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整部電影一共兩個小時，而主要的劇情，都集中在強尼他們返回基地之後，
原來，強尼他們一回到基地，就在傑克的幫助下，通過傑克的超高權限，把“布市慘劇”的真相通過軍隊與公共雙網絡公佈於全世界，包括由傑克提供的巴拉克與軍部大佬們諸多犯罪證據，還有傑克這個活生生的人證，所有的一切可以說是鐵證如山，
一瞬間，舉世譁然！
但巴拉克與軍部的反應速度卻也不慢，
巴拉克立刻下令逮捕傑克與強尼等人，否認了對自己一切指控，卻認定“布市慘劇”就是聯邦軍部一手策劃的，而他也是聯邦軍部陰謀的受害者。
隨後，巴拉克宣佈，提康德陸加空中基地正式脫離聯邦，進入一級戰備狀態，要求聯邦軍政府集體下臺，接受軍事法庭……當然是提康德陸加軍事法庭的審判！
而聯邦軍政府則宣佈一切對聯邦軍政府的指控都是污衊，是巴拉克派他的親信自導自演的鬧劇，作爲他反叛聯邦軍政府的藉口。
同時聯邦軍政府也下令，宣佈巴拉克爲叛國罪，整個聯邦進入一級戰備，號召提康德陸加基地的所有軍人聽從聯邦軍政府的指揮，逮捕巴拉克與他的所有親信，將他們送回星球接受審判。
就這樣，巴拉克與聯邦軍政府互相指責，互相宣佈對方叛國，整個聯邦面臨分裂，大戰一觸即發！
從雙方的實力對比上，巴拉克雖然只有一個提康德陸加太空基地，卻等於整個聯邦三分之一的軍力，而且是最精銳的那部分，
聯邦軍政府也不弱，畢竟佔據着數量上的優勢，而且是在星球大本營，雙方可以說勢均力敵，
不過聯邦軍政府手中卻有巴拉克沒有的一樣東西，那就是媒體，
誰掌控了媒體，誰就等於掌控了輿論，
於是在聯邦軍政府的操控下，全球主要的媒體網絡開始了狂轟濫炸式的報道，將巴拉克形容成了一個最無恥，最卑鄙，最殘暴的軍事獨裁者，尤其是以前他那個敗類兒子劣跡，簡直就連再加工都不需要，直接拿出來就能把民衆的肺給氣炸！
媒體還不忘連傑克、強尼與蒂斯他們也一塊黑掉，在媒體的“挖掘”下，各種無中生有的污衊像傾盆而下的泔水一樣潑向了強尼等人，把他們各個都描繪成了卑鄙無恥之徒，因爲這樣那樣的原因成爲巴拉克的走狗叛國。
原本就被聯邦軍政府洗腦幾百年的民衆，大部分都相信了聯邦軍政府的鬼話，報紙上、網絡上、電視上，民衆對巴拉克的聲討一浪高過一浪。
當然也有清醒者，很多地方爆發了騷亂，尤其布市倖存者聚集的城市，許多憤怒的人們走上街頭，遊行抗議，要求聯邦軍政府解釋發生在布市的一切。
但他們卻遭到了聯邦軍政府最血腥的鎮壓，當然，這些都是不會爲外界所知的，只是如媒體報道的那樣———少數不明真相的民衆被違法分子矇騙，如何如何。
至於軍隊就更不用說了，一條口頭傳達的命令瞬間傳遍整個聯邦軍，任何膽敢非議聯邦軍政府的人，無論軍銜、職務、年齡、性別，一經發現，就地槍決！
就這樣，在聯邦軍政府的鐵血手腕下，整個人類社會與軍隊瞬間陷入了一場看不見的血色恐怖之中，
這就是一個獨裁的國家機器恐怖的力量！
相對而言，巴拉克就很吃虧了，事情一出，他在星球上所有的勢力都被聯邦軍政府在最短的時間內拔掉了，他也乾脆切斷了與星球的一切聯繫，繼續下令基地抓緊戰備，一副要跟聯邦拼個你死我活的架勢，
因爲這個時候的巴拉克已經差不多已經要瘋了，大兒子的死對他已是沉重的打擊，而二兒子的死更是粉碎了他所有的希望，當得知這一切都是聯邦軍政府，與自己最信任的傑克共同製造的一場陰謀，他離奇憤怒直至失去了所有理智，既然無法通過正常手段推翻聯邦軍政府，那就毀滅所有的一切，讓整個聯邦來爲自己全家陪葬吧！
不過他並不知道，原本牢牢掌控在他手中的太空基地，此時卻出現了狀況，主要來自他手下的高級將領們，
那些人可都不傻，一個個都是人精，他們全都一眼看出，傑克與那幾個大兵說得肯定都是真的。
他們也同時看出，在與聯邦政府的較量中，巴拉克已經處於了劣勢。因爲一個清醒的有理智的巴拉克是恐怖的，哪怕放在幾個星期，甚至幾天以前，都值得他們爲之效忠。但現在的巴拉克已經處於了毫無理智的瘋狂之中，他已經失去了對敵人的判斷，特別是對自己的控制，這種狀態怎麼指揮軍隊跟聯邦軍政府對抗？結局肯定必敗無疑，誰也不願意陪他一起死。
