發佈會結束後，約翰帶着劇組進入了環球影城25號影棚。
《黑客帝國》的拍攝大部分都會在攝影棚裡完成，少數的戲份會放在曼哈頓和史丹頓拍攝。
值得一提的是，約翰讓建模團隊建造了一座微縮版的史丹頓，作爲整個《黑客帝國》故事的背景城市，風中燭火大廈、螺旋塔、王國大廈、小黃瓜、碎片大廈……這些標誌性建築都將會一一出現在電影中。
當然，約翰這麼做除了宣傳史丹頓外，還有一個更重要的原因。約翰知道，史丹頓絕對逃不過好萊塢那羣賤人的毒手。那頭猩猩可能以後不蹲帝國大廈，改蹲螺旋塔了，靚湯不去爬哈利法塔，改爬風中燭火大廈，日本那頭怪物也不去曼哈頓了搞破壞了，改來史丹頓下蛋了，蝙蝠俠和小丑會在史丹頓相愛相殺，擎天柱和威震天也會在史丹頓進行世紀大戰，還有漫威那羣變態，DC那個內褲反穿的傢伙……，史丹頓人民未來將會水深火熱，成爲全球最多災多難的人。
所以，與其讓那羣賤人動手，約翰決定自己先來，男人對第一次還是很在意的，花了幾百億建了這麼多大樓，怎麼能將這些大樓的第一次拱手讓給好萊塢那羣賤人呢！特別是爆炸貝那個傢伙，對毀滅一切標誌性建築都樂此不疲，簡直就是史丹頓的災難。
“奈特！”
約翰走進影棚將遠處正在和道具團隊談話的奈特叫了過來。
“準備怎麼樣？”
“道具、服裝、燈光、演員……都OK了！”
“好，通知大家準備開機了！”
“好的！”
奈特點點頭轉身離去。
約翰隨後又把寶爺和特效總監叫了過來。
“寶爺，你先看我拍文戲，熟悉後，你在拍武戲。”
寶爺作爲演員和導演自然會拍戲，但粵港與北美的拍攝方式很不同，規矩很多，粵港三個星期就能拍出一部電影，這在北美是不可能的，吳雨森來北美拍都會有水土不服的情況，所以約翰希望寶爺在旁看他怎麼拍，然後快速找到北美的拍攝方式。
“沒問題！”
寶爺點點頭，一個地方有一個地方的規矩，別說國與國之間，就是一國之內北方人和南方人的生活習慣飲食可能都不同。想要在一個地方生根，就得熟悉這個地方的水土。
“特效這邊全程支持，拍完一段就製作一段，我們的時間很緊，明年6月成片必須出來，今年超級碗預告片也必須要弄出來。”
《黑客帝國》最廢時間的不是前期的拍攝，而是後期的特效製作，一段幾分鐘的特效可能就需要幾個月才能完成，而《黑客帝國》的特效很多，爲了能在明年暑假檔準時上映，約翰這次一口氣請了四家特效公司來製作。
“好的！”
特效總監點點頭。
奈特通知衆人準備開機後，演員、劇組成員忙碌了起來，約翰來到監視器後坐了下來，見準備好後，喊了開機。
第一場戲是尼奧與莫菲斯在房間裡的一次談話，由於演員準備得充分，二個演員演技也都到位，拍攝十分順利，二遍就過了。
隨後約翰又拍攝了五條，完成了今天的任務後，才宣佈解散。
劇組每天拍什麼戲，拍幾段都有規劃，耽誤一天費用就會多一點，所以拍攝期間是不能出現任何意外，一旦出現意外，成本絕對會超支，這對於製片方來說就是災難。
經過幾天的拍攝，劇組漸漸磨合好後，拍攝越來越順，《黑客帝國》只是一部商業片，對演員的演技要求不是很高，只要基本過得去就行，而且也不講什麼深奧複雜的理論，帶有一些神棍的氣息就行，太複雜會把觀衆看糊塗，這對於一部商業片來說是致命的，約翰可不想花上億美元搞出一部神秘的哲學片出來。
“卡，好了今天的拍攝任務結束了！”
連續拍拍攝了三個多星期後，文戲全部完成，接下來就是武戲，武戲由寶爺負責，約翰會退居二線，將主導權交給寶爺。
“寶爺，劇組明天就交給你了！拍攝的時候慢一點沒關係，但千萬要注意演員和劇組成員的安全，太危險的地方勁量用替身。”
約翰叮囑了一遍，武戲最容易受傷，所以劇組爲每個演員配了二個替身，受傷一個還有一個，但演員只有一個，一旦受傷，特別是傷到骨頭就麻煩了，傷筋動骨一百天，等傷養好了黃花菜都涼了。
“好的，明白！”
寶爺知道約翰擔心什麼，事實上他的壓力也大，這是他第一次執導投資如此大的電影，如果出現了意外，那就是災難。
將該叮囑的事叮囑完，約翰帶着雨果離開了影棚，返回皇冠工作室。
“對了雨果，你姐姐現在怎麼樣？”
車上，約翰看着窗外的建築突然想起了雨果的姐姐。
“前段時間聽她說要請什麼女魔頭幫她設計一座中檔住宅區，現在估計在爲這事忙着呢！”雨果回道。
“扎哈·哈迪德的設計費可不便宜，會增加很大的成本，作爲中檔住宅區可能不好賣！”約翰道。女魔頭的設計費是總投資的30%，貴得要死，一箇中檔住宅區最少數億美元的投資，設計費起碼一億美元起步。
“姐姐說了，這個小區不賺錢，只爲了打響公司的知名度，給史丹頓政府一個好印象，未來才能拿到更多的地。”雨果歪着腦袋看着約翰道。
“你姐姐蠻有經商頭腦的，最主要的是不貪。”約翰讚賞的點點頭，不貪的人才能走得更遠，活得長久纔是王道，曇花一現再美也只是一時的。
“那當然，我姐姐可是很聰明的。”雨果看見姐姐事業起步心裡很高興。“對了boss我還沒好好謝謝你，要不是你幫忙，我姐姐也不能這麼順利。”
約翰擺擺手。“不用謝，作爲你的老闆，幫點小忙應該的，再說這也是幫我自己。”
約翰對身邊人從來都不吝嗇，而且他也喜歡幫助有野心的人。