軒轅帝素來喜歡和百姓在一起。這一日，他在黃山和當地百姓在一起開山鑿石，幫助他們建造房屋。這時，一個村民發現了一塊外形奇特的石頭。這塊奇特的石頭引來了衆多村民的圍觀並且產生了千奇百怪的猜測。
“你們看，這個石頭是不是有點像壽桃？”
“不對不對，我倒覺得它像個抱團的猴子。”
“你哪隻眼睛看到這石頭像個抱團的猴子啦！？”
“你哪隻眼睛又看到它像個壽桃啦！？”
“你！——”
兩個村民各持己見，毫不退讓，鬧得不可開交，還動起手來了！周圍的村民都趕來勸架，引起了軒轅帝的注意。軒轅帝不願雙方上了和氣，立馬扔了手上的鑿子，也跑去勸他們。
“怎麼回事！？還動起手來了！”村民們聽見首領的聲音，立馬讓開了，剛纔還在激烈打鬥的兩個村民也立即放規矩了。軒轅帝走進人羣，看了看剛纔打鬥不止的兩個村民，只見他們雙方都被互揍得鼻青臉腫的，心裡頓時火了，究竟是什麼樣的事值得鄰里之間這樣傷了和氣？
“打啊？怎麼不打了？鄰里之間，擡頭不見低頭見，究竟有什麼大不了的，值得你們之間大動干戈，互傷了和氣？”
“是他先動手的！我不過就說了句那個奇怪的石頭像抱團的猴子，一點也不像壽桃嗎？”
“明明是你先挑釁我的！”
兩個村民都擼起了袖子，準備再打一架。軒轅帝一聲喝止，身爲首領的威嚴不容侵犯，兩個村民嚇得立即退了下去。軒轅帝走近那塊外形奇特的石頭。他發現，兩個村民都說得有理。從正面看，這塊石頭像個壽桃，但從側面看，這個石頭卻像個抱團的猴子。軒轅帝伸手欲將那手頭抱起，不料那石頭裡突然有光亮一閃一閃的出現，嚇得村民們還以爲是個什麼妖怪，只有軒轅帝毫無畏懼。
軒轅帝施法脫去了奇石的表層，呈現在衆人面前的竟然是一塊完美無瑕的玉石。此玉石初現人間，光芒四射，衆人在那一時間皆無法睜開雙眼。此玉出石非凡，定不是尋常之物。軒轅帝將其託在手中，自覺似神遊於天地之間，於是給此玉命名爲通靈寶玉。
得到奇玉後，軒轅帝迅速返回王宮。一路上，他一直在琢磨該玉石的用途，要是就以這個樣子放在那裡，豈不浪費了？一回到王宮，軒轅帝就急忙去了碧仙宮，一是急於想見到許久未見的愛妃姑射，二是他想到可以將此玉送於姑射，如此的好玉，就由她決定想做成什麼。
“愛妃，愛妃，快來看看我給你帶了什麼好東西。”
“什麼好東西啊？不會又是什麼上等粟米吧？”一位身着樸素，姿色美麗的女子從內殿中笑着出來了。
“愛妃，你就別跟我開玩笑了。我這回帶回來的東西可不是一般，你看！——”軒轅帝將桌上的錦盒打開，一塊通透無暇的絕世美玉呈現在姑射面前。她伸出絲綢一般柔軟的玉手，撫摸那塊美玉，忽然覺得自己彷彿飛上了九重之天。姑射對這塊美玉愛不釋手。
“愛妃，我正在想，要將這塊玉製成個什麼花樣？若以原石這樣放着豈不可惜了。”
姑射聽此，便告訴軒轅帝：“軒轅哥哥，我最喜歡彈弄各種樂器，不如就將此玉製成玉笛如何？”
“好，依你所言。來人，你將此玉石交於玉匠，命他將此玉製成玉笛。”交代之後，軒轅帝臥榻休息，姑射爲其彈奏由二人共譜的鎖君心。夫婦如此，好景如畫，謂之：“只羨鴛鴦不羨仙。”
玉匠房裡，盧工正在制笛。他切開玉石，發現裡面有一塊精玉，靈氣環繞，似能通曉人心。精玉雖好，但質地過硬，盧工用盡各種辦法，也不能在上面下任何功夫。但是他又怕首領責備其無能，於是將精玉從玉石中取出，藏於密處。盧工將取出了精玉的玉石製成了龍鳳環繞的精美玉笛。
三日之後，盧工將已完工的玉笛獻於軒轅帝。軒轅帝看到玉笛，更爲驚歎，並對盧工的技藝大加讚賞了一番。軒轅帝將玉笛贈與姑射，姑射將玉笛細看了一番後，看向軒轅帝：“軒轅哥哥，有你爲我制笛，不如便由我爲此笛締名如何？”
“好，當然好。”
姑射想了一陣子，靈光一閃：“它就叫做軒轅笛。軒轅哥哥以後不在我身邊的時候，它就代你，成爲我的安慰。”
軒轅帝將姑射一把緊緊地摟在懷裡，他知道他很對不起她。身爲一方的首領，他不能時常陪在她的身邊，不覺心有愧疚：“以後，它便是我們之間的寄情信物。”
“好。”姑射用玉笛吹奏起了那首鎖君心，曲中飽含一個女子對其情郎的真愛。一曲笛音奏起，頓時宮內百花盛開，枯木再生，宮外亦是一片神奇，山花爛漫，百鳥齊鳴，綠草成茵。軒轅姑射無不爲之震撼，以爲是真情感天。城外百姓則以爲是天降祥瑞，頓時一片歡呼。
不久之後，軒轅帝又離宮治理黃河水患，一走就是半年。在這半年裡，姑射的身體越來越虛弱，宮中醫師均束手無策。姑射身邊的丫鬟由此認爲，肯定是娘娘太過於思念首領，以至於相思成疾。於是，她們悄悄讓宮外侍衛去通知首領，娘娘病重。
軒轅帝接到消息後，馬不停蹄趕回王宮，但卻只聽見整個王宮哭聲一片。軒轅帝心中大爲不祥，一口氣奔向碧仙宮，但他還是晚了一步，姑射已經離開了人世。軒轅帝將衆人趕出了碧仙宮，走近姑射的牀榻，看着已經毫無生氣的姑射。軒轅帝將姑射抱在懷中，姑射手中的笛滑落到地上。軒轅帝將玉笛拾起，這是他們之間的寄情信物，物還在，可是人已空。
“你起來啊，啊，愛妃？只要你醒過來，我以後會一直陪在你身邊，永遠不會再叫你寄情於物。你起來啊，你起來啊......啊！——”軒轅帝放聲痛哭，姑射永不會再回來。
於是，軒轅帝施法想將姑射的魂靈召回，但他耗盡全身的法力也不見姑射的魂靈歸來。軒轅帝悲痛欲絕，自閉與碧仙宮，終日吹笛，以寄對姑射的相思之情。不料，宮內頓時萬物枯損，宮外六月突降飛霜，天氣異常寒冷。這天氣異變持續了近半年，導致五穀歉收，百姓們凍的凍死，餓的餓死。
軒轅帝死後，軒轅笛也隨即失蹤，最後輾轉到了南家先祖南紅櫻的手中。南紅櫻是一名術士，得到軒轅帝便知其中的蹊蹺。爲避免心懷不軌者知道其中的秘密，利用此笛爲禍蒼生，南紅櫻遂將其封印，由南家子孫時代守護。