拖雷大諾顏的去世，震驚了世界。對於蒙古的敵人來說，心裡都鬆了一口氣，這個最強硬的人終於離開了這個世界。對於蒙古軍民來說，卻失去了一位傑出的統帥。悲痛、驚慌、懷念，陰鬱的心情把整個蒙古草原籠罩在哀愁之中。
窩闊臺大汗痊癒了，聽到大諾顏的死訊，悲痛萬分。當時就下令斬殺金國宰相依剌普阿，祭奠大諾顏拖雷。身體稍有恢復，就啓程趕到三河源頭，親自主持了大諾顏的葬禮。窩闊臺大汗在葬禮上淚流滿面，慟哭不止，哀動三軍。
整個蒙古草原，從吉爾吉斯、謙謙州一直到按台山，都是拖雷大諾顏的封地。窩闊臺大汗過去一直是在和林處理政事，作爲大諾顏當然是盡力協助，但是作爲全蒙古的可汗多少有點客居的感覺。大諾顏的喪事辦完之後，窩闊臺大汗就把他的大斡爾朵逐步向斡爾寒河上游遷徙，逐步遠離了大諾顏一系駐牧之地和林。
應該說繼承汗位的窩闊臺面臨着無數的困難，這個可汗，難啊。蒙古純粹是成吉思汗靠一己之力建立的國家，是靠成吉思汗無比的威望維持的，一旦沒有了成吉思汗，誰會服從他的權威呢？
他父親成吉思汗建立的草原帝國，其實只能算一個原始的邦聯式國家，汗權是受到很大限制的。草原上自古的規矩就是從無軍餉，戰爭所得全靠戰利品，因爲爭奪戰利品造成的悲劇舉不勝舉。對於這個問題，成吉思汗立下了規矩：功大的先搶，功小的後搶。先搶的進門後插上一支箭，後來的就不能動這個地方了。
無論是誰搶到了戰利品，都要給成吉思汗留一份。這樣，就建立了一個分配體系，沒有參加的大臣貴族也可以分一份，叫做俵分。這樣汗權就開始重了，因爲他掌管着戰利品的分配權，尤其是土地和奴隸的分配權。這直接決定着每個草原貴族的強弱。
當年成吉思汗曾經說過：取天下了哈，各分土地，共享富貴，人人有份。這是成吉思汗對黃金家族和依附黃金家族的貴族們，一個莊嚴的承諾。
就是說作戰中的戰利品，所有的蒙古將士都有份。而最重要的土地和人口，則屬於黃金家族，和依附他們的姻親、親臣、將領和歸附的軍閥、大臣、首領等等。因此成吉思汗分封的東西道諸王，就成爲了相對獨立的兀魯斯，他們有在封地上徵稅，任命官員，建立軍隊，甚至司法斷事的權力。
即使是小一些的千戶、百戶封地，也等於是一方諸侯，具有很大的權力。他們對蒙古大汗的義務，是派子弟宗王率領屬民參加大汗的戰爭。當然，戰爭勝利之後，黃金家族成員和一些功臣也會得到該得的一份土地和人口，被稱爲份子。
這些有土地有人口的宗王和諸侯，怎麼會輕易服從一個給自己帶不來什麼利益的可汗呢？如果不是拖雷大諾顏，把成吉思汗留下的巨大財富都留給了窩闊臺大汗，他根本無法指揮調度這些土皇帝。如果不是拖雷大諾顏的巨大威望，他也根本無法組織攻金這種巨大規模的戰爭。如果不是大諾顏的支持，他甚至組織不起自己的領導班子，因爲他自己的必闍赤根本就不熟悉整個蒙古汗國的政務。
現在，戰爭告一段落。拔都王爺回去了，察合臺王爺回去了，以斡赤斤王爺爲首的東道諸王也走了，而他最爲依靠的拖雷大諾顏也去世了。因爲大諾顏的去世，拖雷的兀魯斯對他這個大汗已經隱隱有了不滿。再也沒有幼弟的巨大支持了，他感到前所未有的孤獨，他能把控住蒙古這條巨舟麼？
而他自己，也對拖雷的去世疑惑不已。但是他不敢深究，他知道如果徹查的話，一定會牽連到他的重臣、妻子和兒子，那樣的話就是驚天的醜聞，他這個蒙古可汗還能坐的下去麼？成吉思汗締造的汗國必然陷入分裂和內戰。所以，他只能隱忍，再隱忍，永遠隱忍，直到自己忘記。
但是棘手的局面還是要面對，他首先做的，就是調整人事，建立他自己的中樞班底。
蒙古的最高民政官員是也客-札魯忽赤，就是大斷事官。在成吉思汗時代，一直是失吉忽突忽，拖雷監國之後，失吉忽突忽卸去了此職，一心伺候大諾顏。所以，實際上在拖雷監國期間是沒有最高斷事官的，實際上一直是巴根臺在擔當這個職務，只不過他沒有掛這個名號而已。
窩闊臺也很信任巴根臺，希望他繼續擔當這個職務。但是大諾顏死後，巴根臺心灰意懶，天天混在部隊裡，工棚中，學堂裡，不願出來理事。他斟酌良久，最終任命了額裡只吉歹爲大斷事官。
