鄭芝莞夜以繼日地在海上搜尋幕府的海軍，一直到八月份，鄭芝莞才終於在瀨戶內海偶遇了幕府的海軍。在這之前，鄭芝莞曾經有幾次抓住幕府海軍的機會，但都非常不幸地錯過了。在搜尋數月毫無結果的情況下，鄭芝莞將艦隊分成了三部分，在海上繼續搜尋幕府的海軍。
而鄭芝莞將海軍分成三部分之後，幕府的海軍覺得機會來，經過這段時間的發展，幕府的海軍實力成長極快，而鄭芝龍由於劉香等人的出走，實力大爲削弱，雙方的實力此消彼長。現在鄭芝莞又將海軍分成三部分，這就使得幕府的海軍認爲他們並不弱於三部中的任何一部，但實際上他們有一個致命的弱點。
“傳令，此戰獲勝，每人賞銀元二兩，燒燬賊兵一艘船隻賞銀元兩百兩。”鄭芝莞下令道。
“萬勝，萬勝！”九州海軍高呼道。
這次幕府的海軍並沒有退讓，而是主動向九州海軍靠攏。
“立刻搶佔上風。”看到幕府的海軍在靠攏，鄭芝莞下令道。
鄭芝龍的海軍幾乎都是海盜出身，他們長年在海上縱橫，已經形成了一套固定的戰法，在歷史上他們曾經使用這套戰法在料羅灣海戰中擊敗了荷蘭海軍，控制了整個臺灣海峽。而東瀛人不同，長期的閉關鎖國使得東瀛的海軍極其缺少實戰經驗，作戰全憑着一股勇氣。
看到鄭芝莞要搶佔上風口，松浦久信立刻也發動海軍跟鄭芝莞爭奪上風口。松浦久信原本是平戶藩的大名，但在顏思齊統一九州島的時候，他逃到了江戶，成爲了幕府海軍的統帥。平戶藩以水軍聞名東瀛，松浦久信應該算是東瀛最熟悉水戰的將領之一，但是松浦久信實際只是個六萬五千石的大名，可見松浦久信統領的水軍也就是隻有近海作戰的能力。
“開炮！”鄭芝莞下令道。
九州海軍一開炮，幕府的海軍立刻展開了還擊，雙方一邊炮擊一邊搶佔上風口。但明顯松浦久信的位置更好，他首先搶到了上風口。
東瀛海軍雖然購買了荷蘭的戰船，但是在戰法上依然沒有太大的改變，松浦久信搶佔上風口的目的就是爲了迅速靠近九州的海軍採用跳蕩的作戰方法近戰。
看到松浦久信的戰法，鄭芝莞也是楞了一下，他立刻下令道：“放火船！”鄭芝莞搶佔上風口的目的就是爲了放火船。
九州的海軍的戰法也很簡單，在九州海軍中，大炮的作用就是爲了掩護火船的，利用火船擊潰敵軍。在歷史上，鄭芝龍跟荷蘭人交戰基本上有一招是必用的，那就是放火燒敵軍的戰船，而且這一招，他是屢試不爽，荷蘭人在鄭芝龍這一招吃盡了苦頭，後來荷蘭人也學了這招對付西班牙人和英國人。
但實際上這一招有很大的弊端，在歷史上，鄭芝龍和荷蘭交手無數次，勝率極低，但是鄭芝龍贏了兩場最關鍵的海戰，尤其是料羅灣海戰，鄭芝龍與明軍配合，一次性放了一百艘火船，鋪天蓋地的火船，燒得荷蘭人摸不著北。
現在松浦久信居然向九州海軍靠攏，鄭芝莞立刻放出了十幾條火船。松浦久信也知道九州海軍有放火船的習慣，但他並不知道鄭芝莞會一次性會放出十多條火船，顯然鄭芝莞的船隻近一半都是火船。
“快，瞄準敵軍火船開火。”松浦久信大聲喊道。他知道絕不能讓火船靠攏，一旦讓火船黏上的話，那絕對是甩不脫的。
幕府的水師並不像明軍和荷蘭人的炮兵一樣接受過專業的訓練，他們炮擊的水平可想而知，而九州海軍的炮兵稍微比幕府的炮兵好一點，但也好不太多。
這次九州王雖然從大明再次招募了五萬大軍，其中不乏有大量的炮兵，但火炮的操作技並沒有在九州普及開來，更主要的是在九州沒有炮兵學院，這使得技術擴散得很慢，而且九州海軍的作戰方式制約了他的火炮操作技能的提高。
但九州海軍的縱火戰術對於幕府的海軍還是綽綽有餘的，十幾條火船雖被擊沉了三成，但還有七成卻貼了上去，火船一貼上去，操作火船的士兵立刻搭鉤縱火。幕府海軍前後一共從荷蘭人購買三艘戰船，而此時一條已經被點着了。
幾艘船隻一着火，幕府的海軍就有點慌了手腳，尤其是這其中還包括兩艘大型戰艦。此時，兩軍的位置發生了改變，鄭芝莞終於搶到了上風口。
“再放一批火船！”鄭芝莞下令道。
鄭芝莞的第二批火船藉着風勢迅速地衝向幕府的海軍，這次情況比上一次還要理想，這次十多條火船，居然只被幕府海軍擊沉了兩艘，而幕府這次被點着的大型戰船翻了一倍，達到了四艘。
這下就徹底摧毀了幕府海軍的士氣，松浦久信此刻已經心生退意。而鄭芝莞越打越順手，九州海軍士氣越打越盛，鄭芝莞此刻的戰術已經發生了改變，他一邊炮擊一邊準備讓水軍跳蕩到敵軍的船隻上搶奪船隻了。
“殺！”鄭芝莞再次靠近了幕府的海軍，鄭芝莞一聲令下，九州海軍的跳蕩兵已經衝上敵軍的船隻。
幕府的水軍雖然士氣低落，但卻是驍勇善戰，面對九州的海軍一時之間也並不落於下風。而幕府水軍接連被燒燬數條主力戰艦之後，在炮火上已經完全處於了劣勢，很快幕府的戰船就有數條被擊成重傷，其中還有一條還被擊沉。這個時代的並不像後世有魚雷有導彈等武器，要擊沉一艘船比後世可要難。
松浦久信看敗局已定，終於下定決心撤退，九州海軍大獲全勝。
此戰結束，幕府的海軍損失了近一半的戰力，尤其幾艘大型戰船的損失，讓幕府徹底失去了與九州在海上決戰的能力。德川家光決定執行更爲徹底的閉關鎖國的政策，他甚至決定將戰船上重炮拆下來裝備到城池上，以防備來自九州的入侵。