一個神甫最後終於向匈牙利的馬提亞王通報了此事，後者開始對女伯爵的所作所爲進行調查。
搜查卻特城的行動在1610年展開。12月30日，伯爵夫人的表兄圖爾索（匈牙利名gyythurso）伯爵，率領一隊士兵和騎兵包圍城堡。在臨攻破城堡的那一刻，堡裡都還在進行着血腥殘酷的殺戮。當他們到達城堡時，所見到的場景比預計的要可怕：拿着劍的官吏，舉着火把走向城堡的地下室，異樣的氣味撲鼻而來。一個死去的少女倒在門廳，另一個已經奄奄一息了，全身被刺滿了洞。另外一些則被吊在地下處刑室的天花板上，像被消化過的死鹿一般。
50多具屍體被從城堡地下發掘出來。往裡去可以看到其他的屍體。也有還剩一口氣的活人。據生還者的證言，她們最後在沒有食物可以吃之時，被迫吃被殺的同伴的肉。男爵thurso和牧師janosponikenusz找到了那本在伊麗莎白臥室梳妝檯裡的花名冊（牧師berthoni的日記），列着被屠殺的650多位少女的名字和被殺的細節（aadrasberthoni是csejthe村路德教會的一名牧師，當伊麗莎白命令他將那些被吸乾了血的屍體燒掉時，他意識到了事實的嚴重性，於是他將自己的懷疑和猜測在他去世前全部寫入了日記中）。
女伯爵的三個女巫同謀被抓去了，而女伯爵本人則被關在了自己的城堡中。
1610年，女伯爵和她的同夥被帶上了法庭。三個女巫在長時間的嚴刑逼供後終於坦承了全部罪行，但是她們試圖減少她們在這次恐怖事件中的重要程度。在17世紀的匈牙利，監獄中的犯人是不可能獲得假釋的。三個人都把罪行推到了一個在審判前幾年就死去的同爲女伯爵同謀的女巫身上。超過200個證人被傳喚到法庭，但是大多數人都只能提供一些道聽途說的消息做爲證據。但是，這些供認還是和馬提亞王和他的士兵所親眼見到的恐怖景象一樣，爲法庭對女伯爵的定罪提供了足夠的證詞。
1611年1月，審判在匈牙利的bitcse（畢滋歇城）舉行。但伊麗莎白並未出庭應訊，也沒有承認任何罪行。
伊麗莎白不能出庭的原因不是出自她自己的選擇，事實上，她一直懇求逮捕她的馬提亞王替她開脫罪責。但是，對她來說很不幸的是，馬提亞王和她並沒有利益關係，將她的審判安排成向大衆公開。雖然有足夠的證據能夠證明她的罪行，我們還是得注意到她並沒有被允許出席她自己的審判併爲自己辯護。
她的同謀比較慘些，沒有受到恩惠和寬恕。共犯尤娜和dorottyaszentes，手染基督徒之血的邪惡女巫，在她們被扔進火堆之前，用燒的發紅的鉗子扯掉了所有的手指。另一個則被砍頭並且屍體被穿在了樹樁上。還有一個叫erszimajorova的女巫，則在遲些時候被砍頭。
由於受她的貴族出身所保護，伯爵夫人並沒有和她的同謀一樣下場悲慘。不過圖爾索（英文名thurzo）在1611年判她永遠不得踏出她自己的城堡一步。有傳言說他是在”參觀“了那個受刑室之後做出如上判決的。（在拒絕擔當隨軍牧師之職後，她被宣佈判終身監禁，要被關在城堡中直到死。）
判決確定後，石工就前往城裡把所有的窗戶封死。她雖然活着，卻像被葬在巨大的黑暗的墳墓中一般，可以透過光線的地方，全部封死，不留一絲縫隙。最後爲了要送食物和水到她的房間，纔在牆上鑿了一個小洞。
所有的審判文件被深藏在古堡中，男爵圖爾索留在了城堡中。
1614年7月31日，54歲的伊麗莎白向來自esztergom教區的兩名牧師口述了她的最後願望和遺囑，她希望她家庭的財產能夠在她的孩子中間平均分配，然而她的兒子保羅及其後代將是基本繼承者。
1614年8月14日，一個獄卒想好好看看這位女伯爵，因爲據說她當時仍是匈牙利最美麗的女人之一，在那個小洞裡瞥了一眼後，他發現她面朝下躺在地上，已經死了。伊麗莎白·巴托裡被關押的四年後，死在自己的那個小房間中。死時54歲。特蘭斯瓦尼亞的嗜血女伯爵終於在痛苦中死去了。她的屍體本應葬在cachtice鎮教堂，但是當地居民對把這位聲名狼藉的女士葬在他們的土地上十分不滿，更別說還要葬在神聖的地方了。考慮到這些，以及她是巴託利家族最後一代的事實，她的遺體被葬在了匈牙利的東北部城鎮ecsed，巴託利家族的領地上。
至死，她也沒有承認過自己的罪行，也沒有對她的所做所爲表示過懊悔。
這坐關押她的塔依然矗立於斯洛伐克共和國境內。一本關於那次判罰的抄本今天還保存在布達佩斯的匈牙利國家檔案館中。度過漫長的幾個世紀。
血腥瑪麗的原型爲瑪麗一世（maryi，1516年2月18日~1558年11月17日），瑪麗一世（1553~1558年在位）成長於歐洲宗教改革的洶涌大潮之中，其時英國也成爲天主教和新教進行殊死搏殺的場所。
她的母親凱瑟琳是一位篤信天主教的西班牙公主，而她的父親亨利八世爲了達到與她母親離婚的目的，不惜背叛天主教，與羅馬教皇決裂，並在國內扶持新教，迫害天主教徒。也許由於上述的成長過程，也許源於她本人古板、固執的性格，她成爲了一個死硬的天主教徒，並對新教有着刻骨的仇恨。
成年後，她因爲拒絕改信新教而幾乎被亨利八世推上叛國的審判臺，後來又與當時天主教世界的捍衛者——西班牙國王菲利普二世結婚。登上王位後，她立即宣佈恢復天主教，並對新教徒採取了高壓政策，屠殺其中的激進分子，在她統治5年中，有300餘人被燒死在火刑柱上，包括那個敢於宣佈她父母的婚姻爲無效、她爲私生女的克蘭默大主教等，而被迫流亡國外的新教徒則不計其數。
她終於以其暴行獲得了英國人民對其“血腥瑪麗”的稱謂。她病死時，據說整個倫敦響起了歡慶的鐘聲，即位的就是她的妹妹、後來成爲一代名君的伊麗莎白一世。