最重要的，是他的中樞班子，他決定仿效中原漢制設立中書省。任命耶律楚材爲中書令，粘合重山爲右丞相，鎮海爲左丞相。中書令雖然位在大斷事官之下，但是實際權力要大的多。耶律楚材掌握着宣發號令，朝覲貢獻和敷奏之權，蒙古屬地各個地方長官奏事必須要先通過他，並且他還掌握着至關重要的敷奏建議之權。
更要緊的是，他還直接控制着中原的10路課稅所，包括燕京、宣德、西京、太原、平陽、真定、樂平、北京、平州、濟南10路，這基本上包括了當時能掌控的所有中原財稅，除了楊妙真的山東、淮南行臺。主要是因爲巴根臺爲楊妙真、李儃母子說情，李全剛剛陣亡，如果在那裡再課稅，寒功臣之心。窩闊臺大筆一輝，就免了巴根臺舊部的錢糧。
但是鑑於耶律楚材權力太大，窩闊臺汗還是分了他一部分權力。所有來自各地各種文字的文書奏報，必須在文書後面的年月之前，由鎮海親寫蒙文，賦予諸達魯花赤纔有效。
中書省建立起來了，下一步就是要收緊各個地方的權力，收歸中央大汗斡爾朵。黃金家族宗王的權力不好收回，那麼只能從中原漢地先開始，任何是阿姆河地區和花剌子摩國故地，那些屬於黃金家族的公共領地。畢竟中原漢地問題最嚴重，仍然是軍閥割據，各自爲王的局面，不收回這些土皇帝的職權，哪來的大汗令行禁止。
在成吉思汗攻金的過程中，先後任命了一批地方軍政長官，大部分是漢軍和契丹軍官員：
鎮守中都的，是天下都達魯花赤札八爾火者，和太保、都元帥石抹明安，石抹明安去世後，其子石抹鹹得不襲職燕京行省。
宣德方向，是太傅、國公耶律禿花，統領漢軍和契丹軍。
北京方向是權兵馬都元帥吾也爾和降將烏古倫寅達虎。
西京大同是劉柏林、劉黑馬父子鎮守，職務爲兵馬副元帥。
遼水以西，灤水以東，由御史大夫石抹也先負責，提控諸路諸路元帥府事。
畏兀兒人塔本爲都元帥，鎮撫平灤行省。
隨着木華黎經略中原，蒙古的戰略有了調整，不再以劫掠爲主，而是對土地實施佔領。但是木華黎國王兵力不足，金國又大肆拉攏河朔軍閥。木華黎國王針鋒相對，也拉攏本地的軍閥豪族，大肆授官，與金人展開政治爭奪戰。
這就造成了大量的漢軍世侯，他們在自己的轄境內即統軍，又管民，自己任命屬官，徵收賦稅，處理刑罰，而且父死子繼，兄終弟及，世襲相傳，專制一方，所謂的漢軍3萬戶，漢軍7萬戶就在這些世侯裡。他們包括：
劉柏林、劉黑馬父子，地盤是在西京大同，他是窩闊臺汗最早分封的漢軍3萬戶之首。
史天澤，地盤在河朔真定。史家是成吉思汗分封的最早的漢軍2萬戶之一，窩闊臺汗分封的漢軍3萬戶之一。不僅如此，他還兼統河間、大名、東平、濟南，算上真定，統共5路之兵。巴根臺當年招降的史家，已經稱爲了河朔霸主，連窩闊臺汗都頭疼啊。
張柔，地盤在保州一帶，保州都元帥。因爲隨大諾顏拖雷徵金有功，已經受封新的漢軍7萬戶之一。他手中的兵力，不再劉家、史家之下。
嚴實，地盤在東平，巴根臺舊將。東平行省雖然沒有劉、宋、張等兵力強，但是地盤最大，所統50餘城。因爲巴根臺在益都培養的大批工商技術人才，少數還活着的有的就在嚴實部下，所有這個地方經濟最繁榮，可謂是亂世中的淨土。
張榮，地盤在濟南附近，一直到徐州、沛縣。巴根臺又一箇舊將，巴根臺一部分舊部也在他部下，所有和嚴實一樣，同樣地盤廣大，經濟繁榮。他與真定史氏、東平嚴氏和保州張氏爲4諸侯。
楊妙真、李儃，地盤在益都行省，李全陣亡以後，他們就稱爲了專制山東的豪強。巴根臺在益都留下的軍事班底，大部分都在楊妙真、李儃母子手裡掌握。因此，他們這一方實力強大，擁兵6、7萬，控制山東東路數十城，在山東軍閥中實力最強。
除了這幾大軍閥，其餘大大小小的諸侯還有數十個，比如大名行省的王珍，中山萬戶邸順，平陽萬戶李守賢，太原萬戶郝和尚拔都，鞏昌便宜總帥汪世顯等等。
打仗的時候，窩闊臺大汗看着這些人很高興。可是仗打完了，這些人可怎麼辦呢？接着任由他們無法無天？那還要他這個蒙古大汗幹什麼？！