光緒二十七年四月十九，回到北京的慈禧迫不及待地成立了新政督辦處，以榮祿，昆岡，王文韶，鹿傳霖爲督辦大臣。以劉坤一，張之洞，袁世凱爲參予政務處大臣。督辦政務處將各國政治情況彙編成“政典”，供慈禧參閱。
以上名單，差不多將晚清的政壇精英一網打盡了，這些人都是慈禧依賴的對象。在醞釀這份名單時，慈禧想過那個在西狩路上及太原給她留下深刻印象的年輕人，他的關於革新的觀點很對自己的胃口。但這點她對誰都沒有說，深藏心底。大概只有榮祿那隻修煉到家的老猴子瞧出了端倪，在一次關於山東軍政事務的單獨奏對中，榮祿有意無意地提起了龍謙，說當初那小子可是吹過牛皮的，給他一個州就可以搞出名堂來。現在等於將魯南兩個州都交給他了：唐紹儀有留美的歷史，又與他並肩抗敵，想必不會出現文武掣肘之事。而吳永與龍謙的關係更近，如果他想在魯南實施新政，條件是給他了的。
榮祿隱約猜測到慈禧一直沒有忘記那個年輕的武將。組建政務處需要大量的中下級官員，慈禧是不是有意將龍謙調入中樞充任軍機處行走一類的要職，他吃不準。
榮祿幾乎每天都見慈禧，老佛爺回到北京後心情總體上不好，庚子國難的後遺症正在顯現，到處需要錢，宮殿荒蕪破敗急需整修，太和殿廣場的野草都有半人高了。靠近宮城的幾道城門和城牆都需要整補。還有太廟、西苑三海和頤和園的整修花費，不用想都是一大筆銀子。對於這個走風漏氣的帝國，這些似乎不是最當緊的，但偏偏帝國的最高執政者最是在意這些東西！在太原那座狹小陰暗潮溼的巡撫衙門裡憋屈了近一年，慈禧早就想回北京過幾天舒心的日子了。何況，最爲大清帝國最後的臉面，紫禁城也確實需要整修一番了。
朝廷歲入不過八千餘萬，本來就捉襟見肘，現在憑空又多了一千萬的戰爭賠償，加上馬關條約的沉重負擔。每年有四分之一的收入交給了外國人。很多正項開支，比如水利上的投入就到不了位。黃河前年就在山東決了口子，死了不少的人，戶部只是給了30萬兩意思一下。那些銀子究竟能有多少用在河工上。永遠也沒人能說清楚。永定河的水患也越來越多了。工部報上來的修河費用竟高達一千一百萬兩，還不是徹底整修。朝廷那裡還能拿得出錢來？也是撥付幾十萬應付了事。靠近京畿的還是如此，偏遠地方就更管不過來了。實際上自道光朝開始。朝廷的財政就每況愈下，海關這些年是多了進項，但關稅的標準和收入又被洋人所把持，都頂了賠款了，朝廷連稅銀的面也見不着。而洋貨的大量涌入，將本來就不成氣候的一點出口頂的喘不過起來，生絲本來是傳統的出口強項，現在已完敗日本。江浙一帶本來是朝廷的稅源和銀庫，現在景況悽慘至極。
庚子國難不僅對於慈禧是絕大的刺激，便是對於一向保守的滿洲權貴們也是如此。在太原的時候，榮祿沒少聽王公們議論，都認爲不變是不行了。所以，老佛爺發出徵求辦新政意見的上諭，得到了各地督撫的熱烈響應。回京籌建政務處籌劃新政，也是順應民心之舉。這點，榮祿看的很清楚。
於是，在慈禧的親自主持下，一項項的新政陸續推出了。誰也說不清慈禧究竟想過沒有三年前被她扼殺的戊戌新政，反正自新政推行後，不久人們就發現，主持朝政的老太后這一回比當初的光緒帝可走的遠多啦。
剛入夏，朝廷便頒發諭旨，將負責外交事務的總理各國事務衙門改爲外務部，除簽訂條約，劃定疆界，派遣使節外，一切有關通商、海防、路礦、關稅、郵電、華工、傳教、遊歷等事務均在外務部的管轄範圍。
處理完外務部的事，慈禧又將目光轉向了軍事。這就是榮祿的本分了。在推薦袁世凱接任自己臨時充任的直隸總督後，榮祿回到了他去年在庚子國難前的職務上——軍機大臣兼兵部尚書，統籌考慮軍事問題是他必須做的功課。
庚子國難後，軍事問題更爲嚴重地擺在了朝廷面前。整個北方，除掉袁世凱手裡那支軍隊，竟然沒有一支成建制的軍隊了！連裝點門面的武力都沒有了，這讓朝廷情何以堪？所以，朝廷立即同意了袁世凱將武衛右軍調入京畿的建議，但僅靠袁世凱手裡的萬餘精兵是撐不起京畿防禦的，榮祿很清楚，必須重組京畿防禦體系。核心就是編練新軍。
