皇家科學院作爲大明基礎性研究的地方，是理論科學的重要輸出地，也因此，朱由校對皇家科學院的干涉反而要比皇家工程院要小得多。天籟小說
朱由校也沒有指望着皇家科學院能在短時間內給自己帶來什麼經濟上的盈利，他只希望大明的皇家科學院在科學理論建設上趕西方，甚至過西方。
也只有科學理論和觀念上領先了世界，在下游的科學研才能取得進步，並使得國力遠遠越其他帝國。
大明現在還沒有完全脫離世界前列的軌道，一切都還來得及，而皇家科學院則要作爲追趕與越的引擎，雖然也花了朱由校的不少的銀子，但帶來的前景卻是令人遐想。
比如茅元儀的蒸汽機一旦建成，肯定會改變整個國家的工業模式，以人爲主的生產模式將改爲以機械爲主。
而人更多的精力將更多的應用於知識的革新與技術的進步和，當然還有戰爭的延伸。
不過，現在皇家科學院的人並不多，到現在院士也沒到三十人，其中大多數一些好雜學旁收的老儒或者退休官員。
但這也是沒辦法，在一個儒家體系的王朝裡，要想找幾個搞科學的實在是難上加難，就這三十來個也是徐光啓自己去民間召集到的，其中很多都是不被人重視甚至被人奚落的離經叛道之徒。
好在，現在的皇帝陛下朱由校跟他們一樣“不務正業”，使得他們有了領着俸祿鑽研自己興趣的機會。
新思想的活躍，對程朱理學提出質疑也算是晚明社會少有的亮點，朱由校要做的就是將這個亮點放大，並使得大明在思想領域上來一次三千年之未有之大變局。
而不是讓這股新思潮到清朝後就戛然而止，最後甚至自留下一堆奴才和麻木不仁的世態人心。
徐光啓現在對孟德爾的遺傳學定律簡直是癡迷到了茶飯不思的地步，甚至在從朱由校提供的資料中得知孟德爾的豌豆自交實驗後他自己還專門做了茉莉花的自交實驗，但他驚訝的現當花斑色茉莉花自交後卻出現了白色、綠色、花斑色三種顏色的茉莉花。
朱由校一來皇家科學院，他就找到朱由校並有些質疑地提起這事來：“陛下，這叫孟德爾的人所說的不對啊，這要是真有什麼他所說的那種什麼遺傳因子和遺傳定律，這種雜色的茉莉花其後代也應該表現爲綠色和白色，而且是三與一的比才對，怎麼就出現了三種顏色。”
朱由校很想告訴徐光啓，這茉莉花的花瓣顏色不是細胞核內基因決定，而是由細胞核外遺傳物質決定的，而孟德爾的遺傳學定律是針對細胞核內等位基因的。
不過，朱由校相信，徐光啓只怕聽了更加不懂，坦白講，生物學研究擱在現代也還未得到大規模產業應用，算得上朝陽科學，很多理論體系都還未完全建立，更何況現在連理化科學都還只是處在啓蒙階段的大明朝，即便是西方的孟德爾提出這個分離定律與自由交換定律也是到十九世紀中葉以後的事。
但既然是皇家科學院，追求的就不是利益，而是科學的進步，因而朱由校並不打算阻止徐光啓在生物學上越走越深的步伐。
可朱由校可以引導，生物學現象的現不一定能直接促進生產力的進步，但卻能間接改變人們的固有思想，如同達爾文的物種起源一提出，幾乎就在整個西方思想界引起了震盪。
“叫孟德爾的是用的豌豆，你這個是茉莉花，如果這個世界上萬事萬物都遵循一套遺傳規律，那隻怕也是有不盡相同之處的”，朱由校含含糊糊的說着就隨手摺斷一茉莉花，並又將一株野花也折斷，朝徐光啓說道：“你看着這雖然是不同的兩種花，但其花心都是花蕊包着花柱，再比如你說那猴子爲何同我們人一樣有五根手指頭，甚至臉也有些像，就是毛多一點，你難道沒覺得這裡面有什麼關係嗎？”
“陛下所說的是，微臣也從您給的天演論裡看見過，要說這些還真是些駭人聽聞之言論，像是異端邪說卻又有幾分道理，其實，微臣翻閱前朝典籍，宋時也有大臣們曾嚴肅討論過胡人是不是人，而照此進化一論說來，只怕這些韃子也還算不上是人，畢竟他們很多連其禮教都不懂，也是進化不足吧，照此理解。”
徐光啓此言倒是讓朱由校大爲驚訝，他可沒想到自己在這個時代拋售出達爾文的進化論卻會被徐光啓等理解後而衍生出種族歧視的觀點來。
朱由校的本意只是想通過生物進化論的出現而使得整個大明徹底改變崇古拜今的思想模式，不要動輒以堯舜禹湯爲偶像，甚至還要全力去恢復上古時候的制度與社會風貌，而是應該去相信文明的展在總體上是進步的，大明王朝就不應該去遵循什麼祖制，應該求變。
他真想告訴徐光啓，這世界上每一個人都是一樣的進化水準，都是智人，但一時也不知道該怎麼說才能讓這徐光啓明白。
不過，這也讓朱由校感慨的是，現在的明朝漢人的確是有優越感的，即便是看了達爾文的進化論，他們也覺得自己要比胡人進化的好。
就在朱由校不知道該如何與徐光啓說時，卻聽見隔壁傳來歡呼聲，朱由校便不由得問道：“何事如此高興？”
徐光啓不由得笑道：“是茅元儀的聲音，只怕是他那靠什麼水汽而不靠人力推動的織機制造成功了。”
朱由校一聽此便忙趕了過來，心裡也不由得大感驚喜，暗道這蒸汽機要是能改良成功，可比造出燧槍還要讓人驚訝啊。
茅元儀一見朱由校來，也忙顧不得行禮，就忙道：“陛下快看，這是微臣重新改進後的蒸汽織機，微臣按照您提供的資料，把推動活塞後的熱氣先導入另一個缸子裡冷卻，這樣一來，讓熱氣損耗更小，您說的這個活塞也能轉的快起來，另外，這裡還有個閥門，可以通過這個閥門調節熱氣冷卻程度，這樣就可以調節快慢了，而一旦把閥門開到最大，就能讓帶動這個轉盤，從而使整個織機也跟着動了起來。”
朱由校看了看這個半自主化（有些重要零部件來自系統購買）的大明版蒸汽動力機和與它連接的紡織機，不由得笑道：“再轉給朕看看。”