克拉拉沒有死，至少沒有在地質變遷引發的大災難中喪生。
在張小剛趕到河谷家園前，娜塔莎找到了克拉拉與安娜姐妹，試圖帶她們離開，但是災難來得太突然了，最終只有娜塔莎與克拉拉逃了出去。在此之前，克拉拉一直相信楚天疆會在一百年之後回來，所以在剩下兒子之後就進入冬眠，由安娜四姐妹輪番照顧孩子。雖然楚天疆沒有回來，但是克拉拉一直在堅持。在地質災難到來前的兩百年裡，她大部分時候都處於冬眠之中，甦醒的時間總共不到五年。可以說，克拉拉最爲堅定，也始終堅信楚天疆會回到她的身邊。
因爲有娜塔莎，所以在地質災難之後的亂世中，克拉拉倖存了下來。
克拉拉沒有聯繫張小剛他們，也沒有前往地下城市，而是留在了地面上，在娜塔莎的協助下，建立了一個定居點。因爲娜塔莎是全能型X戰士，擁有很強的超能力，其中一項超能力連梅蘭妮都不知道，即她能夠跟隨環境的變化進行自我進化，所以在災難後時代，娜塔莎成了克拉拉最主要的助手。
有這樣的助手，克拉拉建立的定居點不斷髮展壯大。
在“天使團”到來之前，已經是舊大陸上規模最大的定居點，擁有近百萬居民，而且有着良好的秩序。
更重要的是，這不僅僅是定居點。
娜塔莎找到了一些倖存的X戰士，還找到了很多獲得了超能力的變異者，組建了一支武裝力量，用來保護定居點，擴大生存空間，維持秩序等等。在此基礎上，還與舊大陸上的其他定居點建立了聯繫。
只是，這些都不是娜塔莎做的最重要的事情。
通過自我進化，娜塔莎幾乎擁有了永久的青春，而且通過那些由她拯救的科學家，她把這種超能力移植給了克拉拉，讓克拉拉不再需要通過冬眠來抵抗時間，也讓克拉拉有更多的時間來管理與經營定居點。正是如此，在兩百多年裡，克拉拉與娜塔莎管理着定居點，在舊大陸上建立起了一個國家。
雖然這不是現代意義上的國家，主要是克拉拉與娜塔莎只能控制自己的城市，其他城市則以效忠的方式接受管制，但是在兩人的努力下，舊大陸正在恢復秩序，越來越多的人獲得了安全的生存環境。
最重要的是，科學技術得到發展，人類文明開始復興。
在“天使團”到來之前，舊大陸上已經出現了上百座城市，城市居民接近三千萬，此外還有大約相同數量的人生活在鄉鎮與農村裡面。在“超能力”軍團的圍剿下，舊大陸上的變異者正在迅速減少。
可惜的是，“天使團”的到來，改變了一切。
在那場殘酷的戰爭中，人類徹底敗北。克拉拉與娜塔莎不得不放棄城市，帶着倖存的超能力戰士逃到郊外，利用已經掌握的先進技術，開闢更加隱秘的生存空間，與入侵的敵人進行戰鬥。
事實上，與“天使團”相比，超能力軍團根本不值一提，即便是比以前更加強大的娜塔莎也毫無招架之力。
兩件極爲關鍵的事情，改變了克拉拉與娜塔莎的命運。
一是張小剛領導的地下文明突然出現，讓“天使團”不得不集中力量對付這股掌握了更先進的科學技術，甚至已經在空間技術領域有所突破的人類文明，也就沒有繼續像克拉拉與娜塔莎這樣的逃亡者。利用張小剛他們爭取到的半年時間，克拉拉與娜塔莎在舊大陸腹地建造了第一座地下基地。
二是一項技術。這項技術，能夠把超能力戰士僞裝起來，讓他們在入侵者眼裡變得跟普通人一樣，或者說入侵者無法甄別出他們擁有的超能力，因此他們能夠混入人羣，躲避敵人的追捕與圍剿。雖然第一座地下基地在一年之後就被摧毀了，但是利用這項技術，克拉拉與娜塔莎、還有少量抵抗者倖存了下來。
在隨後的漫長歲月裡，克拉拉與娜塔莎一直在秘密活動。
地下人類文明覆滅之後，入侵者沒有立即着手組建國家、政府等強制機構，而是通過教會來影響與控制人類。說得直接一點，入侵者並不關心人類社會的內部矛盾，在乎的只是人類是否會再次掌握先進科技。結果就是，舊大陸陷入了長期戰亂之中，國家與政府更迭，唯一不變的只有教會。
這種混亂的局面，大約持續了一千年。
