孫傳庭聽到朱由菘對左良玉不在追究，頓時也點了點頭，畢竟，這才投降的叛軍，一共有三萬六千人，他們或多或少，都是受到過左良玉的恩惠，如果對左良玉進行什麼出格的事情，難免，這些投降過來的士兵，會出現什麼出格的行爲。
“皇上聖明。”周圍的將領當即拱手後說道。
有什麼聖明的，如果我要是崇禎的話，估計也會將這人拉扯出來暴曬三日，隨後在挫骨揚灰，可是，我還沒有他那麼殘忍。
聽到衆人說自己聖明，朱由菘嘆息一口氣，隨後返回了大帥府內，並且衆軍立即統計傷亡，將城內屍體全部清理到城外掩埋。
天氣太大，這些屍體最多放三天的時間，就會全部開始發臭，這容易引發瘟疫，因此，不論從任何一點來看，屍體都必須儘快掩埋。
“左夢庚跑哪裡去了？”回到已經清掃過的大帥府，朱由菘從陳誠哪裡接過茶杯後喝了一口問道。
陳誠微微搖頭，他目前還沒有得到左夢庚和王澤的消息，而孫傳庭這邊，似乎也並沒有找到。
“皇上，還沒有查出來。不過似乎已經是離開武昌了。”陳誠想了一下後說道。
這不用講，武昌左夢庚是一定逃離了的，問題是，這人究竟跑到了什麼地方。
“查，最快的速度給我查出來。”丟給陳誠這句話後，朱由菘看着坐在自己下面的孫傳庭後說道：“武昌已經攻破，剩下週圍的十幾個縣城，那你就全面負責了，我出南京已經那麼久了，將會在明日早晨，返回南京。我的西部地區，就全面交給你了。”
朱由菘知道，自己不能一直待在武昌，他必須要儘快返回南京，畢竟離開時間越長，這對於自己就越不利。
孫傳庭如何不知道這其中的緣故，不過，這裡面，孫傳庭還是要有一個問題問清楚，那就是投降過來的叛軍如何處理。
這次投降的叛軍，加起來有將近六萬人，這六萬人，都是湖北兵馬。如何去處理，他有些不知道。
如何處理？朱由菘聽完孫傳庭的敘述，隨後低頭沉思一下後，頓時也沒有什麼好的建議。
“暫時就收編到西進兵團吧，等我想出辦法後，在給你答覆。”沉思良久後，朱由菘擡起頭對孫傳庭說道。
“微臣明白。”孫傳庭當即站了起來說道。
情況很快統計出來了，晚上，朱由菘的桌子上，就擺放了各軍統計下來的損失。
全軍加起來，一共折損一萬三千人。而叛軍，被殺三萬人，投降四萬五千人。
“皇上，我們是不是已經完成叛亂了？”看着朱由菘正在哪裡翻看着統計的花名冊，站在一邊的陳誠疑惑的問道。
完成叛亂。
聽到這話的朱由菘擡起頭看了一下陳誠，隨後放下了手中的花名冊後緩緩說道：“暫時完成，不是全部完成，畢竟現在叛軍還控制了十幾個縣。另外，左夢庚和王澤，目前還沒有蹤跡，因此，我們不能說完成叛亂，而是大體上，已經全部完成了。”
原來是這樣，聽到這話的陳誠認真的點了點頭，開始沉思着朱由菘的話。
十一日清晨，朱由菘在京城二營的以及護衛營的陪同下，一大早的就來到東門面前。和前來送別的西進兵團各軍將領進行道別。
“武昌就託付給你們了，你們要給朕看好了，對於和李自成的邊界問題，暫時退後五公里，不能和他們進行任何的摩擦。”站在孫傳庭面前的朱由菘看了一下身後衆人後緩緩說道。
“皇上放心吧，我一定會好好的給你鎮守武昌。”孫傳庭笑了一下後說道。
嗯，有孫傳庭這句話，朱由菘放心，畢竟他是自己最得力的助手，有他在武昌，他李自成和張獻忠，腦袋上就得留神，不然，這西進兵團如今十來萬人的兵馬，不是吃素的存在。
“黃得功。”見到孫傳庭點頭後，朱由菘擡頭看着站在孫傳庭旁邊的黃得功叫了一聲。
“皇上。”黃得功聽到朱由菘叫自己，上前了一步。
黃得功坐鎮開封，這次是因爲勤王，才帶領兵馬來到的南邊，如今，既然叛亂已經平叛，那麼黃得功，也是該返回開封的時候，畢竟開封城，還是需要有人助守，防禦劉澤清和清軍。
“你所帶一萬兵馬，已經摺損殆盡，這次，你從西進兵團中，抽調一萬五千人，返回開封，給我鎮守哪裡，具體你要如何去做，回頭你去問孫傳庭，他會對你進行交代。”
對於黃得功的問題，昨日晚上，朱由菘和孫傳庭已經進行了一定的探討，而這其中，朱由菘都已經交代了孫傳庭，等自己走了過後，就立即將事情告訴黃得功。
“微臣明白。”黃得功看了一下孫傳庭，隨後應答一聲後退到了後面。
嗯，該交代的已經交代了，朱由菘再一次看了一下面前的這些武官，頓時翻身上了馬匹，他還需要去江邊匯合張明遠的水師，畢竟這次，自己是要乘坐水師，返回南京。
“諸位，告辭了。”拱手給大家打過招呼後，朱由菘調轉馬頭，開始往長江邊走去。
“恭送皇上，吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”朱由菘剛轉身，孫傳庭當即帶領衆人，跪在地上，迎送朱由菘離開。
張明遠的水師，這次也要返回崇明島，畢竟叛亂已經結束，朱由菘沒有必要讓他們在留在長江。
朱由菘考慮過，張明遠和顧三帶領的戰船，要全部改變作戰方式，不在是內河水師，而是組成海洋水師。專門負責今後海洋上面的會戰。
而至於內河水師，朱由菘決定，重新在長江眼線，組建，太湖水師、洪澤湖水師以及長江水師三個水師，負責對長江一帶的防禦和巡邏。
這其中長江水師駐紮武昌，統領太湖水師。洪澤湖水師。成爲三個水師的指揮部，至於具體的人選，目前朱由菘尚且還沒有定奪，他想了下，還是返回南京後，聽聽大臣們的意見，隨後在下判定。