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僅僅過了兩個月，林丹汗的左翼大總官塔什海就率部衆投降了滿桂。在這兩個月的時間裡，塔什海多次向林丹汗請求支援糧食，但林丹汗現在是自身難保，那裡還有糧食救援塔什海，爲了活下去，他纔不得不投降滿桂。至此，滿桂不費一兵一卒就完全佔領了整個鄂爾多斯地區。
六月初六，黃河於孟津決口，軍民商戶死傷無數。百姓轉徙，淪爲流民。朱由校知道在歷史上，崇禎年間黃河曾多次決口，治理黃河是朱由校必須馬上要做的事情。
“自潘季馴潘尚書治理黃河以來，黃河未曾發生過大的災害，但人亡政息，只不過數十年的光景，黃河便再次決口，朕這次準備設立河道總督衙門，專門負責治理帝國境內的河道，朕希望能根治黃河水患。”朱由校說道。明朝總督河道和清朝的河道總督是有區別的。
“陛下，依潘尚書的‘束水攻沙’治理黃河的確是一個行之有效的辦法，但陛下要根治黃河水患，卻是一項花費巨大的工程，去年的北伐以及軍改使得國庫到今年依然處於赤字，根據今年的財政預算，臣預計國庫最少需要三到五年才能填補虧空。”新任工部尚書張延登說道。
“總而言之就是一句話，國庫沒錢，治理黃河之事要延後。”朱由校冷聲說道。
“陛下，臣認爲治理黃河可以分段進行治理，三五年之後必有小成，十年之內必有大成。”郭允厚躬身說道。
“可是還是需要錢，治理黃河非十年二十年之功，而是長期的過程，黃河中上游的植樹造林保持水土流失也是至關重要的。”朱由校說道。
“如果要在黃河中上游大面積地植樹造林，牽涉到的錢鈔會更多，國庫暫時根本無力負擔。”張延登繼續說道。
“陛下，臣以爲有必要進行稅制改革，增加國庫收入。”周應秋建議道。
“陛下，稅制改革此時並不宜實行，軍制改革剛剛纔結束，整合軍改還需要一兩年的時間，此時匆匆忙忙地進行稅制改革，實在是不可取，勢必會引起更多的波動。”韓爌首先反對道。
“臣也以爲現在不是稅改的時機，軍改已經讓民心浮動，去年漕工鬧事便可以說明問題，要使民心安穩非得三五時間不可，而此時再上馬稅改，勢必會讓局勢混亂。”孫承宗反對道。
“朕以爲貴族院自成立以來，並沒有發揮出應有的責任，朕決定以後內閣成員由朕提名，貴族院決定七名內閣人選，三年之後，將在貴族院舉行第一次內閣票選，以後五年舉行一次，內閣成員可以連任一次，如遇臨時情況需更換內閣成員，依然由朕提名，貴族院票選。”朱由校突然說道。
“陛下爲何突然做出此決定？”孫承宗驚訝地問道。當然在場驚訝的人不止是孫承宗，而是所有的人都感到非常的驚訝，朱由校的這項決定絕對是顛覆性的，讓所有人一時都難以接受。
“兼聽則明，偏信則闇，朕以爲內閣成員挑選，不能由朕一個人決定，也不能由朝廷官員自己決定，而是應該由置身事外的貴族院來挑選，旁觀者清，當局者迷嘛。”朱由校微笑着說道。
“陛下聖明，內閣之事理該如此！”周應秋贊成道。
“朕已經給了內閣和貴族院三年的時間來調整適應此條新政，天啓十五年三月份便要執行，另外河道總督一職由南京都察院右都御史張延登出任，負責黃河的治理。”朱由校說道。
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對於朱由校關於內閣的決定，朝野也是議論紛紛。朝會之後，孫承宗特意約上韓爌、郭允厚兩人商議今天之事。
“我以爲陛下要推行新政，而內閣一直持反對態度，陛下才出自下策。”韓爌覺得朱由校這條政策就是針對他的。
“可是內閣成員一直都是由陛下欽定的，現在轉由陛下提名，貴族院票選，陛下此舉實際上還分權了。”郭允厚說道。
“陛下此舉實在是讓人看不懂，我才叫兩位一起前來商議此事，我原本以爲貴族院只是陛下在推行新政之時，爲了減輕阻力而設置閒職，但沒想到轉眼間，貴族院卻是擁有了實權。”孫承宗說道。
“此舉有利有弊，但就目前來看，弊是大於利的，陛下想借此機會調整內閣，換一批周應秋之流，朝廷正義之士恐怕再無出頭之日了。”韓爌說道。
“當今天子乃中興之主，就算是周應秋之流，只要人盡其才，物盡其用，帝國依然會是治世。”孫承宗說道。
“陛下此舉是爲百年計，設立貴族院實則是分權，百年之後，如果天子昏庸，貴族院的設立倒是有機會能規避出現奸臣弄權的局面。”郭允厚說道。
“陛下此舉的確有可能會限制了皇權，但如陛下如此強勢的天子，就算有貴族院，可也是無法制衡的，貴族院的存廢全在陛下一念之間。”韓爌說道。
“既然陛下要放權給貴族院，那我們可以藉此機會完善貴族院的制度，使得貴族院發揮真正的作用，畢竟現在還有三年的時間。”孫承宗提議道。
“孫閣老所言極是，我聽說西洋人也有類似的制度，我們倒是可以借鑑一下，而且孫元化已經歸國了，不日將會到達京師，他此去西洋必定比我等更爲了解，到時候再找他商議瞭解，爭取在三年之內製定出一項完善的貴族院制度。”韓爌說道。
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而那些皇親貴族聽到朱由校要賦予實權給貴族院的消息之後，貴族院一百九十九席頓時就成了香餑餑，以前朱由校要求貴族院的議席每年兩到四月份必須要在京師的貴族院辦公，但實際上，每年大部分議席都會藉故推脫，如果不是有俸祿拿，這些人甚至都不願意擔任什麼議席。
但是現在不同了，聽到貴族院以後負責票選內閣成員的消息之後，這些議席都紛紛前往京師，就怕被朱由校將自己議席職位給擼掉。