整個編隊飛行兩個半小時後，已經接近預設點。飛行員們開始測試武器，爲進行截殺做準備。此時，山本早已在空中了。他早晨6點鐘就乘坐“一”式陸基轟炸機從拉包爾出發了，與他同行的還有他的參謀長宇垣。
飛行編隊很小。山本乘1號機，宇垣乘2號機，護航的只有6架"零"式戰鬥機。山本的1號機的飛行高度是2000米，飛行員看見了布干維爾島的雨林，拿過一張紙條，寫了幾個字，遞給了山本。山本接過來一看，上面寫着:“可望於7點45分飛抵布因機場。”
剛寫完字條，1號機飛行員就看到護航的一架“零”式戰鬥機出現了異動--它驟然偏離航線，脫離機羣，一個加速度躥到前面去了，而且還向他擺動機翼，飛行員還用手指向他的右側後方。1號機飛行員的心沉了下去，他順着“零”式戰鬥機的飛行員所指的方向望過去，只見數架美機P-38正迅疾地追過來，高於1號機500米左右。他來不及多想，立刻緊急下降。就在1號機緊急下降的時候，6架日軍“零”式戰鬥機則快速爬升，衝到美機中，糾纏起來。
他們不知自己已經中了計。咬住他們的是米歇爾的掩護組，米歇爾特意將“零”式戰鬥機從山本座機旁引誘過來，爲的是給蘭菲爾的攻擊組創造追殲山本的機會。片刻之後，山本的1號機，在蘭菲爾組發射的大量炮彈中無處躲藏。飛機轟然起火，一路燃燒着，栽進了布干維爾島茂密的雨林。
這電影般的場景，落入了坐在2號機裡的宇垣眼裡，他驚駭的臉孔映在飛機的舷窗上，呆然不動。因爲美機已經衝着2號機來了。2號機的飛行員爲了躲避炮彈，在空中來了個急轉彎。轉彎後，宇垣看到下面的雨林中又冒出了一大股黑煙，他猜想，應該是山本座機再度被燃爆了。
宇垣猛然一震，不僅是爲那再度爆炸的1號機，還因爲自己的2號機也被擊中了。2號機飛行員曲折的規避動作，在美機面前無濟於事，機尾和機翼被打斷，機艙也被兩面洞穿，機內人員躺下來躲避，到處都是血。飛機猝然墜入海中···
1號機和2號機都被擊落後，美機開始返航。飛行員們並不知道山本究竟在哪架飛機裡，但既然兩架都打下來了，他們料想山本勢必是逃不掉的。山本的座機在早晨 7點多鐘被擊落，但直到中午，拉包爾才接到消息。下午，山本的副官渡邊飛到布因，見到了從海里被救上來的參謀長宇垣。
宇垣因發燒和重傷，處於恍惚中，他做夢似的斷斷續續告訴渡邊--長官在距卡莫角四五英里的地方，快去!其實，山本墜機的地點是"莫依拉角"，宇垣錯說成了"卡莫角"。所以，渡邊在"卡莫角"找了很長時間，也沒發現他的長官。
就在日本海軍進行搜索的時候，布干維爾島上的日本陸軍也派出了-個搜索小組。這個小組在叢林中空轉了兩天。正待返回時，一個士兵說他好像聞到了一股汽油味兒。循味走去，他們發現了一架殘破不堪的"一"式陸基轟炸機被摔得七零八落，11具屍體四處散落着。
隊長去搜尋屍體上衣的口袋，翻到一個筆記本，裡面寫着明治天皇和昭憲皇太后的詩歌。筆記本的署名是:山本五十六。他看了一眼山本戴着的手錶，指針停在7點45分上。
4月18日下午，位於東京霞關的日本海軍通信隊，接獲來自東南方面艦隊司令長官發出的特急電報，收電人分別是日本海軍軍政軍令部門的長官－海軍大臣（行政管理）和軍令部總長（作戰指揮）。電文大意是兩艘承載着去前線視察的漢軍將領座機被擊落，聯合艦隊司令長官山本五十六、聯合艦隊軍醫長高田六郎、聯合艦隊航空甲參謀樋端久利雄、聯合艦隊司令部副官福崎升、聯合艦隊氣象長友野林治、聯合艦隊通信參謀今中薰、聯合艦隊航空乙參謀室井舍治等已被確認死亡，目前救出了受傷的聯合艦隊參謀長宇垣纏和聯合艦隊主計長北村元治。
華麗的陣容使得電報的衝擊性極大，兩個多小時後，電報被整理破譯完畢，遞交到海軍省首席副官處。海軍大臣島田繁太郎、海軍次官澤本賴雄接獲消息後，立刻召集軍務局長岡敬純和人事局長中澤佑，四人在聯絡軍令部的同時立刻進行閉門會議。
任何一個大型組織，在遭遇突發惡性事件時首先會做出兩個反應，一是搞清狀況，二是封鎖消息，如果消息無法有效封鎖或必需公開，則會圈出一個保密範圍和公開時間，至少在一段時間內保有對事件信息的絕對掌控權。再從這四個人身份來看一下，海軍大臣島田繁太郎同時作爲海軍軍政系統長官和內閣中海軍的代表存在，自然不必多說。海軍次官的職能是輔助海軍大臣，同時也是通往更高職位的優良跳板，山本五十六在聯合艦隊司令長官之前的職務就是海軍次官。
軍務局是海軍省內權力最大的部門，事無不總，山本權兵衛、齋藤實、加藤友三郎、秋山真之、鈴木貫太郎、大角岑生、豐田副武等人都曾擔任此職。畢竟這麼大一個司令部出了事，人事局長參會也沒有什麼奇怪的，甚至可以猜測，在得知事件發生的初期就做好了後續人事安排的預案。
第二封電報很快被到來，電報大致描述事件經過，同時搭救了二號機內的第三位倖存者：一名飛行員。墜機後一天內“山本墜機善後工作領導小組”基本上成立了。
領導小組在有限的信息下做出了三個指示，第一是立刻派出地面調查組，活要見人死要見屍；第二是嚴格封鎖消息，對外嚴格保密；第三是對內部人員通敵產生了憂慮，開展了秘密調查，這個內查小組的負責人正是趙繼統，用他的話說“我的不知道山本君的行程，美國怎麼會清楚？一定有一個吃裡扒外的人在搞鬼！”