已經知道了？”大艾點了點頭：“是的，我準備也要回到過去，一面找到小時候的馬博士你，另一方面，徹底打倒卡龍他們。”這時候，隨同一起來的市長對大艾說：“那時候的馬博士十五歲，就讀於京都小學五年級四班，所以，一定要準確的抵達那個時代，否則後果就難以估計了，或許就回不來了。”大艾想了想後說：“這個自然。馬博士，市長，我現在就準備出發了，一切交給我。”之後送走了馬博士。
三十分鐘之後，大艾來到了時空穿梭機前面，作戰室成員，以及與自己一起從宇宙間來的夥伴們站在那裡，爲自己送行，只有然然不在；這時，阿敏告訴大艾：“總監，助理只要三日就會醒來的，放心吧。”大艾點了點頭：“我走之後，基地裡就拜託各位了。”這時候，阿勝和奇俠來了，交給大艾一個設備：“總監，這裡面是你要的東西，絕對的真貨；還有，我把奇俠大叔帶來了，你們兩人加油啊！”大艾接過來後，就登上了限二人使用的時空穿梭機，啓動工作完成後，用傳話麥克告知：“時空穿梭機即將啓動，請周圍的人員馬上離開，以免影響行動。”隊員們離開後，來到了作戰室觀察；這時候，時空穿梭機啓動了，兩側的巨型時空輪飛速旋轉，直至整個機器消失在隊員面前。 時空隧道中，時空穿梭機飛速前進，向着設定的那個六十年前的時代前進了；這時候奇俠感嘆：“老大的東西就是不一般，這麼好！”大艾這時候打開阿勝遞過來的設備，隨後化爲了一個十五六歲的女孩子，這是由特殊生化材料製作而成的學習型生化機器人，外形及模樣，還有說話方式和行爲方式皆與人類極度相似，爲得更好的在學校中尋找馬博士；這時奇俠問道：“老大，你就這麼的把她弄出來，不好吧？我們要怎麼執行任務啊？”大艾笑了笑：“放心。前往少年馬博士那裡，有兩條時空隧道，一個比另一個早三年。我們去三年前的，這樣就有更多的時間了。 還有，以後你就是這個女孩的叔叔，我就做老爸，這樣方便一些。”奇俠點了點頭同意了。 時間來到了少年馬博士生活的67年前，地點位於北京的八達嶺附近，時間爲深夜凌晨兩點，突然出現了巨大的時空能量，一艘時空穿梭機出現在地面上，機艙門打開後，大艾、奇俠以及那個叫琪琪的生化女孩一起走了出來，之後，時空穿梭機轉化爲膠囊出現在大艾的手裡，三個人就出發了。
時間來到了三年之後，這時候的大艾與奇俠已經成爲了這個時代的刑偵支隊的巡查組骨幹，一方面爲了不引人耳目，另一方面能跟好的尋找少年馬博士；而跟他們一起來的琪琪，現在正就讀於京都小學五年級，只是這時候依舊沒出現與馬博士相關的資料信息，不過最近琪琪回來時說了一件事情使大艾、奇俠兩人比較重視，她對大艾說：“爸爸，最近我班上的那個霍金華同學又被老師罵了。這三年在學校沒少給老師批評，原因總是他經常做惡作劇。”之後回房間做作業去了，這時，大艾決定查查這個霍金華的資料看看。 誰知第二天，琪琪的同學霍金華想着報復一下琪琪，決定和另一個同學博士準備拍拍琪琪的老爸出醜的樣子，就尾隨在琪琪附近，以便拍攝；當兩人在偷笑時在執勤結束候準備去接琪琪回家的大艾，遇上了自己的同事正準備執行任務，琪琪正好在那裡等着。當琪琪被劫持走時，大艾和奇俠看見後，大艾尾隨着歹徒來到天台後，一個歹徒一下子拔出槍想大艾進攻時，結果打了五發都沒打中，一擡頭，大艾已經來到他面前了，說道：“槍法太菜了。”當再次開槍時，結果沒子彈了，大艾明白了：“勃郎寧手槍，五發子彈，彈盡之後，彈夾不脫落槍管不跳鏜，若是我，會在開槍之後數數還剩幾顆子彈的。”一拳擊飛這個歹徒，其餘的歹徒一見這情況，紛紛進攻，結果被大艾一拳一個的解決了，順便暫時弄暈了琪琪；之後，等同事們來的時候，大艾故作剛從地面起來，說自己也不知道怎麼了，就一起回去了。 這時候，在一邊拍攝的霍金華和同學都驚住了，決定以後拜大艾爲師，就偷偷離開了。
