之後在廖立的幫助之下，關羽利用自己在軍政兩屆的影響，做了一系列的安排。
對着這些安排，諸葛亮一開始並不知道，他認爲現在關羽最多也就是跟他鬧鬧矛盾，自己將來只需向其解釋一番，一切問題也不再成爲問題。
所以，諸葛亮除了關羽所在的巴郡之外，在南方的三郡都調整了人事的任命，依舊是任命董和爲犍爲太守，伊籍爲漢嘉太守，尹默爲江陽太守，讓原本身爲建寧太守的孟獲擔任督郵，而不再遙領建寧太守之職，又以孟獲之兄孟節爲從事中郎，弟孟優爲偏將軍，以便安撫孟獲，好在孟獲由於對諸葛亮七擒七縱很服氣，現在是帶着部衆前往成都投靠，對於諸葛亮的安排倒也沒有說什麼，只是其妻祝融及弟孟優對此有些不滿，私下說着要收復故地，卻被孟獲喝斥住。
與此同時，諸葛亮還與秦宓長談許久，做好了只要與關羽溝通成功，立刻派秦宓前往江東找孫權和談的打算。
爲此諸葛亮還專門給關羽寫了一封信，在信中詳細的說明了他這樣做的目的、可行性以及今後的打算，然而關羽看完之後卻並沒有回覆一個字。
隨後不久，諸葛亮被各處傳來的消息所震動：益州東、南部毗鄰孫權領地的那些文職太守全部被關羽率軍趕走，然後換成了軍中的將領：巴郡太守依舊是關羽兼任，犍爲太守被換成了孟獲，漢嘉太守是吳懿，江陽太守則是張翼。
孟獲本來就對自己被任命爲一個文職感到有些不滿，只是由於諸葛亮的威望纔不得不服從，現在突然被任命爲犍爲太守，並且遙領建寧都督，心中十分歡喜，高高興興的找到諸葛亮，感謝諸葛亮給他這樣的職位（他以爲自己的職位是諸葛亮任命的），準備上任。
與此同時，關羽大肆的招兵買馬，訓練士卒，並且命令各地駐守士兵進行屯田，準備長期與孫權的大軍對峙，如果不是顧忌孫權所派遣的巴郡太守周瑜火計厲害，而己方的實力又有所不足，估計早就率軍發起進攻了。
聽聞消息的諸葛亮很是無奈，因爲關羽在國內的威望實在是太高，他是從一開始就追隨着劉備創業的人物，就連府內那些元老級的內政官員如糜竺、簡雍、孫乾等人都與他交好，軍中將士更是對他欽服，再加上有張飛的支持，自己根本無力與他相抗。
“本來以爲主公已經對我絕對的信任，可是沒想到竟是這麼一副局面，我還是太年輕啊，再加上這一段時間以來，我的建議很難得到主公的採納，故此我的威望實在是不夠，儘管主公已經將世子託孤給我，而且還將內政完全委託給我，我卻也無法獲得衆人的支持，如果上天真的讓我掌管蜀國軍政外交，我縱然不能保證全復昔日的榮光，也能夠保證這份基業在我有生之年不失，可是現在，主公，請恕亮無能，不能爲主公繼續效力了。”
諸葛亮深思了一晚上，知道自己不能再與關羽繼續對立下去了，否則的話一旦蜀軍內亂，滅亡的將會更快，只好向劉禪寫了一封辭呈，辭去一身的職務，搬到蜀郡鄉下隱居去了。
諸葛亮這一招叫做以退爲進，本來是想着一旦自己離去，益州內部的秩序將會一片大亂，然而沒有想到關羽聽取廖立的建議，以廖立、張鬆、彭羕三人主持益州內政，竟然將益州治理的井井有條，儘管比不上諸葛亮在益州之時的大治，然而因爲沒有了紛爭，現在反而比以前還要好一些。
這樣一來，再也沒有誰提出來要請諸葛亮復出了，縱然是諸葛亮的心腹楊儀、蔣琬等人，現在也都只好暫時忍氣吞聲，不敢有所表示。
諸葛亮聽聞消息，心中更加疑惑，因爲所有的事情他都沒有預料準確，自己之前可從來沒有遇到過這樣的情況，而這也只能說明一點，對方的背後一定有高人相助，而這高人絕不僅僅是廖立這個層次的人，一定是當世的頂尖智者。
然而當世的頂尖智者屈指可數，除了自己以及江東的周瑜和陸遜之外，其他人都在劉和的陣營之中，所以廖立背後的高手究竟是誰，現在已經不言而喻了。
“難道廖立會是劉和派來的內奸？如果真是這樣的話，那可真是太可怕了！”諸葛亮細思驚恐，不寒而慄，然而現在查無實證，就算想要揭露，也根本不可能，只能沉下心來，暗暗聯絡過去的那些心腹，讓他們小心調查廖立，蒐集其證據。
儘管諸葛亮不想，可是他致仕的消息還是傳遍了天下，讓他啼笑皆非的是，他很快就收到了曹操和孫權的來信，兩封信都很客氣，同時也都很誠摯的邀請諸葛亮到他們麾下去效力，甚至在孫權的來信中還附有諸葛亮的兄長諸葛瑾的一封親筆信，勸諸葛亮到江東去。
諸葛亮見這兩封信只是淡淡一笑，然後就放在一邊不再理會，雖然他現在在益州幾乎都混不下去了，然而卻也不願意到其他地方出仕，當初劉備對自己舉國託付，這份恩情讓他十分感動，恨不能以死相報，所以，雖然自己現在失勢，他還盼着將來有一天關羽支撐不下去的時候，他會再度出山，以自己全部的精力爲國效力，以報答劉備的恩德，至於讓他轉仕曹操或孫權的門下，再去算計他原來的勢力，這是他絕對不願意去做的。
“雖然我現在失勢，可是卻也有自己的堅持，主公對我有知遇之恩，這份恩情我定要以死相報，這種決心絕不會因爲自己的得失而有任何的改變！既然現在致仕在家，我正好乘機多讀一些書，修身養性，磨礪自己，圓滿自己，相信下一次復出，一定會有一個全新的自我！”
諸葛亮從此之後閉門讀書，不問世事，當然，這種不問世事其實也只是表面上的，因爲他還在關注着天下大勢，關注着各方的反應，尤其是孫權和劉和對他致仕的反應，他相信自己致仕，一定會引起天下大勢的新變動。