隨着帝國政務院和帝國樞密院兩大官僚機構的建立起來，最考驗無鋒的問題也就慢慢暴露出來，吏治和官僚體系問題也開始成爲作爲帝國皇帝需要考慮的最複雜最頭疼的問題。無鋒自認爲目前帝國政局還能夠完全在自己掌控之中，無論是政務還是軍務方面，主動權都還牢牢的把握自己手中，但是這並不代表就不存在任何問題。
無鋒曾經閱讀過不少帝王們關於權術運用和制度制衡方面的書籍，但是他發現要想平穩的控制這樣龐大一個帝國，僅僅是依靠書籍和前人經驗或者是單純舶來的制度體系是根本行不通的，也許綜合以上幾項合理內核，再結合帝國實際情況，走出一條屬於帝國自己的道路也許纔是最合適的。
軍政分開只一個最基本的框架，監督權和審判權的相對獨立也並不能使得司法權就能夠和龐大的行政權力相抗衡，而這一切都還要歸結於至高無上的皇權之下，這是一個相當複雜的系統工程，如何讓這個龐雜的系統有效運轉起來，帶動整個帝國向前發展而又不至於失控，這需要在實踐中一步一步總結摸索經驗，逐步完善。
相對於外來的威脅，無鋒認爲內部存在的問題苗頭纔是自己最需要的關注的，吏治一直就是一個政權興亡的關鍵，如何成功調動自己手下這些官員們的能動性，最大可能性的發揮他們的才華，而又要有效杜絕可能出現的種種弊病，這纔是自己這個皇帝需要重視的熱點之一。
安全部門在帝國成立之前成功的完成了自己賦予給他們的一項重要任務，那就是對自己越來越龐大地官僚體系進行的監控，無鋒也清楚每朝每代都存在的問題在自己這個新帝國中也一樣會存在，要想將這些問題弊病一下子徹底剷除根絕那是不現實的。如何這些弊病地負面影響降到最低，使之成爲一個常態化的良性循環，這就足以證明整個政權是成功的。
事實上派系鬥爭從西疆一成立之初就開始存在，從單純的能力競爭發展到對政見和戰略的看法不一致。從人情親厚到關係親疏，各種因素交織在一起，使得西疆控制區在不斷擴大的種種影響也在不斷顯現出來，隨着控制領地的增加，代表着不同地區、不同階層、不同利益體的各方面勢力也都開始進入了掌握着行政、軍事、司法大權的官僚機構中，雖然他們都選擇了服從在以自己爲首的最高利益格局下，但體現在具體方面，各方需要表述出來地願望和訴求卻各不相同，有些甚至迥然各異相互矛盾。
軍隊中這方面的表現相對和緩，但競爭和挑戰一直存在。以樑崇信和崔文秀各自爲首領的軍方漸漸也形成了最大的兩個派系，其他派系大多附從於這兩方，樑崇信一系在新帝國陸軍中有着相當大的影響力，高嶽族出生的將領都更支持樑崇信，而遊牧騎兵則毫無懸念的更親近與崔文秀。而海軍體系的建立也帶來了新的問題，雷蒼圃爲首地海軍系並沒有能夠真正統合整個海軍力量，帝國舊有水軍力量形成的帝國系漸漸成爲一支可以和雷蒼圃爲主的長風系隱隱相抗衡的力量，而他們聯合起來則成爲獨立於陸軍之外一支重要力量。
這種軍隊中的派系之爭事實上在無鋒眼中並沒有什麼不得了，對於戰略戰術運用看法不同自然會有爭論的存在。樑崇信和崔文秀對自己的忠誠和兩人之間的私交良好以及自己在軍隊中的絕對超然地位保證了帝國軍隊不會有任何違逆自己意圖的聲音存在。
相比之下，在政府事務方面地派系鬥爭就要複雜許多，涉及到太多勢力和階層的利益，官員們對於政見的不同，出身的體系不同，都可能會成爲這些問題存在的原因。好在蕭蘇二人在這一點上還能夠保持相當清醒地頭腦，雖然下邊的郡府這兩級的官員們都已經或多或少的出現了一些這樣苗頭，但是在政務院這一級卻還是保持着相當的統一，這讓無鋒很是欣慰。
在柏元重事件和武直事件之後，許多官員們也看到了無鋒在這方面的忌諱。沒有人再敢輕易去敲木磚，無鋒也在多個場合或輕或重或明或暗的敲打各級官員，要想擔負起更重要地責任，那就要展示自己的才能，安於忠於勤於本職工作。這三於纔是升遷的唯一途徑，要想走其他邪門歪道，等待他的只有帝國監察院的囚籠。