第二天，大艾在單位解釋了後就沒什麼事了，直接回到了崗位上繼續工作着；娥姐看着大艾坐在那裡，心裡似乎有一些說不清楚的想法。
這時候，同一小組的小馬哥從後面經過，說了句：“喲！又在看他啊！不如去問問咯！”把娥姐驚得慌了神：“額…………不要啦！再這麼說就把你那時候唱歌的事情跟別人說！”小馬哥馬上投降了，說道：“行啦！自己的事情自己去說啊！人家都過來了。”說着就走了。
果然，大艾過來了。見娥姐和小馬哥在談論自己，就問了句：“怎麼了，兩位？”這時候，小馬哥說：“沒，娥姐說是找你有點事情，我先走了。”不過，小馬哥走了後，娥姐又是不知道怎麼說，總是有話不好意思說。
大艾明白了，在娥姐終於準備說的時候，及時制止了她：“額，我還有事，先走了啊！”說着，朝着大門口走去！
開汽車接琪琪從學校回來的路上，回來的路上，大艾陷入了沉思之中；來到這個時代尋找死神，決不能允許歷史中多了他和奇俠這兩個人，也不能讓這個時代的人愛上自己，否則歷史就會徹底改變；因此，剛剛大艾制止了娥姐說那些話。
就在這時候，從邊上出來的兩小孩擋住了他，大艾剎車之後一看，暗想：“耶，這不是琪琪說的霍金華嗎？難道找我有事？”當他們走進後，大艾故作不知道的說：“你倆這是幹嗎？劫持警察？？”這時，他們兩個一笑，雙雙半跪之下後叫了一聲：“師傅！收下我們吧！”大艾一看，問明原因後問：“你們沒有對別人說吧？”霍金華說：“這一秒鐘之前，就我們幾個人知道。”大艾想：剛好可以藉此機會查查是不是少年馬博士。於是乎，大艾開始忽悠了：“那好吧，既然你們願意加入我超人門派，那我就收了你們，不過要準守第一戒律，這是最重要的，不能讓人知道我們是超人。”他們會心一笑：“師父，知道了。”大艾又半開玩笑的說：“若被人知道，就點了你們的白癡穴！”他們拼命的點頭，這是做後面的琪琪嘆了口氣：“兩白癡，不用點就是了。”這把二人說的不好意思了。 三日後，大艾感到了，死神一號卡龍和死神二號斐娜終於來了，心想：看來他們是從第二條隧道來的。對身邊的奇俠說：“看來，決戰之日到了。”奇俠點了點頭：“是啊。”
這天晚上，大艾的行政組長去一棟大樓救人，需要就的是霍金華的母親，年紀輕輕的就被拋棄了，想不開而跳樓；組長好心相救，結果還是跳了，組長藉機跳出去抱住了她，正好大艾在使勁拉着繩子，盡力不讓其掉下去，組長向上面喊道：“我說大艾啊！千萬別鬆手啊！”大艾朝邊上喊：“奇俠——來幫忙啊——這是七樓啊——”奇俠急忙過來，最後雖然救了下來，大艾和奇俠也被人慢慢扶了下來，一起來的刑偵隊員娥姐過來笑着說：“哈哈，你們二人雖然做的不錯，不過卻成全了我們的馬組長，你們真行。”這時候，奇俠才發現並說：“我明白了！只要姓馬，就是馬博士了。”大艾笑了笑，走了。第二天，大艾與奇俠在遊樂場和卡龍與斐娜相遇了，仇人相見，分外眼紅；卡龍怒道：“殺我兄弟的就是你！今日讓你血債血還！”大艾笑了笑：“那你殺了我老婆，這要怎麼算？”雙方終於第一次交鋒了。卡龍與斐娜真正合體並巨大化了，使周圍的羣總驚恐不已，時常有人喊道：“快跑啊！怪物來了！”都散開了。刑偵組的人都來了，娥姐也來了，這使大艾不知怎麼辦纔好，不過沒辦法了，對奇俠說：“帶大家走，這裡交給我。”奇俠應了下來，招呼大家走了；當大艾示出靈力石準備變身時，還在身後的娥姐叫住了他，接着不可思議的問大艾：“大艾，告訴我，這是怎麼回事？你究竟是誰？”大艾迴過頭看看娥姐，想了想後說：“我是來自未來的戰士，別的，等我打到他們就讓你知道，先幫我找到霍金華，他，不能死。”就時靈力石發光了，在娥姐面前化爲了風狄奧特曼。第一次交鋒，風狄暫時震退了死神，不過娥姐被大樓的磚塊撞暈了，因此風狄無法去追擊死神了，暫時化爲了人類，背起娥姐回到大家面前。
