張亮基在剛任雲貴總督初期，面對雲南的糜爛局勢束手無策。
1861年底，馬如龍聯合昆陽楊振鵬和新興田慶餘部回民軍，再次向昆明進發開始對省城的第三衣圍攻。
1862年（同治元年）初，雲南府所屬各州縣大都被回民軍佔據，昆明成爲一座孤城。當時坐鎮昆明的雲南巡撫徐之銘迫於形勢，不得不改變一意主剿的態度，一面準備向回民軍發動軍事進攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民軍中“議和”，用高官厚祿引誘他們投降。
張亮基剛一上任便遇到這樣的麻煩，歲面臨的形勢着實不容樂觀，
所幸他身邊的總督衛隊五千將士，都是由鄉勇隊幫忙訓練戰力強悍，不然只怕他連雲貴的地面都不敢輕易踏足，這地方實在太過兇險。
而且剛開始吳可新任兩廣總督，也需要理順兩廣事務纔好騰出手來幫助盟友，剛開始那段時間只能獨立奮戰幾乎沒有外援。
此時回軍將領馬如龍認爲機會難得，立即拜倒在雲南巡撫給出的高官厚祿面前，聲言“世受皇恩”，“志在報效，歷年漢回仇殺，不得已鋌而走險，非敢叛逆，今願率衆投誠”。
1862年3月經過一番羞羞答答的討價還價，回軍大將馬如龍、馬德新、楊振鵬等人正式向雲南清軍投誠。爲了表示對朝廷的“忠順”，馬如龍等親自到各地說降，脅迫各地將士解散或撤退，各路回軍佔據的昆明四周的昆陽、新興、晉寧、呈貢、嵩明、羅次、易門、富民等城拱手獻給清軍。
他們的輸誠行徑受到了新任雲貴總督張亮基的賞識，在張亮基以及雲南巡撫的操作上奏下，朝廷很大方的授予投誠回軍大將馬如龍“署理總兵”的官職，授予投誠回軍將領馬德新以“二品伯克”之銜。
張亮基倒也是好運氣，剛一上任雲貴總督對任事務兩眼一摸嘿之跡，便遇到如此好事自然不會輕易錯過。
他在中原地區任職期間，吳可的鄉勇隊和左宗棠的楚軍跟隨左右，無論是河南還是淮北之地論兇險都要比戰亂四起的雲貴厲害得多，不管是河南的數十萬捻匪還是臨近的太平天國老巢，稍一不慎便有殺身之禍臨頭。
任職中原期間他雖然沒有親自指揮過戰鬥，都由手下兩員大將吳可以及左宗棠幫忙解決，但手下總督衛隊將士也都是見過雪經歷過事兒的狠角，可能指揮大規模作戰不成但是戰場廝殺卻是半分不秫。
經歷過那麼多風風雨雨，對於如此剿匪平叛有自己的一套準則，初上任時還沒來得及開展工作，治下叛亂情況便有所好轉，這對於張亮基來說是件好事。
而回軍大將馬如龍、馬德新等降清後，大理杜文秀繼續堅持反清鬥爭，滇西回軍武裝則成爲雲貴總督以及雲南巡撫等的心腹之患。
回軍大將馬如龍、馬德新等人在雲南督撫大臣的授意下，接二連三地對杜文秀進行誘降活動。1862年夏馬如龍寫信給杜文秀，並派楊振鵬前往大理，一面以高官厚祿誘勸杜文秀投降，一面以軍事進攻相威脅。
馬如龍在6月2日（五月初六日）的信中聲稱：“如以和爲非，則臥榻之側，豈容他人鼾睡，官處必發兵西向。此時兩迤（指滇東、滇南）既和，迤西（即滇西）孤立。前省［軍］西發，每爲東南所擾，故爾無功返。……刻下省垣無南顧之憂，官兵得專西伐之力，則迤西雖有數城之衆，恐難敵全省之師。爾時欲迤南赴援，弟等已授職官，宜報朝廷，必無赴救之理。”
可大理杜文秀早已對朝廷失望徹底，哪會輕易聽信馬如龍的勸告？
他接信後既不爲馬如龍所述高官厚祿所動，也不理睬馬如龍等的恐嚇。在給楊振鵬的回信中他一針見血地指出，官府的所謂和議，“不過因江南未靖，西洋復來，各省紛爭，天下鼎沸，暫爲緩此急彼。俟彼處稍定，必將舉全師以壓我境。迨至彼時，［我兵已散，我將各離，始知朝廷包藏禍心，則謀不及施，勇不及逞，嗷嗷待斃，悔之晚矣！”
6月下旬，楊振鵬到達大理，杜文秀仍嚴詞拒絕，“堅執不從”。1863年夏，馬如龍又派他的親信馬負圖到大理勸降，杜文秀斬釘截鐵地回答：“馬雲峰（馬如龍號雲峰）做馬雲峰的官，我杜文秀造我杜文秀之反。想我杜文秀歸順，除非黃河水清。不然萬萬不能。”
