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南下的船隊全軍覆沒，任思齊知道再在揚州逗留下去也沒有任何意義，必須得儘快撤退了。
現在北面淮安的劉澤清還打着大明的旗號，一旦劉澤清部降清，那麼想從運鹽河向東安然撤退也不可能了。
於是任思齊當即下令，開放東面城門水門，組織百姓們過河。
此刻督師史可法全軍覆沒的消息已經在城中傳開，南京被清軍攻破，現在的揚州數面受敵，是真的守不住了。大部分的百姓們開始響應官府的號召，着手撤出揚州。肅虜侯幕府組織的宣傳隊日日宣揚清軍的殘暴，聽聞西路清軍攻破蕪湖時因爲靖國公黃得功的抵抗，滿酋阿濟格下令屠戮了蕪湖城，數萬百姓被清軍殘殺。現在揚州抵抗了這麼多時日，清兵肯定不會放過城內之人！家園房屋固然重要，可是要是命都沒了要這房屋何用？
儘管滿滿的對家鄉不捨，大多數百姓還是在沈廷揚李彥直等人的組織下，開始了撤離揚州。可是哪能說撤就撤啊，家裡那麼多東西怎麼辦？對普通百姓來說，破家值萬貫，扔掉什麼都不捨得，這使得撤退的速度極爲緩慢，半日的功夫撤出揚州過運河的才數千人。
沈廷揚帶着宣傳隊員們親自上門規勸，勸說百姓們僅帶金銀細軟糧食等離開，其他不必要的東西就留下吧，如此撤退的速度才快了起來。
可是離開家鄉前途渺茫，很多百姓甚至都不知道該撤往何方，因爲這麼多人岱山軍根本就沒法安排，也沒有地方安排。沈廷揚等人是這樣告訴百姓們的，讓他們先撤出揚州，隨便找個地方安置下來，先躲過清軍的屠殺再說，以後他們可以自行選擇自己的去處，就是再回揚州也任由他們。
於是這些百姓們有親的投親，有友的投友，過了運河之後各自散去，實在沒地方去的隨便找個河岔僻靜處安頓下來，好在到了夏日，曠野中河道密佈，隨便抓些魚蝦也不至於餓死，以後怎麼辦以後再說。
也有一些百姓寧死不願離開自己的家，他們的房屋，他們的店鋪，他們的一切都在這裡，失去了這一切和死了又有什麼兩樣？清兵來了又怎麼樣，他們不需要人幫他們種糧納稅嗎？只要自己完全不反抗，跪地投降，清兵應該會放自己一條生路吧！抱着這種想法的百姓不在少數，任憑沈廷揚等人如何規勸就是不聽，勸的多了還破口大罵，口口聲稱若不是肅虜侯部下殺了那麼多清兵，若是官府在清兵到來時大家都不抵抗，開門投降，清兵肯定會放過大夥的。投降清兵的城池多了，也沒聽清兵屠殺了多少？你岱山軍既然沒本事守住揚州，一開始就不要到揚州來！
這些百姓不知好歹的話惹得隨行的岱山軍士兵勃然大怒，拔出武器就要教訓這些百姓，卻被沈廷揚苦笑着阻止了。
現在既然選擇了撤退，既然岱山軍沒有辦法安置好這八十萬人，原先以家庭爲單位成立的鄉兵就只有解散了。六萬多鄉兵轟然解散，除了一些死心塌地跟着岱山軍走的以外，其他的鄉兵都隨着自己的家庭撤離了揚州。
對此任思齊以及肅虜侯幕府衆人根本沒有任何辦法，每個鄉兵都有自己的家庭，他們根本不可能拋棄家庭選擇跟隨岱山軍。而岱山軍又安置不了這麼多人，也就只能眼睜睜的看着他們離開了。
新募的弓兵營倒是沒有解散，弓兵營中的士兵都是出身揚州碼頭扛活的苦力，這部分人的身體素質是很棒的，任思齊許諾他們會妥善安置他們的家庭，使得他們安然留在了軍中。
這次撤退，跟隨岱山軍撤到崇明島的百姓約有十萬餘人，已經是崇明島能安置的極限。這十萬百姓多數是加入岱山軍的士兵的家屬，還有就是揚州的上千戶工匠及家人。另外就是隸屬於揚州府縣的吏員差役及家人，整座揚州城府縣所屬吏員差役足有七八百人，連同他們的家人也有一兩萬人。不管是吏員還是差役，都是一些人精，自然看到岱山軍撤走後揚州已經呆不下去，便一個個的求到了沈廷揚、李彥直面前。在這一個月的守城中，多虧了這些人的協助，纔能有效的組織百姓們協助守城，現在對他們的請求自然不好意思置之不理。而且這幫人大都識字，很多人精通刑法律令稅收，是管理百姓們急需的人才。當然其中充斥着大量的貪婪無恥狡詐之輩，可是人無完人，只要能人盡其用並加以管束，將是岱山軍管理百姓強大助力！
揚州城內的大撤退很快引起了清軍大營的注意，知道了城中的明軍要撤退，多鐸當即下令進行攻城。北面的水軍剛被岱山水軍殲滅，南面的船隊數量太少，根本沒法干擾城中百姓通過運河撤退，也只有攻城一途。寄希望明軍撤退之際人心慌亂，好趁亂拿下揚州。
三十門紅衣大炮開始炮擊揚州，這次他們的目標並不是城牆，而是儘量往揚州城內攻擊。
在一個月的守城戰中，雙方的火炮連日對轟，清軍的紅衣大炮數量多，城頭明軍紅衣大炮有居高臨下的優勢，在雙方的對攻中炮手均死傷慘重。後來任思齊多次組織士兵偷襲清軍炮兵陣地，逼得清軍不得不把炮兵陣地後移，移到距離城牆五里之處，這裡幾乎是紅衣大炮能攻擊的最遠距離，雙方這才消停了下來。
在大炮的掩護下，數萬綠營兵擡着雲梯往城牆走去，然而迎接他們的是城頭明軍疾風暴雨般的火槍弓箭的射擊，拋下數百具屍體倉皇撤退。
明軍主力還守在城頭掩護百姓撤退嗎？有意思！多鐸當即下令，派護軍統領圖賴、固山額真阿山及綠營兵許定國劉忠部，往南行軍，匯合襲擊史可法船隊的耿仲明水軍，在南面渡過運河，攻擊撤退的明軍及百姓！