德黑蘭會議結束之後，東方霸爲了儘快結束菲律賓的戰事，以便讓軍隊休整一段時間，開始通過陳鐵柱命令盟軍加大進攻力度，還在婆羅洲休整的中國遠征軍六萬人以及華泰軍兩個師五萬餘人在海軍艦隊的護航下進攻馬尼拉灣，控制了出海口處的科雷希多島，日軍一些巡邏艦艇被堵在馬尼拉灣被華泰國海軍艦隊一一打沉。
12月2日，盟軍正式登陸馬尼拉，爲了加強攻擊力度，華泰軍這次動用了很多大規模殺傷性武器，雲爆彈、凝固汽油彈都被大量使用，爲了攻擊遠距離目標，華泰軍還使用導彈，日軍在馬尼拉和甲米地的空軍基地被華泰國導彈摧毀，日軍兩百多架戰機停靠在機場上無一倖免。
當天，馬尼拉幾乎被炸成了一片廢墟，日軍第十四方面軍司令官黑田重德帶領衛隊倉惶出逃北去，日軍再也無法抵擋盟軍強大攻勢，抵抗很快土崩瓦解，一天後，盟軍全面佔領馬尼拉。
盟軍一分爲三，一部分鎮守馬尼拉，另一部南下，第三部北上追擊北逃日軍，此時，馬尼拉以南地區所有菲律賓島嶼上的日軍後路全部被截斷，再也得不到補給和增援。而黑田重德則帶着衛隊跑到了林加延灣南部的達古潘，準備收縮兵力在呂宋島北部地區佈置防線。
盟軍北部追兵緩慢向北推進，而南部的盟軍開始逐一消滅各個島嶼上的日本守軍，日軍沒有了後勤補給。戰鬥力直線下降，加上後路被截斷的強大心理壓力。很多日軍在戰鬥還沒有打響之前就舉白旗投降了。
當然這只是一小部分，絕大多數日軍都是死硬頑抗分子，很多日軍在指揮官的帶領下守在戰壕和據點裡死戰不退，直到最後一顆子彈打完了還端着刺刀衝鋒。
日軍兵力有限，並不是在所有的島嶼上都部署了兵力，只在關鍵的戰略位置部署了重兵，這就造成了日軍人數大多集中在一起，人數一多。所需要的彈藥和糧食也多，消耗也非常嚴重，自從盟軍在馬尼拉登陸之後，切斷了南北日軍的聯繫，南面的日軍基本上就得不到補給了，很多日軍部隊開始斷糧，有些日軍沒吃的就搶當地菲律賓人的糧食。不但搶糧還殺人放火，這不僅讓當地的菲律賓人非常憤怒，也讓當地的傀儡政府起了異心。
當有些日軍堡壘和陣地被攻破的時候，盟軍士兵發現裡面的日軍很多都餓得沒有了戰鬥的力氣，甚至還有一些地方發生了日軍吃屍體的情況，可見日軍斷絕補給之後缺糧食缺到了何種程度。
這也是日軍自己害了自己。如果不是日軍在這裡徵調了大量的當地菲律賓壯丁修建防禦工事，屠殺了太多人，造成當地土地沒有人種植而收穫不到糧食，他們也不至於變成現在這副模樣。
與此同時，在棉蘭老島的盟軍一開始渡海進攻北面的內格羅斯島、、保和島和宿霧島。在孫立人的率領下，新一軍渡過海峽進攻內格羅斯島。戴安瀾的新六軍一個師進攻保和島，各自有一個華泰軍團級規模的部隊跟隨一起進攻。
內格羅斯島是菲律賓的一個大島，島上人口衆多，城市多分佈在靠海的沿海地帶，中部地區基本上都是高山密林，這非常不利於進攻，孫立人的新一軍剛開始遭了頑強的抵抗，損失了一些兵力，不過日軍也損失不小，關鍵是日軍得到不到彈藥補給，在炮彈打光之後，大炮就成了一堆廢鐵，日軍只能靠步槍抵擋，這如何能抵擋盟軍的飛機大炮，而且還有海軍艦炮的炮擊？
眼看着日軍的形勢每況愈下，當地的一些菲律賓人就秘密聚集在一起準備起義，可很快讓日軍的情報部門發現，日軍當即進行了殘酷的鎮壓，那些人缺乏武器彈藥，而且也沒有有效的組織，如何抵擋日軍？菲律賓各島上在一個月之內先後多達數十支起義部隊被鎮壓下去，被日軍屠殺的達十幾萬人。
爲了節省彈藥，日軍也不浪費子彈，將那些被抓活的起義者全部用刺刀挑死，把屍體掛在各個鄉村村落和城市的城門口示衆，這一舉動確實震懾了許多菲律賓本地人，此後直到盟軍全面佔領菲律賓也沒有再出現起義的事情。
宿霧島最先被佔領，日軍在這裡根本沒有多少部隊，戴安瀾的一個師幾乎在一個星期之內就橫少了整個宿霧島，島上一千多日軍被打死九百多人，剩下一百多人被俘。
宿霧島的丟失，讓保和島完全處於孤立的狀態，島上日軍想跑都沒地方跑，彈藥打光了就全部用刺刀與遠征軍和華泰軍士兵進行白刃戰，可惜盟軍不給他們這個機會。
