在第二道聖旨完成覆命之後，道光帝又發了第三道聖旨，將臺灣、廣東、上海和天津劃爲全國特別試驗區，四地的軍隊、政府和通商活動，統一交由新軍全權管理，皇帝親自掌控。
通令廣東正在執行封鎖港口，諭令永久停止中英貿易的欽差大臣關防林則徐、兩廣總督鄧廷楨、廣東巡撫怡良、廣東海關監督豫坤、廣東水師提督關天培、蘇鬆太道道員周祖植、直隸總督琦善等官員，務必與即將駐紮的新軍通力合作，狠狠打擊港腳商人以飛剪船在廣東沿海武裝公開販運鴉片的囂張氣焰。
林則徐（1785年8月30日－1850年11月22日），福建省侯官（今福州市區）人，字元撫，又字少穆、石麟，晚號俟村老人、俟村退叟、七十二峰退叟、瓶泉居士、櫟社散人等，是中國清朝後期政治家、思想家和詩人，官至一品，曾任湖廣總督、陝甘總督和雲貴總督，兩次受命欽差大臣；因其主張嚴禁鴉片、抵抗西方列強的侵略，在中國有“民族英雄”之譽。儘管林則徐一生力抗西方入侵，但其對於西方的文化、科技和貿易則持開放態度，主張學其優而用之。根據文獻記載，他至少略通英、葡兩種外語，且着力翻譯西方報刊和書籍。晚清思想家魏源將林則徐及幕僚翻譯的文書合編爲《海國圖志》，此書對晚清的洋務運動乃至日本的明治維新都具有啓發作用。
鄧廷楨（1776年－1846年），字維周，又字嶰筠，晚號妙吉祥室老人、剛木老人。中國江蘇江寧人，祖籍蘇州洞庭西山明月灣。清朝官員。善詩文，是著名的書法家，著有《雙硯齋詩鈔》。嘉慶六年（1801年）中進士，選庶吉士，散館授翰林院編修。後歷任浙江寧波、陝西延安、榆林、西安等地知府，湖北按察使、江西布政使、陝西按察使、布政使等職。道光六年（1826年），升任安徽巡撫，十五年（1835年）10月15日升任兩廣總督。在任職兩廣總督期間，鄧一度主張放開鴉片的進口，並於道光十六年九月初二（1836年10月11日）上奏要求弛禁。但是，弛禁消息一傳開，廣州地區吸食鴉片的情況驟然惡化，鄧不得不轉變立場，主張嚴禁鴉片。當欽差大臣林則徐到達廣州後，鄧迅速加以配合。
怡良（1791年－1867年），表字悅亭，滿洲正紅旗瓜爾佳氏，最初在刑部任筆帖式，後升爲員外郎。道光8年（1828年）起外放，逐級升遷，18年（1838年）出任廣東巡撫。在廣東巡撫任內，怡良積極配合兩廣總督鄧廷楨和林則徐的禁菸運動，並支持關天培在第一次鴉片戰爭初期的抵抗活動。
關天培（1781年1月8日－1841年2月26日），字仲因，號滋圃，江蘇山陽縣（今淮安市淮安區）人。乾隆四十六年出生在江蘇山陽（今淮安）一個軍人家庭裡，自小耳濡目染，習兵練武，駕船航海。1803年（嘉慶八年）考取武癢生，拔淮安城守營額外右營外委，後升左營把總、中營千總。後又歷任江南揚州營中軍守備、兩江督標中軍守備、外海水師奇營守備、江南蘇鬆鎮標左營遊擊、吳淞營參將、江南川沙營外海水師參將。1826年（道光六年），關天培押送漕米船1254艘自吳淞往天津，一路上排除萬難，逾百萬石漕糧完整運達。道光帝聞訊大喜，升其爲江蘇太湖營內河水師副將；次年特旨補授江南蘇鬆鎮總兵。1833年（道光十三年），署江南提督。1834年（道光十四年），發生律勞卑事件，廣東水師提督李增階因疏於防務、辦事不力而被革職，由關天培頂替。關到職後，致力完善廣州門戶虎門的防衛體系——加固炮臺、增設火炮、構築障礙、添補兵勇、擬訂戰術。1839年（道光十九年），林則徐任欽差大臣，奉旨到廣東禁菸，並節制廣東水師。關天培全力支持，協助林禁菸、銷煙。而損失慘重的英國開始採取武力報復，自此發動了數次進攻，都被關天培率水師擊敗，因而得到了道光帝的嘉許，賜號法福靈阿巴圖魯。英軍攻陷虎門炮臺後，同遊擊麥廷章一起傷重殉職。
