就在中原的大戰進入白熱化階段的時候，突厥頡利可汗已快刀斬亂麻掃除了異己，野心勃勃的將目光投向了中原。
義成公主的堂弟楊善經在突厥躲避戰亂，王世充這時又派了使者王文素前來突厥求救，王文素找到了楊善經，給了他楊善經一筆重金，楊善經便答應了王文素的請求。
楊善經向頡利可汗勸道：“過去啓民可汗遭兄弟逼迫，脫身後投奔隋朝，全靠文皇帝的力量，才擁有了突厥的領土君權，子孫後代享用不盡。現在唐天子非隋文皇帝的子孫，可汗您應當立楊政道爲帝並伐唐，來報答昔日文皇帝的恩德。”
頡利可汗本就已有此意，所以對楊善經的話深表贊同，答應不日將率大軍南下。
李淵因爲中原尚未平定，對待突厥十分優厚，而頡利可汗要求無度，言辭又很傲慢，所以也知雙方難免一戰，於是對此做了一些應對之策。
三月份的時候，驃騎大將軍可朱渾定遠上奏道：“石州總管李仲文與突厥勾結，商定準備等唐、鄭交戰時，引導突厥騎兵直驅長安。”
三月十三日，李淵命令李建成鎮守蒲阪，以作防備，然後又派禮部尚書唐儉安撫石州，暫時廢除石州總管府，急召李仲文入朝，李仲文沒有推辭，騎快馬趕回了長安，然後立即被捉入獄，不久後就被處死了。
李仲文到底有沒有勾結突厥人，只是可朱渾的一面之詞，證據並不充分，但在這個敏感的時刻，李淵也是寧可信其有，不可姓其無了，當然，更重要的，還是李仲文在朝中並無靠山，以至於到死，也沒人爲他求一下情。
李仲文剛被殺不久，石州的稽胡劉成部落便帶着部族造反了，劉成是劉苗王的弟弟，對於侄子劉季真的被殺很是不滿，於是在掌握稽胡大權後，便不顧其他部落的勸阻，決然的選擇了叛唐。
三月二十三日，李淵下詔命太子李建成統領各路兵馬討伐稽胡。
李建成接到詔令後，便即從蒲阪出發，很快將劉成打敗，俘獲一千多名稽胡。
之後，李建成釋放了幾十名稽胡酋長、首領，授予他們官爵，讓他們返回部落，招降同黨，劉成也投降。
李建成假稱增置州縣，要修建城邑，下令投降的稽胡年紀在二十歲以上的集中起來，然後派軍隊包圍全部殺死，共殺死了六千多人，劉成發覺情況不對，逃跑投奔了樑師都。
四月初二，唐豐州總管張長遜回到朝中，當時許多議論政事的人都說，張長遜長期在豐州，受到突厥的重視，不利於國家。
張長遜聽到這些議論，害怕步李仲文的後塵，於是主動請求回朝，李淵准許了他的請求。恰好李建成北伐稽胡，張長遜率領部隊與建成匯合，順勢回朝，官拜右武候將軍。
當益州行臺左僕射竇軌率領巴、蜀兵馬前來與李世民會師攻打王世充，李淵便任命張長遜爲益州行臺右僕射，處境算是立即轉危爲安了。
五月十六日，突厥的數千人馬侵犯汾陰縣。二十四日，突厥有兵馬上萬侵犯石州，新任的石州刺史王集打退了進犯的突厥兵。
這些都是突厥的前頭部隊。
李淵十分不願意在這個時候與突厥人對抗，於是派李孝恭的弟弟，漢陽公李瑰帶重金布帛去賄賂頡利可汗，但見面之時，頡利想讓李瑰對自己行跪拜大禮，李瑰不從，頡利可汗大怒，於是二話不說，將李瑰扣留了下來。
當初，處羅可汗與劉武周內外呼應，侵犯幷州的時候，李淵曾派太常卿鄭元前去曉以禍福，處羅沒有聽出。不久，處羅患病身亡，突厥人都懷疑這是被鄭元毒死，於是扣留了鄭元，不許他回國。
所以李瑰的被扣留，已是突厥人的第二次扣留大唐使者了，李淵對此很是氣憤，也扣留了突厥的使者，但雙方卻是沒了和解的可能了。
六月，頡利可汗親自率領二十萬大軍奔赴雁門關，打算先將此肉中刺拔去，當年始畢可汗在此含恨而歸，頡利想着自己如能攻克雁門關的話，不就意味着比自己的哥哥更強了嗎？況且雁門關的守將現在只是個小小的代州（雁門郡）刺史周安，在頡利看來，實在是不足爲慮。
然而頡利可汗的二十萬大軍苦攻了雁門關月餘，損失慘重，但雁門關依舊是牢牢的掌握在周安手中。
雁門關的城牆上，佈置有許多中型的拋石機，來李隱早年時命工匠設計出來的，在這月餘的時間李，給了突厥人很大的傷亡，而除了拋石機外，雁門關上的其他守城器械還有很多。
再加上雁門關本身的雄險，以及物資的充裕，頡利可汗雖有大軍二十萬，但要想將其攻下，卻是艱難無比。
又苦戰了半個月而毫無所獲後，頡利可汗最終還是撤離的雁門關，轉攻其他地方去了。
原本有些名聲不顯的周安，經此一役後，很快聞名於天下，很多李隱身邊的將領，以前以爲李隱將雁門關託付給周安，只是與周安親厚罷了，直到這時才恍然明白，那個有些沉默寡言的人，原來也有着不俗的軍事才能。
頡利可汗帶着兵馬離開雁門關後，南下犯幷州，但卻發現偌大的幷州，卻見不着幾個人影，可劫掠的東西少之又少，原來，李隱早已下令讓幷州的百姓遷入了晉陽和其他幾座堅城之中，實行了堅壁清野之策。
頡利於是之後帶着人氣沖沖的繼續南下，卻又受阻於雀鼠谷，一時間不得前進。頡利可汗懷着雄心壯志南下，卻四處碰壁，感到十分的鬱悶。
……
九月，虎牢關的密探報告道：“因我軍在黃河以北放馬，竇建德知道了我軍草料用完，疑似準備要襲擊虎牢。”
初三，李隱向北渡過黃河，從南面逼進廣武，偵察敵情，乘機留下一千多匹馬，在黃河邊放牧以引誘竇建德，當晚則返回虎牢。
初四，竇建德果然傾巢而出，從板渚出牛口列戰陣，北靠黃河，西臨汜水，南連鵲山，連綿二十里，擂鼓前進。