當娥姐醒過來後，大艾和奇俠才說出了自己的本來身份以及目的；這情況引起了所有人的重視，因此都加入了搜尋死神與保護霍金華——現在應該是少年馬博士的安危任務了。這時已經是深夜了，霍金華來看看自己的師父和現在的父親的同事了。見到大艾時，霍金華說道：“師父，聽琪琪說，你們要走了？”
大艾看着他說：“是啊！只要打倒敵人就行。霍金華，哦不，應該是馬金華，從現在起，要好好聽父母的話啊。”琪琪說：“我們以後應該會回來的，想我們的話就認真學習就行，以後我們還會見面的。”
馬金華重重的點了點頭，大艾又說了一件事：“金華，要記住，世界上沒有超人，只有科技，知道嗎？”馬金華包住大艾：“師父，我答應你，一定好好學習！”
就在這時，死神再度出現了，奇俠先行出戰，化爲了金剛龍奧特曼，抵住了敵人；這時，大艾推開馬金華，示出靈力石時，娥姐叫住了他：“大艾，謝謝你，與你相處的三年裡，我發現自己已經……”
就在娥姐就要說出來的時候，大艾打斷了：“對不起，請別說出來。歷史上不能多出我和奇俠這兩個人，否者未來就會被改變的。我們可以死，但馬博士不能死；娥姐，只要能活到我的那個時代，我們，就還會再見面了。”靈力石發出了光輝，大艾消失在大家面前，一道光彈開了死神之後，風狄奧特曼出現在大家面前，對金剛龍說道：“兄弟，保護好馬博士。”
風狄終於面對死神了。風狄指着死神說道：“你，殺了我妻子，這個仇，必須報！”衝上前去，死神也衝上前了。雙方相互抵住，大地劇烈震動了，死神掙脫開來後飛向天空躲避，風狄正有此意，也飛向天空追擊而去；這時，金剛龍在剛纔的戰鬥中受了重傷而趴在了地上，大樓裡的馬金華一驚，跑到窗前對着地上的金剛龍喊：“奇俠師父——千萬別死啊——”
這時，他收到了來自於金剛龍的心靈感應：“放心，我一定會活着回去，見阿敏的。”金華一愣，明白了，“嘿嘿”的笑了兩聲。
這時，天空中風狄、死神雙方發射出最強絕招對上了，不分上下，發生了巨大的衝擊、但風狄使它僅限於空中；這時，但爆炸還未消失時，風狄向醫院大樓中、娥姐所在地看去，對她發出最後的聲音：“再見了，娥姐，我們，未來見。”娥姐默默地流淚了。
這時，金剛龍也消失了，化爲奇俠後靠在了醫院大門前，琪琪在邊上坐着；就在這時，空中傳來了死神死去時不屈地怒吼聲，是風狄藉助爆炸，使勁的穿過了死神的身體後，殺死了敵人。大艾走了過來後，說道：“我們走吧。”就叫出了時空穿梭機，準備登上去了。
這時，所有大艾和奇俠的朋友們都來了，只是，大艾和奇俠就像不知道似得，啓動了穿梭機，消失在了衆人面前；娥姐默默地祈禱：“大艾，我們60年以後再見面。”
回到了大艾他們原本的時代後，全體隊員都來接他們了，這使時隔三年之後的相遇；不過，大艾沒有見到然然和小利、小光，急忙去找，卻在人羣后面，發現瞭然然在對他微笑，小利和小光在一邊看着跟爸爸一起回來的琪琪，大艾迴過神來，說着：“這是小勝那時候給我的設備形成的女孩子，以後就是你們的妹妹了。”三個小朋友自己去玩了，這時，大艾緊緊抱住瞭然然，生怕再失去她，直到聚餐時才慢慢鬆開了。
接下來的一陣子，大艾時常去一個養老院看一位老人，時常聽她說着自己年輕時的愛情故事，大艾知道說的是自己；在這位老人的名字卡上寫的名字是：娥姐…………