在帝國軍官培訓學院成立的典禮上，朱祁鈺擔任了該學院的名譽院長，並且負責爲第一期學員講解部分戰術課程。當然，陳懋纔是學院的第一任院長。而在典禮活動上，朱祁鈺正式宣佈了帝國軍隊改制的大體方案。隨後，一場轟轟烈烈的軍隊改編行動開始了。
帝國第二次軍制改革的核心，是將原先的兩級並行制改爲了三級隸屬制。這不僅僅是整個軍制改革的核心，更是爲了適應未來的遠征戰爭所進行的最爲必要的改革了。當然，這也是帝國軍隊戰鬥力再次提高的根本所在，如果沒有這次的軍制改革，那麼帝國軍隊必然會被其臃腫的體系給拖垮，根本就不可能獲得今後那些輝煌的勝利！
在實行二級並行制的時候，帝國軍隊是分成了中央軍與地方軍兩種不同編制的。帝國中央軍除了負責京城（南北兩京）的衛戍與安全工作之外，主要的任務就是負責對外戰爭，在對外戰爭中充當主力部隊。相反，地方部隊則主要負責帝國其他各地的安全衛戍工作，只有在最爲必要的時候，纔會承擔起爲中央軍提供後勤保障的任務！
從這兩級編制來看，帝國軍隊之前是比較適合在周邊地區進行征戰的。對日戰爭，以及在南洋，西洋兩地的戰爭，這一軍事編制起到了很好的作用，是勝利的基礎。不過，很明顯的，這兩級編制本身就存在着指揮機構並行，且過於複雜，不適合進行遠征作戰。且重複的指揮系統，只能製造出混亂來，這對軍隊征戰是致命的威脅！
在兩級編制中，帝國中央軍的問題還不大，畢竟這是主力軍團，且都受到皇帝的直接節制，並且由陳懋控制的帝國總參謀部負責具體的策劃與指揮。相反，地方軍的指揮體系卻極爲混亂。陳懋的總參謀部也負責地方軍的指揮工作，不過，因爲地方軍還負責地方保衛與安全工作，所以又受到了政府的節制。實際上，地方軍本身就類似於警察部隊。要受到兩套指揮系統的控制，結果就導致地方軍內部的問題極爲複雜。在征戰時期，帝國的一切活動都是爲了勝利，所以地方軍中的這些問題還沒有體現出來。但是，到了和平時期，地方軍中的弊病就表現得非常地清楚了！
朱祁鈺這次搞的軍制改革，其最重要的工作，就是改變地方軍本身的毛病，並且將軍隊從國內治安的任務中解脫出來，爲成立單獨的帝國警察部隊留出空間。當然，這也能夠更進一步地強化軍隊的單一性，將軍隊的力量都集中到對外戰爭上來，這樣才能夠更有效地發揮軍隊的戰鬥力，並且爲今後的遠征做好準備！
新的三級隸屬制中，就不存在指揮機構並行的毛病了。在新的軍事體制中，已經取消了地方軍，並且集中了軍隊的指揮大權。這樣一來，軍隊與政府就完全分離了，並且相互不干涉，政府所控制的將是今後成立的警察部隊，軍隊則不負責國內治安任務，進一步消除了軍隊干涉政務的危險性。當然，最主要的，還是強化了帝國軍隊的戰鬥力。
三級隸屬制中，國防部將負責全國所有軍隊的人事安排，衛戍部隊的調動，以及軍隊的後勤物資供應，軍人薪餉的發放等等。總參謀部則負責軍隊作戰計劃的制訂，向國防部提交人事調動的請求，以及在戰爭時期負責軍隊作戰的指揮工作，在和平時期根據假想敵的制訂相關的作戰計劃，以及負責軍隊的訓練，演習等工作。這兩個部門中，國防部本身是由帝國內閣政府控制的，並且由國防部長直接向內閣總理負責（實際上是向皇帝負責）。總參謀部本身就直接向皇帝負責，而不需要向內閣總理負責。顯然，軍隊的人事，以及指揮大權分屬兩個部門，而且分成了戰時體制與非戰時體制。不管是哪套體制，最終，軍隊的控制大權是掌握在皇帝手裡的，這就是說，朱祁鈺爲控制軍隊加了一道雙保險！
