查克拉具有非常奇特的性質，即便是在不少特殊能量中依舊非常奇特。
首先，查克拉具有如同真氣內力一般較爲低級能量的性質，都是取自人體，來源只有呼吸和進食，按理來說這種特殊能量，頂多讓人開碑裂石，但在忍者世界中影級忍者都是自走核彈頭。
其次，查克拉能夠具有個人意志，一點查克拉可以形成分魂般的東西，是由於查克拉由身體能量和精神能量混合而成導致的性質，這也讓查克拉比只從人體而來的內力更加玄妙，它取自人的靈魂與身體，一般來說只有生命層次達到四星級，才能擁有將個人意志附加到細胞和能量上的力量，但查克拉又是不走尋常道。
因而明明忍者都是些活不到一百歲的短命渣渣，偏偏又能發揮出四星五星傳說級別的力量。
最後一點，查克拉天然擁有七種屬性，地風水火雷陰陽，雖然由於忍者體質天賦不同顯現出來的屬性不同，但先天擁有屬性就是最不可思議的一點！講道理，仙俠世界最開始的靈力都是無屬性的，除非天賦異稟，否則只能通過專業心法開發出自身靈力的屬性！
對於人類來說，查克拉太過高端，大部分忍者都是使用着結印釋放忍術的方式，通過這種手段引導出查克拉的屬性力量，高端一點的則是研究查克拉的性質變化，做到隨心而動，將查克拉直接轉化爲各種屬性的查克拉而不需要結印，最高端的就是將多種查克拉性質開發之後混合形成更高的性質，也就是一些遁術類的血繼限界了。
開發特殊能量的性質而非隨着自身進步，逐步打磨特殊能量，這完全是挑戰正常修煉，但偏偏忍者都是在修煉，簡直就像是明明只有強化血脈才能前進，忍者偏偏想要修仙……
通過大量對忍術和查克拉的研究，加上六道仙人半懂不懂的語言，青行燈推導出了一切——大部分事情都有邏輯可言，之所以認爲毫無邏輯，只是由於眼界和認知不足。
查克拉不是一種人類只要修煉就可以開發出的力量，它來源於一個傳說生命乃至傳說物種，是隨着其誕生而從血脈中誕生的特殊能量，就如同蘇淵的帝力，艾斯德斯的魔力，赤瞳的鬼氣。
因此，查克拉本質上是一種高端且伴隨血脈而生，由精神能量與身體能量混合的特殊能量，而它伴隨大筒木一族而生，天生擁有七種屬性，隨着開發血脈而顯現，終極形態就是七種屬性融合一體形成的求道玉。
這份力量，本不屬於這個世界的人類，從忍者和普通人的社會就可以看出來，普通人中已經有了電視，甚至有部分導彈之類的科技造物，但由於查克拉的存在，忍者纔是廉價而強大的戰爭力量，由此形成了國家與忍村的社會文明形態。
查克拉來源於大筒木羽衣，也就是六道仙人，作爲由大筒木輝夜創造，具有純正大筒木一族血脈的六道仙人，爲了實現和平，將與生俱來的查克拉分享給了人類，爲部分人類在血脈中種下查克拉的種子，這些人類以及他自己與人類留下的後代，就具有了修煉查克拉的能力。
結果，查克拉在演變中，有了結印、有了忍術，同時查克拉也在血脈傳承中衰變，因爲人類的血脈不可能與大筒木一族的血脈相同，因此有的忍者天生就有查克拉屬性的顯現，也就是血繼限界，有的忍者要開發自己的查克拉屬性，將其刻在血脈中傳承下去，也成了血繼限界。
正因爲如此，這個世界上凡是忍者，往上追根溯源，要麼是大筒木一族血脈的分支，要麼是當年六道仙人爲其開啓查克拉修煉的一羣人。
再從大筒木羽衣和大筒木羽村兄弟向上追溯，查克拉的來源就是查克拉之祖——吃掉神樹果實後的大筒木輝夜。
查克拉真正意義上不屬於人類，因此青行燈開發出的，人類能夠自主修煉的查克拉修煉法，無法被那些血脈傳承中能夠修煉查克拉的人所修煉，只有那些無法修煉查克拉的人才能夠通過這種方式獲得力量。
經過青行燈合理的推斷，基本上可以確定整件事情的因果關係。
大筒木一族擁有神樹，他們將神樹通過不知名的手段種植到了這個星球上，當時人類還處於封建社會，分裂成多個國家攻伐（在那個時代，幾百幾千號人就可以說是一個國家了）。
爲了防止野生動物（對天生就是傳說生命的種族來說，當時的人類文明的確算野生生物了）破壞種下的神樹，或者爬上神樹吃掉果子，大筒木一族派遣了一個保險鎖，也就是大筒木輝夜。