榮祿雖然做過西安將軍，當過兵部尚書，統管過武衛軍，但對於新式陸軍的編練卻自認不及袁世凱。所以，榮祿責成袁世凱拿一個意見出來。好在這個河南的矮胖子正準備甩開膀子大幹一場，只用了十天功夫，袁世凱便上了一道關於編練新軍的摺子。
按照袁世凱上報的的摺子，建議成立中央練兵處，並在直隸總督府現在的保定府建立一座比武備學堂更爲先進的陸軍學堂，用三年左右的時間編練四~六個鎮的新式陸軍，編制仿造德國陸軍師的編制，一鎮轄兩協，一協轄兩標，一標轄三營，一營轄四隊，一隊轄三排，一排轄三棚（班）。加上鎮臺直轄的炮、工、騎、輜等特種部隊，全鎮總兵力約爲12500人。袁世凱大膽預測，認爲朝廷有六個精銳的陸軍鎮，足以拱衛京畿，以防不測了。
這份方案也打動了慈禧。但馬上就被錢所困擾住了。且不說編組建立這幾個陸軍鎮的費用，便是以後正常維持，將朝廷全部歲入拿出來都不一定夠。平心而論，成立六個鎮真不多，東邊那個給中國帶來深重災難的惡鄰，在明治維新後第一批就成立了六個鎮臺！日本纔多大點國土？面積不足中國的三十分之一！可是，錢呢？錢從哪兒來？
所以，在談及政務處及山東軍政事務後，榮祿提起龍謙當初的豪言，是提醒慈禧嘗試一條新路。如果龍謙依靠沂州兗州兩個不富裕的州便能編練一翼陸軍，事情就好辦多了。
龍謙的資歷過淺，不可能進入政務處的大名單中。慈禧沒有跟人談過龍謙，但她還是希望龍謙能在新政中做點事。那個人談吐不凡，想必在美國受過高深的教育，慈禧甚至想讓龍謙取代周馥主政山東，但又不能不顧及袁世凱的反應，龍謙與袁世凱的齷齪慈禧是知道的，儘管魯南風波至今沒有傳到她耳中。她內心樂於看到朝臣們特別是武將間的不和，下面狗咬狗是上面最樂於看到的事。
漢人靠不住，這是滿洲權貴們根深蒂固的看法。慈禧早就跟他最信任的大臣榮祿談過不止一次關於組建旗營的事了，八旗祖制早就證明不成了，但滿人的朝廷卻沒有一支真正意義上的滿人武裝又不行！所以在組建威勝軍時，榮祿就提出了將威勝軍打造成一支“純淨”的旗人武裝，承擔京師的警衛任務，取代實際上已名存實亡的前鋒營、護軍營等編制。但去年急於安慰護駕立下大功的龍謙所部，所以倉促之下給了龍謙所部威勝軍右翼的編制，留下的左翼就是要組建旗營的。從序號上也可以看出，左翼的地位當然高於右翼。但現在袁世凱拋出了成立中央練兵處並着手編練4~6個鎮的新式陸軍，實際上並未真正組建的威勝軍就比較尷尬了。榮祿認爲如果太后批准袁世凱的編練計劃，那麼第一鎮無疑應當留給旗營。也就是說，旗人爲主的部隊至少要編練一個鎮的規模，否則就難以充當朝廷禁衛軍的職責。但這又將龍謙所部擱置起來了，不過這是將來的事，現在還用不着犯愁。
慈禧是很聰明的，立即聽懂了榮祿的潛臺詞，“是呀，當初小龍子是講過大話的。本來我想讓他來政務處跑跑腿，歷練幾年，或許能大用，現在看來就讓他在山東當差吧。可以給周馥和龍謙一道旨意，魯南兩州的稅收全部用來養兵，不必上繳一分銀子，山東再每年撥付50萬兩銀子，龍謙想辦實業也由他，給他兩年時間，給我練出一支強軍來！”
“遵旨！不過，袁世凱將武衛右軍帶入直隸，山東怎麼辦？是留一部分武衛右軍還是讓周馥重新編練新軍？周馥理財的本事不錯，但兵事並不擅長。山東地理位置極爲重要，爲連接南北的衝要所在，又要跟德國人打交道，必須派一個可靠的人去幫助周馥將軍事抓起來。”榮祿說出了他的擔心。
“那你有何主意？”慈禧問榮祿。
“一是留馮國璋或者段祺瑞充任山東提督。統管山東軍事。第二嘛，就是讓那王屈尊去山東去。”
那王就是蒙古人那彥圖。這是慈禧信任的人，“那王不可能去山東當提督！就按你說的第一條吧，那兩個人，誰更合適？”
“奴才更看好馮國璋，此人辦事圓潤。因爲龍謙袁世凱有過節，馮國璋就更合適一些了。”
“就這麼辦。”慈禧很快就做了決定。她不是沒想過讓龍謙出任山東提督，資歷問題再次擺在了面前，驟進是官場大忌，“傳馮國璋進宮，本宮有話問他。仲華，你似乎有話要講？”
“太后明鑑。袁世凱對於組建中央練兵處和籌辦保定軍官學校有着極大的熱情，他計劃要馮國璋來主持軍校事宜的。”榮祿有些遲疑。
“不，軍校不能交給袁世凱。另選人吧。”慈禧決然道。