在張允文的印象之中，所謂的軍事學院應該分成幾個體系，培養單獨的人才。就像當初的那羣太學生進入軍事學院之後成立的參謀系一樣，專門培養參謀人才。所以，張允文在這份建議書中將軍事學院進行了劃分。
首先將整個學院進行分級，共分爲三個學年。其中第一年爲基礎學習，學習的就是基本的軍事訓練和基本課程。待第一年學習完畢，學員便可以選擇進入學院的系進行更專業，更深入的學習了。
學院的系一共分爲五個大系和一大院。\參謀系，主要針對那些能識文斷字，文化水平較高的學員，主要是培養參謀。步兵系，主要教授步兵常用戰法，步對步，步對騎，步對城等各種情況下的步兵戰法。騎兵系，主要教授騎兵的各式戰法。炮兵系，這是張允文新設的一個系，根據大唐熱兵器的發展情況，摸索合理使用熱兵器的戰略戰術。還有一個系叫做指揮系，若是說那三大軍種系是爲了培養中低級軍官，那這個指揮系的目標便是培養高級將領。而剩下的研究院則是研究新式武器的最合理使用方法，步、騎、炮三大兵種的配合方法，新式戰術等等一系列創新問題。\
至於各個部門的負責人，那要等這份報告通過之後，自己和屈突通等學院官員聯合商議決定。
花了兩個晚上和一個白天，終於將這份建議書給寫完了。
當他將這份建議書遞交給李世民時，李世民細細的看了兩遍，然後喜道：“賢婿此文，舉綱張目，構架清晰，條理明確，下面的人只需要按照這份建議做下來即可，實在是事倍功半啦！”
張允文先是謙虛了一下，然後小心翼翼的問道：“陛下，那你說說這份建議書能否通過？”
李世民笑道：“當然能！朕思索一下，若是按照允文的建議施行，那軍事學院建設將會走上走上正規化、專業化的道路，大唐未來的名將說不定將會盡數在此誕生！朕當然全力支持了！”
張允文鬆了一口氣，又聽李世民說道：“你拿着這份計劃書，去給屈突老大人、李藥師、李績、你師父等人看一看！”張允文點點頭，接過這計劃書，向李世民行了一禮，轉身離開。\
在幾名軍事學院高層那裡轉了一圈回來，張允文的計劃得到了他們的一致肯定。\有了這些大佬們的保障，他開始着手對軍事學院進行改制了。
學院從貞觀元年開始建立，如今是貞觀三年。其間，貞觀二年的時候，學院又舉行了一次招生，招得太學生數百名，還有各地願意來當募兵的士卒三千四百人，經過選拔篩選，留下了兩千八百多人。所以，如今整個學院的人數超過六千人。
先進入學院的那三千人作爲二年級，開始了分系選擇。分系採用的是個人志願和學院統籌安排相結合的方式，先是讓各個學員自主選擇系，然後根據教員們對學員的意見，進行局部調節。\比如有些學員不適合當騎兵，卻從了大流，選擇了騎兵系。最後的結果統計下來，讓張允文不由有些鬱悶了，幾乎有一千人報了指揮系，一千人報了騎兵系，剩下的一千多人共報了生於的三系一院。
張允文見到這種情形，決定舉行在指揮系和騎兵系舉行一場考試，將那些盲目從大流的學員給剔除去。
而貞觀二年招收的兩千多人作爲一年級，繼續進行基礎教育與訓練。\
於是張允文又花了兩天的時間完成了兩份試卷，一份是指揮系的，主要考察學員的全局能力和應變能力；另一份是騎兵系的，主要是對學員們的騎兵作戰理論進行考察。凡報了指揮系、騎兵系的學員在貞觀三年二月二十六這日集中考試。
然而在考試之前，張允文的府邸卻來了大量的客人，而且個個身居高位。以段志玄、程咬金爲代表的將近十人的武將齊齊造訪張允文府邸，爲的卻是那考試之事。
在公開的學院改制計劃中，指揮系將會以培養高級將領爲目標，所以，這些將軍們惟恐自己的兒子進不了指揮系，成爲衆人笑柄，所以在這考試前夕，一個個都到張允文這兒來，一口一個“老弟”的親熱的叫着，大講當年和張允文並肩作戰的事。\然而張允文不由有些疑惑，難道自己真的和他們並肩作戰過？好像自己在河南，他們在山東吧！
既然這些將軍們都拉下臉皮來找自己了，張允文當然也不會嚴詞拒絕，卻是拿出一本厚厚的教材，當着將軍們和他們兒子的面，將一個個考點挨着勾畫出來，然後說道：“一二章是基礎，必考；三四章是深化，必考；五六章是精華，必考！”
那程處默看着這厚厚的書籍，嘴中不由嘟噥道：“這不是沒說麼！章章都要考！”
“錯！”張允文義正言辭的說道，“不是還有一章沒有列入考試範圍麼？”
“……那是附錄！”
在衆位將軍心滿意足的神色和衆位公子有些沮喪的臉色中，張允文不由暗笑道：“這些傢伙三大五粗的，無論是段雲鬆還是程家兄弟，更加適合衝鋒陷陣，而不是運籌謀劃！再說了，這些傢伙自己平時不好好上課，臨時抱佛腳，哪裡那般容易！看看人家劉仁實，雖然也是一個令人頭疼的傢伙，可他的功課卻是完成得非常之好，這一次也沒有讓他老爹劉弘基出來說情！”
二月二十六的考試準時進行，花了三天時間，動用了學院裡的全部教員和幾名老將，花了三天的時間將這兩千多份試卷挨着看完了，最終結果是指揮繫有二百三十多人合格，當然包括那幾名考前來說情的的公子，聽說他們在其父的高壓之下，連續三日都沒有出過書房的大門，而且其父天天抽問，一回答錯誤便是一陣暴打。\\\所以在這樣的高壓之下，這些平時粗心大意、懶散異常的傢伙拼了老命，終於磕磕絆絆的勉強過了。而騎兵系那邊，有五百四十多人合格。
那些被剔除來的學員則是面臨着新的選擇。被指揮系剔除來來學員還可以在剩下的四系一院中選擇。被騎兵其刷下來的學員也同樣可以在四系一院中選擇。不過要想再報指揮系和騎兵系的學員必須再經歷一次考試。
張允文將這些事交給教員們去做，而他現在的要做的是對指揮系和炮兵系進行構架。至於其他的其他的系，有其他的教員負責。
先是指揮系。張允文對指揮系的要求非常之高，開設的課程也是非常多的，步戰、騎戰、炮戰、後勤之類的都要學習，更重要的一門功課卻是《政治與軍事》，這本幾乎照搬《戰爭論》的書籍。
至於炮兵系，本來報的人數不足百人，可是張允文說要親自擔任炮兵系的主管，並且教授學員打炮時，報名人數猛增。到最後確定各系人數時，炮兵系共有四百二十八人加入。
經過這件事，張允文不由暗暗有些沾沾自喜，看來自己的魅力的還是挺大的嘛！
終於，在三月初的時候，這長達一個多月的軍事學院改制終於完成了。學院開始按照這新的架構進行運作。