在新的軍制中，佔主要地位的仍然是帝國中央軍。不過，朱祁鈺則取消了中央軍以集團軍爲最高編制的方式，準確地說，應該是爲集團軍換了個名宇，換上了更具有帝國特點的名宇。另外，各軍的名稱也有所變化。第一集團軍改編爲青龍軍團，仍然由衛平擔任司令官，陳豫爲副司令。下轄謝正卿的第一混成軍，陳豫的第二重騎兵軍，衛平的第三重步兵軍，馬壽成的第二十一輕騎兵軍（前西北騎兵軍團的第一軍），巴克爾的第十六輕騎兵軍（前蒙古軍團的第一軍），以及各軍團直屬部隊。
第二集團軍改編爲朱雀軍團，仍然由羅國棟擔任司令，楊天奉爲副司令。下轄羅國棟的第四輕步兵軍，楊天奉的第五重騎兵軍，嚴廣儒的第六輕步兵軍，李天長的第二十二輕騎兵軍（前西北騎兵軍團的第二軍），呼羅暫的第十七輕騎兵軍（前蒙古軍團的第二軍），以及各軍團直屬部隊。
第三集團軍改編爲白虎軍團，仍然由田宗擔任司令，胡沱爲副司令。下轄田宗的第七輕步兵軍，胡沱的第八重步兵軍，張國濤的第九輕騎兵軍，郭諍的第二十三輕騎兵軍（前西北騎兵軍團的第三軍），哲別的第十八輕騎兵軍（前蒙古軍團的第三軍），以及各軍團直屬部隊。
第四集團軍改編爲玄武軍團，由衛廣擔任司令，萬軍平爲副司令。下轄肖國清的第十輕步兵軍，萬軍平的第十一輕步兵軍，林寶儒的第十二輕步兵軍，呼蘭的第十九輕騎兵軍（前蒙古軍團的第四軍），溫不裡地第二十輕騎兵軍（前蒙古軍團的第五軍），以及各軍團直屬部隊。
第五集團軍改編爲麒麟軍團，由祖百齡擔任司令，副司令暫缺。下轄郭長齡的第十三輕步兵軍，江伯濤的第十四輕步兵軍。王志鴻的第十五輕步兵軍，苗幕漢的第二十四輕步兵軍，張仕超的第二十五輕步兵軍，田壯的第二十六輕步兵軍（第二十四到二十六輕步兵軍都爲前西北軍團的軍隊），以及各軍團直屬部隊。
從這裡完全可以看得出來，軍隊編制的改變，實際上，就是將之前的西北軍團，西北騎兵軍團以及蒙古軍團編入了中央主力軍團之中。同時擴大了各軍團的編制，由以前一個集團軍三個軍的編制擴大到了五個，甚至六個軍的規模。不過，這其中卻有一點非常值得注意，這就是各軍名稱的改變。
在此之前，帝國軍隊只有兩種，即騎兵軍與步兵軍，而這次，騎兵與步兵又分成了輕重兩級。這其中就有很大的玄機了。
重騎兵軍團的最主要特點就是，配備了一些輕型火炮。並且其騎兵的素質遠高於輕騎兵軍，所用的戰馬都是優良品種，不管是從戰馬的品種，還是從軍人的素質方面來看，重騎兵軍都要優於輕騎兵軍。其戰鬥力也強了很多，甚至具備了一定的攻堅作戰能力，擺脫了以往騎兵部隊在遇到堅城時的尷尬。當然，可以毫不猶豫地說，重騎兵軍是帝國最爲優秀的軍團，也是帝國進攻能力最爲強大的軍團。當然，輕騎兵軍的強項是速度，其速度是任何其它部隊都比不上的。因此，輕騎兵軍團類似於之前的騎兵部隊，主要承擔的就是突擊任務。