在這一千年裡，出現了數百個國家，也出現了數個強大的帝國，但是隻要有任何國家敢於質疑或者是反抗教會的精神統治，都會在一夜之間被“天使團”剷除，然後引發更加嚴重的戰亂與混亂。
長期的戰亂，導致人口急劇減少。
到戰亂結束的時候，舊大陸上的人口總量已經不到一千萬。大量城市被廢棄，倖存者集中在幾座主要城市裡面，而且這些城市相距遙遠。由此導致的結果就是，各個城市之間的交往幾乎徹底斷絕。
人類文明由此進入了黑暗時代。
這是一個不堪回首的時代，更是一個斷裂的時代。
在此之前，還有不少人知道災難之前的歷史，知道人類文明取得過的輝煌成就，而且這些人一直在以各種各樣的方式，傳承着人類文明，把歷史告訴後人，給後人留下奮鬥的目標與理想。
可是在這個時代，人類文明徹底斷裂了。
在黑暗時代，活着的所有人都只有一個目的：不惜代價的活下去。
雖然從根本上講，黑暗時代的根源在入侵者身上，但是這個時代與入侵者、以及入侵者扶持建立的教會沒有直接關係。引發黑暗時代的原因是之前持續了一千年的戰亂，以及由戰亂導致的人口銳減。
黑暗時代到來的時候，在面積超過兩千萬平方公里的舊大陸上，人口還不到一千萬！
這是個什麼概念？
即便除掉位於北極圈裡的極寒地區、還有低緯度地區的沙漠與荒漠，在可供人類生存的大約一千萬平方公里土地上，人口密度還不到一平方公里一人。災難時代到來之前，亞歐大陸上有接近一百億人！
人口銳減，直接導致社會生產力降低。
爲了生存，爲了對付各種各樣的變異者，人們不得不放棄一些東西，比如在短期內見不到成效的科學技術。
最初的五百年內，倖存者的日子極爲艱難，人類一度被逼到滅絕的邊緣。
在最危險的時候，只有一座城市的圍牆沒有被變異者攻破，倖存的人類減少到了不足一百萬。
只是，黑暗時代也給克拉拉與娜塔莎創造了機會。
在城市之外，克拉拉與娜塔莎聯合那些擁有超能力、能夠對抗變異者的超能力戰士建立了新的根據地，並且改變了做法，從一開始就把基地建在地下，以便避開那些主要在夜間活動的變異者。除此之外，還找來了很多的科學家，設法找到了一些科研設備，重新開啓了科學時代。
正是克拉拉與娜塔莎的努力，人類文明守住了最後的堡壘，並且逐漸復甦。
有趣的是，在這個時期，入侵者沒有對付克拉拉與娜塔莎控制的抵抗組織，甚至暗中幫助抵抗組織對付變異者。只是在抵抗組織穩住了陣線之後，教會捲土重來，控制了城市，篡奪了抵抗組織的功勞。
與之前不一樣，克拉拉非常理智的選擇了退卻。
隨着人類的生存環境得到了保證，克拉拉與娜塔莎控制的抵抗組織離開了城市，離開了之前由他們保護的平民，並且從人們的視野中消失了，再也沒有去幹擾社會的正常發展，甚至很少與外界接觸。只是，抵抗組織一直在活動，一直隱藏在平民百姓裡，獲取資源，吸納新成員。
這個辦法，爲抵抗組織爭取到了生存空間。
黑暗時代大約持續了兩千年，直到神聖歷三千年左右，舊大陸上的人口數量才恢復到了一億左右。
在此期間，抵抗組織一直在地下活動，在舊大陸上修建了十五座地下城市。
與張小剛他們建立的地下城市不同，抵抗組織的地下城市在地殼內，而且往往在某個城鎮下面，以城鎮爲掩護。
更重要的是，抵抗組織沒有觸及入侵者的底線，即空間技術。
接下來的幾千年裡，克拉拉與娜塔莎輪流統治着抵抗組織，在除了空間技術之外的其他科學領域投入了大量資源，甚至研製出了生產能量體的技術，只是很不成熟，即製造能量體所消耗的能量比能量體含有的能量還要多。至於人類文明，因爲受到教會控制，所以始終處於矇昧狀態。經過數千年的淘汰，科學技術已經成爲歷史，人類文明倒退了數千年，甚至上萬年。雖然幾乎失去了一切，失去了機會，但是人類文明還存在，沒有滅絕，也就沒有喪失希望。
克拉拉與娜塔莎沒有反抗，她們在等待楚天疆歸來，在等待一舉擊潰入侵者的機會。