關於司徒家族以及唐河帝國原有大貴族地位問題一直是帝國政務院和司徒玉棠與帝都內大貴族們談判的焦點問題，雖然在許多問題上雙方已經達成了一致意見，但在貴族爵位的存留上雙方卻是各持己見。
帝國政務院堅持大唐帝國不會承認唐河帝國的貴族身份，他們只能按照帝都普通居民享受同等待遇，但是他們原有財產可以得到保留。帝國將保護他們私人財產的合法權益，所有在新帝國成立之後針對他們的刑事和民事訴訟將都按照原唐河帝國法律處理，而在帝國監察院和審理院（大法院）成立之日起發生的一切刑事民事事務則須得按照大唐帝國新的法律來處理。
這在一定程度上滿足了原唐河帝國貴族士紳們的要求，畢竟隨着改朝換代，許多曾經是他們的佃戶、奴隸、工戶等下等人都有可能通過加入西疆取得了更高的地位，要求反攻倒算重新清算冤假錯案的呼聲也是日漸高漲，尤其是一些涉及非法霸佔、非法兼併、強買強賣類的民事案件和涉及人命的刑事案件更是成爲了焦點。隨着帝國監督院和帝國審理院（大法院）的建立，幾個巡迴監督院和巡迴法院以及府一級的審理庭（法庭）都開始建立起來，這些措施都得到了據說內定爲帝國首任法務大臣莫倫的全力推動。
莫倫對於帝國監督院和帝國審理院（大法院）的建立給予了高度肯定，並建議賦予監督院和審理院（大法院）更獨立更寬泛的權力，甚至建議帝國監督院和帝國審理院（大法院）可以不受其他任何權力限制，獨立進行監督和審判，但這個建議遭到了帝國政務院以及帝國上下的強烈反對甚至沒有獲得任何一個人的支持而不得不作罷。
雖然在唐河帝國貴族的財產權力得到保證承諾的同時，帝國政務院也堅決反對給予唐河帝國貴族以任何政治上的特殊待遇，更不會承認唐河帝國貴族原有貴族身份，截至目前爲止，整個新帝國內除了原巴釐亞公國大公穆圖、捷洛克公國原大公艾倫以及遊牧民族部落酋長和西域諸府原有幾位國主的貴族地位可以獲得保留之外，所有任何人的貴族身份都必須經過帝國皇帝的重新認可，而這種認可的要求和條件按照帝國政務院禮務部的設定，將會是相當苛刻的，除了對大唐帝國作出了巨大貢獻的人士，其他像唐河帝國原有貴族幾乎就直接被排除在了這個範圍之內，這也包括司徒家族在內，除非他們通過其他渠道對新帝國作出了貢獻。
在這一點上雙方的爭執相當激烈，唐河帝國貴族士紳們的代表甚至不惜以抵制新帝國的產生爲要挾，雖然他們也知道他們的抵制並不能阻擋新帝國的產生和李無鋒的登基，但是他們也同樣清楚李無鋒絕對不願意在這種時候見到帝都之內出現這樣不和諧的氣氛。
司徒玉棠夾在這中間顯得相當尷尬。帝國禮務部已經明確了她的皇貴妃地位，這是僅次於皇后的尊貴身份了，在原西疆體系中不斷高漲的反司徒家族呼聲以及一些重要官員認爲司徒家族成員不宜在無鋒後宮中取得過高地位的意見下，能夠獲得這樣的殊榮已屬不易，尤其是司徒玉棠前期在西疆的表現讓很多一直追隨無鋒的宿臣宿將們頗爲不滿。
而司徒家族和唐河帝國的大貴族們也對司徒玉棠施加了很大壓力，在他們看來司徒玉棠既然能夠取得這樣尊貴的身份，那也代表着李無鋒已經接受了司徒家族和唐河帝國貴族們的輸誠，同是唐河帝國士族出身的李無鋒也應該給予唐河帝國貴族以一些特殊的待遇，而不能將他們與普通平民混爲一談。
尖銳的對立讓司徒玉棠左右爲難，她清楚這個問題不是自己能夠決定的，無鋒既然確定了這個原則，要想推翻只怕也是不可能，但是要讓曾經高高在上的司徒家族和唐河帝國大貴族士紳們一下子變成和市井小民一樣，這種巨大的反差也是這些人們無法接受的，如何讓雙方作出一定妥協令司徒玉棠焦頭爛額。