趁着剛下獎勵士氣高昂，任思齊決定把編制再重新整理一下。現在岱山島任思齊屬下人數近五百人，有原來就追隨的幾十名船員，有主要由岱山百姓組成的一百鄉兵，有從日本長崎招募的二百多明人移民，還有五十多名日本流浪武士，可以說是成分複雜、人數衆多。
其人數遠遠出了一個巡檢司正常的編制，在明代巡檢司多設在交通要樞，遠離城市之處，負責查問行人、緝拿逃犯等。當然在海島上的巡檢司一個重大的職能就是緝拿海盜。在舟山羣島，海盜衆多，這也是岱山巡檢司能夠重建的原因。
巡檢司的編制通常是巡檢一名，從九品，是剛入流的小官。另外會有書吏兩名，弓兵數十人到百人。現在任思齊手下的人數遠遠過了一個巡檢司該有的人數。
經過仔細思考以及和茅十八等人商議後，任思齊決定把手下分成兩大塊。一是水師，主要九條大船組成，職責是巡查岱山附近海面，打擊海盜，進行遠洋貿易。二是6師，主要以晉玉飛統領的一百鄉兵構成、職責是防守岱山，配合水軍打擊海盜。
水師共九條船，每條船確定編制，最大的一艘荷蘭船“公主號”因爲上面火炮衆多，編制人數最多，共有6o人，作爲任思齊的新旗艦。“飛魚號”原有六門火炮，從“公主號”上又調來六門，現在共十二門大炮，編制人數48人。其他三桅福船每船定編36人。這樣算下來，光是九條大船編制就達3oo人。
每條大船設管帶一人，總領全船，並設火長、司庫等職務，所有船員分成見習船員、普通船員、副主管、主管、總管五級，情形一如以前。除了“公主號”由任思齊直領外，任命茅十八爲“飛魚號”管帶，司馬南爲“福春號”管帶，其他各船均有經驗豐富的老船員任管帶。
在6軍方面，原來的一百鄉兵晉玉飛和門羅訓練的很好，採用的是西班牙長槍方陣的編制，士兵分長槍手和火槍手兩種。任思齊打算在原來的基礎上進行擴充，擴編到三百人。
任思齊現在已經是岱山巡檢司的巡檢，理論上已經是岱山島的最高長官，雖然沒有管轄各村的權力，但卻有徵調民役的權力。其實按照明朝的制度，巡檢司的士兵並不是真正的士兵，而是叫做弓兵。弓兵並不是士兵，而是徵調的民夫，在古代，百姓們除了繳納皇糧國稅意外，還要服各種徭役，在巡檢司服役就是其中一種。服徭役自然是沒有薪水可拿的，可是現在任思齊卻給每個屬下都薪水，並沒有把他們當作民役，而是和自己屬下船員一樣待遇。相信這種待遇下，岱山各村的百姓都會樂於服役的，把6軍擴編爲三百人問題不大。
至於6軍的編制，在和門羅晉玉飛商議後，任思齊決定採用如下編制：12人一小旗，長官就叫小旗；4小旗爲一總旗，長官稱總旗，另有一傳令兵，共5o人；3總旗爲一隊，長官稱隊正，另有傳令兵，炊事兵等，共16o人左右。
人數所限，任思齊決定先編制兩隊弓兵，一隊由晉玉飛任隊正，另一隊則由荷蘭人門羅任隊正。任保全、湯尼、沙比拉、任麗坤等人充作總旗。
當然現在人數不足兩隊弓兵，需要從岱山島各村徵調民役，任思齊也不急，現在只需要把軍隊的架子搭起來，以後慢慢擴充就是。
再就是對軍隊的掌控問題，在明朝後期，朝廷軍隊編制非常混亂，軍隊的戰鬥力極差，不管是面對李自成等農民軍也好，還是面對關外的清兵也罷，都被打的稀里嘩啦。一支萬人的大軍中真正有戰鬥力的往往只有主將的幾百親兵，而且明朝後期的軍隊還有一個非常不好的地方，就是兵爲將有，朝廷對軍隊的掌控非常的差，在明朝後期造成了軍閥衆多，前有吳三桂等關寧鐵騎，後有南明江北四鎮。主將生異心的話，整個軍隊都會跟着造反。
任思齊當然不允許以後自己的軍隊出現這種情況，自己辛辛苦苦建立的軍隊，得完全由自己掌控。所以任思齊決定借鑑後世人民軍隊，在一個軍隊中設立雙主官。例如一個隊，除了設立隊正一職外，任思齊決定在設隊監一職，也就是監軍，相當於後世的政委，隊正和隊監平級不分大小。戰鬥訓練之事由隊正負責，生活紀律方面則歸隊監管。這樣的話，兩個人相互制衡，就沒法生出異心來，任思齊也能保證對軍隊的掌控。
任思齊任命安東尼爲第一隊的隊監，和晉玉飛一起掌控第一隊。任命任興凡爲第二隊的隊監，和荷蘭人門羅一起掌控第二隊。
除了這以外，任思齊在每一隊設鎮撫一職，掌軍紀軍法。任命曹長江爲總鎮撫，掌管整個6軍軍法。
既然在6軍採用雙主官，那水軍也同樣。每一條船，除了管帶以外，任思齊另外任命了船監。管帶負責行船作戰，船監則負責生活，負責對管帶進行監督。
這一整套系統繁雜無比，任思齊帶着識字的任興凡宋立本等人弄了多日，才把這一整套編制形成文字條例。然後把命令宣佈了下去。
隨着命令宣佈下去，各主官各自上任。任思齊也只是自己宣佈了每一條船每一個隊的主要職位的任命，具體到各職位例如每一條船的舵手，則需要各主官自行任命。
這下整個高亭鎮一下子噪亂了起來，茅十八等各船管帶船監急急忙忙的尋覓着自己船上各職位合適的人選，各船員也都暗自思量着自己能做的職位，找着各自的關係。
足足用了十天的時間，各船職位才重新理順，所有人都找到了自己的位置。
又花了幾天時間，每個隊每條船的花名冊纔算編制完成。看着面前厚厚的名冊，任思齊長出一口氣，有了這幾本名冊，任思齊覺得自己纔算完全掌控了所有屬下。