周祖植，字芝生，河南商城人。嘉慶二十四年（1819年）己卯恩科進士。道光十七年（1837年）任蘇鬆道道員。官至江蘇按察使。
琦善（1786年1月18日－1854年8月3日），字靜庵，博爾濟吉特氏，滿洲正黃旗人。清朝官員。世襲一等侯爵，父成德，曾任杭州將軍及熱河都統。嘉慶十一年（1806年）由廕生授刑部員外郎。嘉慶二十四年（1819年）升河南巡撫，被褫職以主事餃留辦河工。歷任布政使、巡撫等職，官至直隸總督、文淵閣大學士。1838年8月至11月，在天津起獲煙土15萬餘兩。
港腳商人特指爲大英帝國服務在東亞南亞從事經商的英國公民、印度人、香港居民。包括LondonEastIndiaandChinaAssociation等。通常以英國人爲老闆，華人及印度人爲跟班。很多英國國會議員就是老闆，以販賣鴉片、茶葉、絲綢、瓷器爲主。
飛剪式帆船（Clipper）船型瘦長，長寬比一般大於6：1，船首前端尖銳突出，並且是空心的，航速快而噸位不大。由於採用了空心船首，使船在風浪中便於擡首，提高了它在浪中的航向穩定性、減小了船首的阻力。船體後部逐漸變廋的有傾度的水線平滑過渡到狹窄的圓狀船尾。艦船上多采用3-4高桅全裝備帆，高桅一般爲全船長度的四分之三左右，並且在船之兩側還有外伸帆桁，稱翼帆槓，可掛翼帆，使得帆的橫向尺寸遠遠超過船寬，更加大了帆的橫向外伸面積。此類艦船是1830年代在美國發展出來的新型快速帆船，但在1870年代後逐步被蒸汽機船所取代。
道光十九年臘月廿一日（1840年1月25日），新軍從臺灣順利登陸澳門、香港和廣州等港口，第二天登陸上海港，第三天登陸天津大沽口。在接下來的幾天，與駐防在虎門炮臺、吳淞口炮臺和大沽口炮臺的水師官兵完成了防務的交接。
年已58歲的廣東水師提督關天培，在新軍入駐前是持懷疑態度的，他認爲皇帝秘密訓練的新軍沒有經過與英軍實戰的檢驗，不會比廣東水師強到哪兒去。直到親眼看到了那些猙獰的艦船、力量感十足的武器和精神面貌煥然一新、新式服裝整齊惹眼的官兵，這才收起輕視之意，從內心深處感受到新軍的強大，甚至遠遠超過了英軍帶給人的震撼！
不光關天培如此，林則徐、鄧廷楨、周祖植、琦善、怡良、豫坤以及關天培的兒子關從龍、遊擊麥廷章等人，均報有類似的想法。
更讓人瞠目結舌的是，這些新軍竟然都沒有辮子，這可是殺頭的大罪，於是乎，林則徐、鄧廷楨、周祖植和琦善等朝廷重臣立刻以五百里加急的驛站快馬，向道光帝送去了奏摺，稟告這一重大事件。不久，道光帝回覆解釋說，新軍不留辮子，是鑑於快速作戰的安全性考慮，並非大逆不道，事先也獲得了聯的特赦令，諸位愛卿不必大驚小怪。
辮子風波暫時告一段落，更離奇的事件還在後面。
在肅清了港腳商人的飛剪式帆船之後，四個特別試驗區的新軍以相同的步調，開始修建軍用機場和港口，並列爲軍事禁區保護起來。
然後是對當地駐紮的八旗軍和綠營軍進行整肅，而道光帝也授予了新軍任免四個特別試驗區將軍、都統和提督以下滿漢官員的人事大權，不免讓八旗軍和綠營軍的官兵感到惶恐不安。
新軍對四個特別試驗區的官兵進行了體能測驗和抽血化驗，凡是查出吸食鴉片的，不分官職一律開除；雖然沒有吸食鴉片，但體能測驗不過關的，以一個月爲限進行強化訓練，一個月以後如果仍然不達標，一律開除。
頒佈了《新軍事條令》，共計九章三十三條，從總則、組織機構及職責、崗位職責、生活制度、訓練制度、考勤和請銷假制度、值勤和會議制度、考評和獎懲、附則九個方面對軍隊官兵進行了規範化管理。不論新兵、老兵和職務高低，違反條令者，一律依照獎懲制度進行處理。
那些八旗軍和綠營軍的官兵，一開始還有很大的牴觸情緒，在看到新軍官兵也是一樣的對待時，頓時就無言以對了，紛紛馴服下來。