1864年，馬德新親自出馬，前往大理遊說。杜文秀仍然拒絕講和，說他“看不起那些身爲回軍大將，倒反去接受清廷手下的一點官職”。鏗鏘有力的拒絕說降，表明了他與清廷勢不兩立的決心。
張亮基也是初次遇到官軍實力不如匪軍的情況，剛開始時自然不敢有任何馬虎大意。趁回軍馬如龍等投誠之跡，命令其與官軍配合先穩定雲南東部以及南部的局勢，至於糜爛不堪的西部地區先放在一邊不做理會。
經過兩年多時間的熟悉，張亮基已經徹底掌握了雲貴軍政大權，加之吳可早已控制了兩廣軍政大權，能夠抽出手來幫助老丈人平息治內叛亂，於是張亮基準備對大理亂匪杜文秀部用兵。
1863年6月，雲貴總督張亮基令署雲南提督馬如龍防守省城，籌集糧餉軍火；令署理布政使岑毓英率軍進攻滇西。
8月，岑毓英率清軍從昆明出發，於11月20日佔領楚雄。此後岑毓英以楚雄爲基地，分兵向大理進犯。清軍雖先後佔領了大姚、永北、鄧川、賓川、浪穹（今洱源）、趙州、雲南、鶴慶、麗江等地，逼近大理的南北門戶上下兩關，但岑毓英所率主力卻被杜文秀部回軍阻擋於鎮南和姚州無法前進。
1864年2月，大理回軍在上關大敗清軍，並收復鄧川、浪穹、鶴慶、麗江；不久，又敗雲南清軍於下關，收復雲南、趙州、彌渡等地。
大理回軍統帥杜文秀乘勝派馬得才率領援軍從彌渡、三街間道插到鎮南清軍側後，突然向雲南清軍發起猛攻。清軍大敗（岑毓英也頭部中槍）狼狽逃回楚雄。
擊潰了雲南署理布整使岑毓英部的進攻之後，杜文秀領導滇西大理回軍乘勝向外發展，南面達於鎮沅，北面達於維西。至1865年後大理回軍控制了滇西二十三座城市，對朝廷在雲南的統治造成極大的威脅，於是雲貴總督張亮基認爲，“當以征剿迤西爲急”，積極部署對大理的進攻。
雲南剿匪戰局焦灼，本來吳可打算派遣手下兩廣精銳出兵雲南，幫助老丈人彈壓地方叛亂，不過卻被張亮基婉言拒絕。
不是因爲面子問題，張亮基也是爲女婿吳可着想，不要萬不得已他不願意兩廣清軍進入雲南，這可不是什麼好事兒。
湘軍鳳凰吧，全國數十個省市以及重要地區都有他們的身影，而且表現不俗在各地剿匪平叛過程中都充當主力角色。而且因爲剿匪平叛有功，湘軍各分支將領在各地得領軍政大權，成爲不折不扣的地方實權排人物。
這樣的狀況，如何不引得朝廷忌憚防備？
曾國礬立下收復金陵的滔天戰功後，爲何迫不及待削減湘軍人馬取信朝廷，還不是因爲朝廷忌憚太甚，他要是不更進一步成爲九五之尊，但凡還想要在滿請官場混跡，就不得不如此動作，不然等待他和湘軍的絕不是啥好結果。
湘軍前車之鑑擺在那兒，張亮基可不想自家女婿陷進坑裡，反正雲南局勢還不至於到糜爛不可收拾之境地，就算沒有外省援軍一樣可以支持下去。
吳可沒有拒絕老丈人的好意，只是派遣手下精銳將士五千囤駐於廣西與雲南邊境城鎮，密切關注雲南剿匪平叛局勢，一旦發現局勢不可收拾之時，二話不說開進雲南境內幫助當地清軍解決麻煩。
也就在這時，吳可收到手下從京城傳回的不好消息，京城坊間不知何時突然流言四起，其中主角正是任職雲貴總督三年有餘的張亮基，說什麼朝廷惱怒張亮基剿匪不利，打算換人云雲。
所謂無風不起浪，儘管吳可不相信朝廷會如此行事，但不怕一萬就怕萬一，而且張亮基年紀也大了，此時已年近花甲而且已經厭倦了戰亂不休的生活，與吳可通信之時也表露過想要回家養老的想法。
對此吳可不好說什麼，封建王朝時代的官員基本上都是終身制的，尤其像張亮基這樣位列朝堂一品大員的大佬，除非他自願否則就是皇帝也不好要求他主動辭職，那可是要擔污名的只要皇帝腦子正常就不會輕易做這樣的傻事。
像後來赫赫有名的洋務派大佬張之洞，便身居高位幹到七十來歲直至老死。
不過吳可理解老丈人張亮基的苦衷，自從太平軍興起以來他基本上都處於與太平軍交戰的最前線，十來年的戰鬥生涯讓士大夫出身的張亮基早已身心疲憊……