有這些朝中重臣參與審理，加之那紇幹承基出來做證人，李承乾謀反一案審理得異常的迅速。到四月末的時候，已經確定，李承乾極其同黨，圖謀造反，其準備工作已經完成，就等待着一個恰當的機會。
這幾位重臣在審理完此案之後，同樣交上去一份長長的奏章，上面詳細的記述了李承乾謀反一案的始末。
朝會之上，李世民草草看了一眼這份奏章，便擱在一邊，向衆大臣問道：“卿等且說說，當如何處置此逆子？”
衆大臣互相看了一眼，皆是默默不作聲。就連那些負責審理李承乾謀反一案的重臣同樣如此。李世民見狀，輕笑一聲：“你們有話就直說，不要藏着掖着！”
衆大臣心裡頓時腹誹了一下，若是自己說處死李承乾，恐怕陛下你心頭會暗生怨恨！
沉默半天，那同事舍人來濟出列道：“陛下，臣以爲處置太子也倒是簡單。只要陛下不失爲慈父，太子得盡天年，則善矣！”
這來濟乃是前隋大將來護兒之子。
聽得來濟這般說，李世民沉吟片刻，點點頭，下詔令廢太子李承乾爲庶人，流徙於黔中。
至於其餘李承乾同黨，李世民本來欲免去漢王李元昌的死罪。但是不知者李元昌到底是得罪了誰，朝堂之上，盡是一片反對之聲。李世民只好賜死李元昌於家中。李元昌雖死，但是，其母、妻、子皆得到了李世民的寬宥。
而那侯君集，李世民也是非常想寬恕他，還向朝臣問道：“君集有功，欲乞其生，可乎？”然而這侯君集和李元昌一樣，恐怕是得罪的朝臣太多，竟然沒有一個朝臣出來說可以，皆說謀反之罪，罪大惡極，理當處死之類的話語。於是，李世民只好下令將侯君集斬之於市前。臨刑之前，李世民對侯君集道：“今乃與公長決矣！”侯君集也長跪在地，重重的一叩首。
在行刑之前，侯君集對那監斬官說道：“君集蹉跌至此！然事陛下於籓邸，擊取二國，乞全一子以奉祭祀！”卻是在乞求李世民不要株連其家小。
監斬官將此事稟報李世民，李世民長嘆一聲，同意了，只是將侯君集家中妻小盡數流徙嶺南。在查抄侯君集家中的時候，負責查抄的官員查抄處兩個美人來。據說這兩個美人從小便是食人乳長大，從未吃過飯菜。這侯君集的奢靡可見一斑。
這侯君集老早以前便心頭存有不良的想法。當初李世民令李靖教授侯君集兵法，他在學了一段時間之後，便對李世民道：“李靖將要造反！”李世民連忙問其原因。侯君集道：“李靖教授兵法，教臣以其粗而匿其精，所以臣以爲他將要造反！”李世民將李靖找來，詢問起此事，李靖答道：“此乃是侯君集將要造反！今諸夏已定，臣之所教，足以制四夷，而君集仍舊求盡臣之術，這不是爲了造反，還是爲了什麼？”
不光光是李靖，江夏王李道宗也曾經對李世民說道：“君集志大而智小，自負微功，恥在房玄齡、李靖之下，雖爲吏部尚書，未滿其志。以臣觀之，必將爲亂！”李世民卻道：“君集材器，亦何施不可！朕豈惜重位，但次第未至耳，豈可億度，妄生猜貳邪？”等到如今侯君集真的造反了，李世民對李道宗道：“果然如同愛卿所言！”
除了這二人之外，其餘同謀者，盡數被處死。
至此，這場太子謀反案便是尚未發動之時便被破了。
在不到半年的時間裡，連續發生了齊王李佑謀反案和太子李承乾謀反案兩樁謀反案。而且這兩樁謀反案的領頭人還是自己的兒子，可以想象此事對李世民的打擊有多大。
所以，李世民病倒了。經過幾天的救治和調養，終於緩緩康復，剩下的只要繼續調養，則李世民的病將會有所好轉。
而在李世民生病期間，一個胖胖的身影幾乎每日都在往皇宮裡跑。這便是魏王李泰。
當聽到李承乾欲圖造反的消息之後，這位魏王殿下欣喜若狂，想不到不等自己打到李承乾，奪取東宮之位，這位大哥便自己將東宮的位置讓了出來。李泰知道，自己的機會來了，所以天天往皇宮裡面跑，就是等着李世民說出立他當太子的話語來。
功夫不負有心人，連續十多天悉心照顧生病的李世民，讓李世民心頭感受到陣陣溫暖。於是李世民對李泰好感飛速上漲，甚至當着他的面還說過立他當太子的話語來。
李泰聽了，連走路都有些飄飄然了。回到府中冷靜思索了一下，李泰覺得李世民的承諾並不可靠，還要繼續加把火纔對！於是他派人暗地裡給劉洎、岑文本等人送去了書信。
第二日，在這兩人帶頭之下，李泰一系的大臣紛紛出言，請求立李泰爲太子。
劉洎道：“遍觀諸位殿下，爲魏王泰年長沉穩，機敏睿智，博學多聞，更有編撰《括地誌》之不世之功，若是立起爲太子，定能使得大唐江山，傳承萬年！”
然而這些人一個個剛剛跳出來，長孫無忌便出列，請求立晉王李治爲新的太子。長孫無忌說道：“老臣以爲劉大人之言雖有些道理，但是臣還是以爲魏王泰不適合繼承東宮之位！一則嘛，魏王好文治，然而我大唐今日江山，皆是一刀一槍打出來的，所以老臣心頭有些擔心。再者，魏王窺視東宮之位，衆人皆知，若是陛下使其入主東宮，豈不是給後人留下一個印象，凡東宮之位，皆可以以手段奪取！所以老臣不贊成魏王入主東宮，倒是願意看到晉王治入主東宮！”
長孫無忌話語一落，那劉洎冷笑一聲：“那晉王殿下便附和長孫大人的要求？”
長孫無忌正色道：“不錯！當年阿史那結社將要謀反，正是晉王臨危不亂，指揮衛士將其鎮壓！再者，晉王仁孝，爲母親自守陵，爲兄長求情！此等赤子之心，實在難得！”
李世民聽罷，沉吟片刻，忽然說道：“衆位愛卿，你等說說，吳王恪如何啊？”
此言一出，長孫無忌當下站出來反對道：“老臣有異議！論及文武人品，吳王皆是上上之選！然而吳王之母，並非皇后，乃是楊妃。而這楊妃乃是前隋公主！立吳王爲儲，此事萬萬不可！”
不光是長孫無忌，就連正和他較勁的劉洎也出言阻止。
見羣臣如此李世民也只好閉上嘴，不再提及李恪之事。雖然如此，卻同樣沒有當庭作出判斷來，只是支吾的說道：“讓朕再思量思量！”
長孫無忌和劉洎見李世民這樣說了，也只好退了下來，不再說什麼了。
魏王府內，李泰滿臉憤怒之色的大聲咆哮道：“我就知道父皇會說話不算話！明明已經當着我的面說了裡我爲太子，如今卻還要思量思量，到底思量什麼！還有李治，他到底有什麼好，長孫無……長孫舅舅竟然會替他說話！”
而此時在昭陵之中，一處普通的瓦房之中，李治和武媚娘對坐在几案兩邊。武媚娘纖纖玉手正在爲李治沏茶。而李治，一雙眼睛正呆呆的望着武媚孃的玉手上下翻動，如同兩隻翩翩起舞的蝴蝶！