12月14日，宿霧島和保和島相繼被盟軍攻陷，眼看着內閣羅斯島餓守不住了，日軍萌生了向班乃島撤退的想法，而盟軍從四面沿海登陸的行動更加堅定了日軍的這個想法。
12月18日凌晨三點，日軍在內格羅斯島的剩餘大部分兵力在基馬拉斯海峽東岸集結準備乘坐大批木船渡過吉馬拉斯海峽撤退到班乃島，可是這一情況早就被盟軍發現。
就在日軍登船起航之後，海峽兩段出現了大批的華泰國海軍艦船，一時間頓時炮火轟鳴，艦炮炮彈和艦載機槍子彈像流星火雨一般落在日軍頭頂上，天空中還出現了大批的轟炸機、戰鬥機對日軍乘坐的船隊狂轟濫炸。
華泰海軍艦隊又分出兩支小型艦艇組成的艦隊通過兩翼包抄，將日軍渡海船隊全部圍困在了基馬拉斯海峽海面上。
到了清晨六點，海峽海面上的日軍船隊消失不見了，只剩下無數木板木屑還有大量的日軍屍體漂浮在海面上。這一戰，日軍準備渡海的一個師團左右大約兩萬多人全部葬送在這裡。
而內格羅斯島上日本守軍已經不足一千多人。孫立人率領新一軍和華泰軍一個團的兵力在一天之內就將這一千多人全部消滅乾淨，徹底奪取了內格羅斯島。
12月24日，華泰國研製出第一枚中程導彈，並進行了實戰試驗，從華泰國首都曼谷東郊導彈發射基地發射，導彈飛行了兩千多公里打到了班乃島的伊洛伊洛日軍軍營裡，造成了一千多名日軍傷亡，由於導彈的彈頭裝載的是一枚重量達到五百公斤的雲爆彈。導彈落地爆炸之後造成了極大的破壞力，整個軍營全部被摧毀，軍營內一千多名日軍士兵沒有一個活下來。
這件是事情給日軍造成了極大的恐慌，日軍還以爲華泰國研製出了原子彈，在班乃島日本科學家的眼裡，也只有原子彈能造成這麼大程度的傷亡，否則還有什麼樣的武器能夠讓一千多名日軍死得一個不剩？從來沒有人看見過原子彈爆炸的場面。日本科學界錯誤的把雲爆彈當成了原子彈，這讓守備班乃島的日軍指揮官萌生了投降的念頭。
12月25日，盟軍正式進攻班乃島，戰鬥進行了一天，日軍就頂不住了，前一天導彈從天外飛來爆炸的場面極大地打擊了日軍的士氣。許多日軍已經喪失了繼續戰鬥下去的勇氣，當天晚上，日軍指揮官派出代表聯繫盟軍，商談投降的事宜，經過磋商之後。班乃島的三萬多日軍於次日早上九點向盟軍投降。
早在12月13日，遠征軍第六十六軍在軍長張軫的率領下。由華泰國海軍艦隊護航進攻巴拉望島，這次登陸是從蘇祿海北面進行的，日軍只顧防着華泰軍從南海海面登陸，卻忽略了背後。
張軫的66軍很輕易的就登陸了巴拉望島並與島上的日軍部隊進行了激戰，這股島上的兩個日軍師團戰鬥意志極其頑強，在缺乏彈藥和糧食的情況下與張軫的部隊激戰十餘日只後撤了三十公里，不過張軫的部隊也在巴拉望島上站穩了腳跟。
重裝備運到之後，張軫隨後又發起了猛攻，日軍打了十餘日，彈藥已經所剩無幾，不得不後撤，但張軫一直在後面追，雙方於公主港外圍再次對壘。
這次華泰國集結了一百多架戰機和轟炸機爲張軫的進攻提供空中火力打擊，海軍艦隊在公主港附近海域對日軍陣地進行大規模炮擊，日軍這幾個月修建的工事在大口徑艦炮的炮擊下不堪一擊，許多防禦工事被一一點名摧毀，防禦工事內的日軍也被炸死。
經過兩天的戰鬥，公主港已經變得面目全非，港口內到處是殘垣斷壁，但這裡仍然還有兩千多名日軍頑抗，這些日軍士兵打得沒有彈藥就收集死去同伴身上的子彈，三個一羣五個一夥分佈在城裡的房子。
張軫的部隊付出了極大的代價，經過三天時間纔將城內的日軍清除乾淨，此戰日軍傷亡八千多人，張軫的66軍也付出了三千多人的代價。
又經過一個多星期的戰鬥，巴拉望島東北部分的日軍全數被殲滅，日軍至始至終都沒有一個人選擇投降。進攻巴拉望島的戰役，讓張軫的66軍幾乎傷亡了超過一萬人，全殲了日軍兩個師團四萬餘人，表面上看是取得了很大的勝利，實際上66軍是慘勝，因爲日軍很早以前就沒有後勤補給，在沒有後勤補給的情況仍然給66軍造成了如此慘重的傷亡，這也說明這個島上的兩個日軍師團戰鬥力和戰鬥意志均超過了其他島嶼上的日軍部隊。
到了1944年元月8日，呂宋島以南所有菲律賓島嶼全部被盟軍部隊佔領，而美國人在後勤得到相對保障之後也於1944年元月份全殲了萊特島上的三個日軍師團七萬餘人，自身傷亡兩萬多人。9