雖然實力還沒有達到傳說級別，但天生傳說生命的底子以及天生擁有的查克拉，足以保證大筒木輝夜的安全和神樹的安全，不過大筒木一族沒有想到的是，大筒木輝夜與人類交流，喜歡上了這些智慧生物，然後又因爲人類間從未消弭的戰爭而厭惡人類，其中的故事不詳，也許是人類利用大筒木輝夜的力量，也許是其他因素。
大筒木輝夜違反了規定，直接食用了神樹的果實，神樹果實的力量大大加強了大筒木輝夜的力量，讓其以一己之力統治了人類，但是因爲違反規定，大筒木輝夜害怕了，也許對於人類來說她的力量很強，但她明白自己的族人們更強，於是她控制神樹製造士兵，準備應對不知多久後會到來，收割果實的族人。
因此，在這個星球的歷史上，查克拉追根溯源來自大筒木輝夜一人，而當年大筒木羽衣與大筒木羽村兄弟爲了人類反抗母親，大筒木輝夜與神樹融爲一體，化身爲了十尾，以此和自己的兩個孩子戰鬥。
大筒木輝夜戰敗，兩個坑母的兒子無法殺死母親，無論是出於實力還是出於不想，他們將十尾的軀殼以地爆天星封印，形成了月亮，將十尾的力量剝離軀殼封印到了大筒木羽衣體內，大筒木羽衣後來將十尾的力量分解爲九份，以陰陽遁製造成了九隻尾獸。
總結來說，十尾=大筒木輝夜+神樹果實+神樹。
十尾軀殼=外道魔像=神樹。
十尾查克拉=九隻尾獸=神樹果實。
大筒木輝夜的意志和本身查克拉則是分散開來，被封印在外道魔像中，也被封印到了十尾的查克拉中，並且還隨着十尾被分裂成九隻尾獸而分裂，可不是說單純一個地爆天星就將大筒木輝夜封印了。
可以說爲了不把親媽打死又不讓親媽對人類造成危險，這個由六道仙人親自操刀的封印可謂喪心病狂。
首先要有輪迴眼，才能將封印在月亮中的十尾軀殼召喚出來。
其次要收集九隻尾獸，將他們塞到十尾軀殼中復活十尾，而到了這一步，大筒木輝夜的意志已經被封印在其中而沒有顯露。
最後，將十尾吸收成爲十尾人柱力，放出神樹的部分讓其成長，匯聚大筒木輝夜被分裂的意志，開啓大筒木輝夜的九勾玉輪迴眼，對整個兒世界釋放無限月讀，喚醒大筒木輝夜其餘散落在大地深處，封印着她意志的查克拉，匯聚起來才能讓大筒木輝夜甦醒。
除了以上的種種保險，六道仙人還在監督着封印，可以說原劇情中完全是六道仙人放任人類的行動，爲已經忘記大筒木輝夜恐怖的人重新團結起來，面對一個超級大boss，再由自己出手讓選擇的兩個人再度封印自己老媽，以此讓世界達到和平。
也許論實力六道他媽比六道強，但論智商和佈局，六道可以輕鬆坑他媽，那個大筒木輝夜的意志也許最初六道仙人沒發現，但後來絕對發現了，不過對人類死亡的六道仙人也是懶得管，或者說從那一刻起有了讓人類自己作死，明白不能作死之後步入和平的念頭。
不過現在，六道仙人已經發現一條更加合理而且成功率更大的道路。
“咕咕咕咕——啊啊啊啊——吼吼吼——！”
幾乎不能除之爲生靈的叫聲在外道魔像口中響起，九隻尾獸的查克拉在外道魔像體內匯聚在一起，外道魔像的身軀頓時發生了變化，如同一團橡皮泥般蠕動，變幻模樣中發出強橫的查克拉波動。
蘇淵站在外道魔像身上，一雙輪迴眼散發着淡淡的壓力，將能量模擬成這個世界的查克拉，手上快速結印，讓外道魔像，或者說十尾加快速度變化。
“主人，開始了。”青行燈夢囈般說出一句話，從背後抱着蘇淵的妖仙緩緩發光，身體漸漸化爲光芒，物質化的身體崩塌，化爲純粹由能量和意志構成的光芒，這些幽青的光芒躍動閃耀，一縷縷融入蘇淵的體內。
靈魂網絡只是讓個體靈魂作爲節點，散發的精神波動凝結成彼此聯繫的靈魂鎖鏈，靈魂鎖鏈構造成靈魂網絡，以此達到靈魂通訊，精神傳遞等等作用。
然而，此刻青行燈卻是憑藉自己可以直接化爲精神體和意志體的能力，完全融入了蘇淵靈魂之中，兩個靈魂彼此融爲一體，可以說是完全將靈魂向着對方敞開，這是十分危險的行爲。
若是心底有一絲排斥，哪怕本人都沒有感覺到，靈魂融合就會失敗，而且兩個融合的靈魂會受到一定動盪……