再說，他們的家眷可都在星球大本營，在聯邦軍政府的手中，而且聯邦軍政府也通過秘密通道跟他們取得了聯繫，所給於的承諾與條件真是想不心動都難。
於是，在這羣高級將領的秘密行動下，巴拉克在不知不覺間滑向了被架空的邊緣，
而在這一系列的陰謀中，原本就處於漩渦中心的強尼等人又怎能獨善其身？他們被關在基地內防守最嚴密的一處監獄裡，巴拉克準備等開戰那天拿他們祭旗，那些秘密反叛的高級將領也準備等推翻巴拉克後就處決他們，這是聯邦軍政府的要求之一。
但誰都沒想到，又有一個意外發生了，
巴拉克畢竟掌控提康德陸加基地已經十幾年，要說沒幾個死忠也不可能，就在那羣高級將領自以爲萬事俱備，就準備生擒巴拉克的前夕，他的一個死忠向他報告了這一切，
被逼上絕路的巴拉克決定先發制人，集合還忠於自己的部隊，向那羣背叛自己的人發動了攻擊，
那羣將軍被打了一個措手不及，損失慘重，不過他們畢竟策劃已久，很快就緩過勁來，一邊指揮軍隊展開反擊，一邊向早已潛伏在四周星系的聯邦軍發去消息，
提康德羅加基地陷入了一場混戰中，
就在這個時候，一夥人突然衝入監獄，救出了強尼等人，裡面居然也有強尼的前女友卡門，還有她的現男友山德，
原來，自從強尼他們說出了真相，基地內很多人就相信了，這其中又以來自布市的軍人爲主，就在他們等待正義得以伸張的時候，隨後發生的一切徹底粉碎了他們的所有希望，在基地與星球切斷聯繫之前，親人們口述的所遭遇的血腥鎮壓令他們無比悲憤，聯邦軍政府的黑暗、狡詐與殘暴超出了他們的想象！
而巴拉克跟聯邦軍政府也是一丘之貉，指望他能伸張正義簡直是癡心妄想，
在這種情況下，許多布市籍貫的軍人，以及許多富有正義感和良知的其他籍貫軍人秘密組織起來，準備通過其他手段爲布市死難的親人討回公道！
而他們所要做的當務之急，就是保住“證據”，也就是強尼等人，
於是趁着基地陷入混亂，他們成功救出了強尼等人，但此時，大勢已去的巴拉克居然瘋狂到啓動了基地自毀程序！
所有人拼命逃離基地，但強尼卻決定不逃走，因爲他想再試一次，向所有人再講述一遍他所知道的真相，儘量爭取讓更多的人不要被聯邦軍政府的謊言欺騙，
而要這麼做，只能通過基地的總控制檯才能把直播信號毫無阻攔的在所有軍艦、飛船包括逃生艙中播放，可就算他做到了，最後他也肯定沒時間再逃離基地了，
這個時候，誰都沒想到，傑克站了出來，他表示自己可以替強尼去做這些，他可以將強尼在任何一艘飛船上發來的信號，通過基地的廣播強行轉發給所有的軍艦，甚至包括星球，
“我說過，我是個該死之人，請讓我用這種方式贖罪吧！”傑克懇求道，
強尼同意了，並在最後一刻選擇寬恕了傑克。
就這樣，強尼他們一邊駕駛飛船逃離基地，一邊在飛船上，由強尼與蒂斯等人再次把自己所知道的一切真相說了出來，先發送給留在基地控制室的傑克，再由他通過基地最高權限傳播向整個宇宙，實時的顯現在了整個基地，以及將要、正在或已經逃離基地的數百艘軍艦與飛船的所有屏幕上，
幾十萬人在同一時間觀看到了這些畫面，
而當強尼他們剛剛說完，畫面卻轉變到了傑克身上，只見他眼含熱淚，將一張照片展現在屏幕上，說道，“我用我的生命，還有我最愛之人的在天之靈發誓，強尼他們所說的一切都是真的。同胞們，軍人們，年輕人們，爲了你們的家人不再遭受和我一樣的悲劇，爲了你們的後代都能生活在一個自由的世界，爲了上帝的榮光重新照耀大地，請你們拿起你們手中的武器，跟強尼他們一起戰鬥吧！”
話音剛落，畫面突然消失，緊接着，劇烈如行星爆炸的一幕就發生了，四周的宇宙瞬間宛如白晝，人類歷史上最龐大的空中基地在巨大的爆炸中變成了宇宙塵埃，
數百艘大大小小的宇宙戰艦停留在宇宙空間中，幾十萬人目瞪口呆的看着這一幕，回想着不久之前所看到、聽到的那些，
就在這時，所有軍艦都發現，一支龐大的艦隊正在朝這裡快速逼近，聯邦軍要來了！
忽然，一艘軍艦調轉方向，駛向了茫茫宇宙，但那個方向，並不是家鄉，
可是，很快，一艘又一艘軍艦也調轉方向追了上去，
當聯邦軍最終來到時，只剩下了不到三分之一的原基地軍艦。
幾天後，脫下原聯邦軍軍服的強尼等人，宣佈成立自由軍，以解放全人類爲目標，向聯邦宣戰。
同日，聯邦宣佈這支軍隊爲叛軍，並計劃在三個月內將其全部殲滅。
影片，至此結束。