商滅夏後，最初建都於西亳（今河南偃師市城關鄉），伊尹曾提出過反對意見，認爲商興於東而立於西，違背了上天的意志，對商王朝不利。但此時的商王子天乙已經被勝利衝昏了頭腦，再也聽不進去伊尹的意見，固執的在西亳大興土木，修築城郭，建造宮室，將帝都立在了西亳。
伊尹的預言是正確的，商王朝建國後，果然一連七年大旱；饑民遍地，暴亂四起。商王子天乙這才省悟過來，接受了伊尹的建議，下令在鄭邑（今河南鄭州市）修建新的都城。新的都城也稱“亳”，我們稱它爲鄭亳。鄭亳的建築規模宏大，都城總面積250萬平方米，是當時中國境內最大的城市。
商王子天乙在位時曾先後遷都三次，他繼承侯位時即位於谷熟（今河南商丘市東南），改稱亳都，史稱南亳；第二年遷都於蒙邑（今山東荷澤市曹縣），仍稱亳都，史稱北亳；滅夏後建都於夏都西南，仍稱亳都，史稱西亳；商湯二十七年（庚寅，公元前1591年）始定都於鄭，仍稱亳都，史稱鄭亳。
商王的都城爲什麼都稱“亳”呢？
原來，子天乙特別迷信，他相信天上有神仙妖魔，地下有鬼怪魍魎，人間的一切都是由萬能的天神安排。傳說他即位前曾做過一夢，夢見一位仙人對他說：“商湯有景亳之命！”他醒來時把這句話反覆推敲，認爲仙人是在告訴他，他將來興旺發達的地方是“亳”。因此他即位後便把都城改稱亳，後來每次遷都後，都把新都改稱亳。臨終前還留下遺囑，把埋葬他的地方也稱亳（今安徽亳州市）。這便是商代多亳城的緣故。
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商王子天乙在位二十九年死去，他的次子子勝即位，號外丙；伊尹仍爲右相輔佐朝政。
外丙在位二年也死了，傳位給弟弟子庸，號仲壬；還是伊尹爲相總攬朝政。
仲壬即位後不久，便立侄兒子至爲太子，號太甲。子至聰明好學，凡事有獨立見解；他一向看不慣伊尹獨霸朝政的行爲，私下裡談論說：“如果我爲天子，定當改革舊制。”有人告知伊尹，伊尹不以爲然，只是一笑了之。
仲壬四年（戊戌，公元前1583年），三任商王子庸病重，遺命傳位於太子子至，伊尹這才意識到面臨的危險。他知道
太甲（子至）一直視他爲眼中釘肉中刺，如果讓他繼承王位，自己的權勢、聲望、財富等，恐怕都將失去。爲了保住這一切，他決定發動政變，廢去太甲的王位。因此商王仲壬一死，伊尹立刻派兵包圍了王宮，逮捕了太甲和他的死黨，並處死了一批效忠於太甲的頑固派，將太甲囚禁於桐宮（夏代所建行宮，在今河南偃師市西），並派軍隊嚴加看守，不準太甲離開桐宮半步。
伊尹以攝政爲名自居王位，並詔告天下：“新王太甲不守王道，不尊湯法，意欲效法夏桀危害天下。爲了維護先王舊制和百姓利益，經朝臣共議，廢去太甲之王位，由相國伊尹攝政。”所謂攝政，不過是託詞而已，實際上就是篡奪商湯的政權，自立爲王。
伊尹即位後，表面上施行仁政，用小恩小惠欺騙百姓；暗中卻加重刑罰，殘酷的鎮壓那些反抗他的貴族和平民。
歷代王朝的所謂正史，一直把伊尹吹捧爲賢相，其實不過是儒家御用文人編造的謊言。夏、商、週三代的歷史，早在戰國時期就被儒家所篡改；到了漢代，漢武帝“獨尊儒術”，以儒家之說爲正史。司馬遷作《史記》依據的自然也是儒家之說，其真實性是大打折扣的。
戰國時期的史書《竹書紀年》記載：“伊尹放太甲於桐，乃自立。……七年，太甲潛出自桐，殺伊尹。”而司馬遷的《史記》所載則完全不同，司馬遷說：“帝太甲即位三年，不明，暴虐，不尊湯法，亂德，於是伊尹放之於桐宮。三年，伊尹攝行政當國，以朝諸侯。帝太甲居桐宮三年，悔過自責，反善，於是伊尹迎帝太甲而授之政。”兩相對照，我們不難看出司馬遷《史記》的虛假之處。
司馬遷把太甲定位爲昏庸無德的暴君，而把伊尹吹捧爲賢相，讓這位賢相把所謂暴虐的天子囚禁於桐宮，自己來當天子。這完全不符合儒家所倡導的君臣之道。臣把君囚禁起來，這分明是造反，是篡權，是大逆不道，又有什麼值得歌頌的呢？再說，太甲既然是一位亂德的暴君，何以關了三年就變成了“修德”之君呢？這根本不符合人性的常理！太甲究竟是怎樣的暴虐、亂德、不尊湯法，司馬遷沒有舉出一件事例，這恐怕全都是虛妄不實之詞。據此，我們不能不對司馬遷的論述有所懷疑。
伊尹執政時倡導“節用寬民”的政策，而他自己卻不節儉，他生前如何奢華姑且不論，單是
他死後的墓葬就暴露出了他的真實面目。他的墳墓佔地面積達一萬多平方米，其墓葬結構完全依照王陵建造。試想，建造如此大的陵墓，這在生產力很低的商代要花費多大的人力和物力呢？這難道就是所謂的“節用寬民”嗎？
公而論之，伊尹確實是位能文能武足智多謀的偉大歷史人物，他不僅是商初征戰沙場名滿天下的將帥，也是一位玩弄權術駕御臣民的著名政治家。他生前曾留下很多著作，《漢書，藝文志》錄有《伊尹五十一篇》、《伊尹說》二十七篇；可惜這些著作都已亡佚。《玉函山房輯佚書》收有《伊尹書》一卷。1973年湖南長沙馬王堆三號漢墓出土的十二萬多字的帛書中收有《伊尹書》六十四行。這些是目前僅存的伊尹著作。
根據《竹書紀年》記載，伊尹篡奪王位後，共執政七年。
伊尹七年（乙巳，公元前1576年）夏天，夏王太甲利用朝中大臣爲伊尹慶祝八十大壽之機，率勇士們自桐宮潛回王都，乘伊尹不備，突然殺入宮中，將伊尹殺死。
伊尹終年八十歲，是被殺死的，並非善終。
《帝王世紀》所記載的“沃丁八年，伊尹卒，年百有餘歲，大霧三日。”顯然是僞史，我們不能當真。
夏王太甲公佈了伊尹篡權的種種罪行，仍念他曾有功於商王朝，准許他的家人將他的遺體葬在伊尹生前爲自己修造的陵墓中。複用他的兒子伊陟和伊奮入朝爲官，命將伊尹的田產和奴隸一分爲二，兄弟各持其一。
伊尹墓在今河南商丘市虞城縣西南魏錮堆村北。
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伊尹在位年表（供參考）
公元紀年（干支）……在位時間……大事記
前1582（己亥）…………元年……
前1581（庚子）…………二年……
前1580（辛丑）…………三年……
前1579（壬寅）…………四年……
前1578（癸卯）…………五年……
前1577（甲辰）…………六年……
前1576（乙巳）…………七年……
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（本章完）