倉庫治理和稅收整頓相比更加重要，不僅是關係到國庫的充盈，而且還關係到糧食的保障，俗話說手中有糧，心中不慌，朱由校專門將陳所聞叫來，要求他帶人制定倉庫管理法規，在入庫出庫，定時檢查，臨時抽查，防火，防黴，防盜各方面都制定詳細的規則。並讓魏忠賢在每個倉庫都設置兩名錦衣衛監督，一年一換。
而經濟調查局則設立了倉庫巡視組，可隨時進行抽查，只要發現賬目和實物不符，則整個倉庫所有吏員一起降級降俸，而出事的人則會移交法院審理判刑。
朱由校認爲，只要制度設計合理，有監督機構，這倉庫的管理是不會出大問題的。當然，對於如何防火防盜防黴，那自然要交給研究院的學生去研究了。
朱由校需要修養生息，他準備用十年時間消化已經取得的濟州、新州、大農島、奴爾乾和呂宋及越南等地，先穩定這些地方，大力推行漢化教育，增強各地對中華文化的向心力。同時要通過這些地方向國內輸送糧食，保證國內糧食供應。
而孫承宗在宣府鎮，和蒙古人關係搞得極好。孫承宗面色嚴肅，卻頗得蒙古人信任。因爲蒙古人覺得他是個信人，說什麼就是什麼，從來不會有欺瞞的行爲。與蒙古人的互市活動開展得很是順利。
從隆慶，萬曆以來，與蒙古的互市之處有十一處：大同的得勝堡，新平，守口，宣府的張家口，山西的水泉營，延綏的紅山寺堡，寧夏的清水營，日中衛，平虜衛，甘肅的紅水扁都，高溝寨。
每年開市期間，由大明和蒙古各率兵一部維持秩序。地點一般設在邊牆外，圍着高牆形成一個甕城樣。一般一個地方互市時間大約是半月到一月。
而孫承宗來到宣府後，將本來有些已經廢棄的互市地如紅山寺堡恢復過來，而且將市場常規化，每月開市一次，一次五天。而雙方駐紮的部隊大規模地削減，只保留了兩方各一百人維持秩序。
大明在每個市場內都設立了一個法庭，專門處理雙方的貿易糾紛。法庭對漢蒙一樣對待，並無有偏倚。在交易中大明朝廷專門規定有價格，務使客商有利，夷價無虧。比如上等騸馬一匹十七元，中等騸馬一匹十四元，下等騸馬一匹十二元，而牛羊諸物，也均有價格規定。
這樣的措施使得漢蒙兩方都有獲利，蒙古人是很實誠的，他們感激孫承宗的公正，越來越多的人來到市場進行交易，也爽快地交納給明朝稅務局二十稅一的交易稅，這是大明第一次在與蒙古的交易中獲得稅收，雖然少，但卻是一個了不得的象徵。
大明從蒙古獲得大量的馬匹，牛羊，畜皮，羊毛，這些東西對於蒙古人來說並不珍貴，特別是羊毛，根本是完全沒用的垃圾，而大明竟然願意用錢來買，這使得蒙古人對大明人又是感激，又是鄙夷。
有些蒙古人偷偷將未騸的馬賣給大明人，這種事大明自然是樂見其成的，而蒙古人起先還嚴防死守，禁止有人售賣種馬，但後來發現根本沒有辦法禁絕，也就聽之任之了，只是明面上還是禁止進行種馬交易。
一個月五天雖然比之以前，已經有極大的進步，但離市場較遠的蒙古部落卻沒有辦法跑這麼遠來交易，所以大明這邊組織了一些商隊，進入了草原深處。
魏忠賢和駱思恭商議後，從研究院地理科徵調了部分學生暫時進入廠衛。這些學生心氣很高，無論如何也不願意加入錦衣衛，任文職也不行，所以只好借用。
這些學生以賬房的身份加入到了錦衣衛挑選的商隊中，每個學生配備了十名錦衣衛探子做護衛。魏忠賢交代，無論如何，都要保證學生的安全。
隨着商隊的深入草原，一幅幅地圖被繪了出來，商隊越走越遠，他們穿過歸化城，再經過喀爾喀部最大的活佛哲布尊丹巴呼圖克圖駐錫地敖爾告（宮殿的意思），最後深入到了遙遠的小海，這裡在漢代叫北海，後世叫作貝加爾湖，現在由不裡牙惕部落控制着。
商隊將自己帶着的鏡子，肥皂，蠟燭，茶磚和絲綢拿出來後，受到了這裡的不裡牙惕人的熱烈歡迎。他們用小海中的鮮魚招待商隊，並用沙金來交換商隊的物資。這讓本來準備虧本的商隊不但是沒虧，還賺得比其它的商隊多得多。
各個商隊回到大明後，將地圖交給孫承宗，在地理科學生的拼湊下，北方的地形地勢便慢慢地呈現在面前。孫承宗將地圖複製後送入京城，並向皇帝請求，要在歸化到小海這一帶，建造大量的交易市場。
朱由校將衆大臣召集到雲臺，命人將地圖掛在牆上，他踱到地圖前，用棍子指着小海說道：“這就是蘇武牧羊之北海，朕心中有一個夢想，有朝一日，這小海全境，都爲我大明所有。”
盧象升和熊廷弼跪倒在地道：“主憂臣辱，臣等必爲陛下取來小海。”皇帝說出這樣的話來，他們不得不如此回答，雖然兩人都明白，現在與蒙古人大規模地開戰其實並不是一個恰當的時機。
而文臣們則都默默無語，說實話，在他們看來，大明物產豐富，而蒙古人佔領的草原對大明根本就是無用，大明人又不會放牧，佔來了幹什麼？
孫傳庭身爲兵部尚書，見文臣沒有動靜，只好跪倒道：“陛下，我大明近衛軍，隨時願意爲陛下取得您想要的領土。”
朱由校有些失望，大明的尚武之風還是沒有建立起來，除了這三個不得不出言附合自己的與軍隊有關的大臣，其他大臣根本就不願意去開拓疆土。
他笑道：“起來吧，我們君臣四人，便來看看如何取得小海。”
這話就有些重了，方從哲上前道：“陛下，以前您不是定下國策，對元人只能用懷柔手段，慢慢拉攏分化嗎？現在直取小海，便是欲與蒙古全面開戰，我近衛軍戰力雖強，然人數終究太少，我們雖然在擴軍，但因爲對質量的要求甚嚴，訓練頗費時間，在這個時候勞師遠征，只怕不大適宜，請陛下深思。”
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