同樣的，重步兵軍與輕步兵軍的最大區別就在於，重步兵軍的火炮配製數量遠遠地超過了輕步兵軍。按照新的編制，輕步兵軍已經不在步兵師裡配備師屬炮兵團了，全軍僅一個軍屬炮兵團。而重步兵軍不但有師屬炮兵團，而且軍屬炮兵團增加到了三個，全軍一共有六個炮兵團。顯然，重步兵軍就是爲了攻堅作戰，以及防禦作戰而準備的，不過，同時也犧牲了步兵的機動能力。相反，輕步兵軍則儘量地保存了機動能力，在必要的時候，甚至可以直接改編爲輕騎兵部隊。當然，在實際使用中，輕步兵軍的主要任務是負責後方的衛戍，以及後勤運送工作！
除此之外，帝國近衛軍繼續保留，不過近衛軍的性質也發生了變化。在作戰能力方面，近衛軍仍然介於重騎兵與步兵之間。當然，毫無疑問的，帝國近衛軍仍然是最優秀的軍團，其戰鬥力絲毫不亞於重騎兵軍團，而在防禦作戰方面，也不會比輕步兵部隊差多少。
除了中央主力軍團之外，朱祁鈺還成立了專門的後勤司令部。這是一個由總參謀部與國防部聯合指揮的軍事部門。戰時，由總參謀部向後勤司令部下達物資運送任務，然後由國防部配合後勤司令部負責爲前線部隊提供物資補給。而在和平時期，後勤司令部則負責爲軍隊提供訓練使用的彈藥物資，並且負責配發各部隊的糧草。當然，後勤司令部也就自己的直屬部隊，即由前地方軍改編而來的後勤保障部隊。
後勤保障部隊採用單獨的編制體系，並且隨戰爭需要，可以直接從預備役部隊中徵用軍隊，以擴大後勤保障部隊的規模。平時，後勤保障部隊則負責在各地方駐紮，負責爲五大主力軍團負責提供糧草等物資，並且負責守衛軍隊的糧食，彈藥倉庫，以及儲備這些物資的營地。
最後，朱祁鈺成立了單獨的預備役司令部。預備役司令部也是由總參謀部與國防部聯合指揮的。戰時，預備役司令部由總參謀部控制，負責向總參謀部提供預備役軍人的相關數據，好讓總參謀部根據軍人的具體數量，來制訂出相應的作戰計劃，並且負責爲前線作戰部隊補充兵員。和平時期，預備役司令部是由國防部直接領導的，並且從總參謀部，其它情報部門獲取相關的信息，確定預備役軍隊的規模。當然，還得負責訓練預備役軍隊，爲戰爭做好準備！
這套體系，其實就是從總參謀部到作戰部隊形成了三個級別。當然，處於最高位置的仍然是帝國皇帝。總參謀部在新的體制中的權力實際上得到了加強，其權限範圍擴大了許多，並且具備了一定的人事與文職處理權。同樣的，國防部與總參謀部形成了完全並行的，配套的體系，兩者分別負責和平與戰爭兩種時期軍隊的工作，並且都直接向皇帝負責，從而使皇帝在任何時候都能夠將軍隊掌握在自己的手裡！
在新的軍事體制中，除了讓軍隊擺脫了國內治安工作等非軍事任務的煩瑣事務之外，最重要的，還有兩點，一是加強了帝國軍隊的戰鬥力，而是加強了皇帝對軍隊的控制。
從五大軍團的編制來看，除了麒麟軍團本身主要承擔邊境地區的衛戍任務，以及銜接前線與後方的後勤保障工作，都由輕步兵軍組成之外，其它的四個軍團都是混合編制，並且按照實際作戰需要，其編制內的步兵與騎兵的比例有着一些差別。
毫無疑問的，最強悍的是青龍軍團與朱雀軍團，這兩支軍團的主體原本就是帝國第一批成立的兩個集團軍，而且都得到了西北騎兵軍團與蒙古軍團騎兵的加強，編制內既有重騎兵，又有輕騎兵，既有重步兵，又有輕步兵，都是全能型的戰鬥部隊。當然，這兩個軍團也是主力中的主力，是帝國軍隊的兩把利刃，也是朱祁鈺未來進行遠征時的軍隊主力部隊！
從新的人事安排上來看，衛平，羅國棟，陳豫，楊天奉，胡沱，衛廣這樣的優秀年輕將領在軍隊中的地位得到了實質性的提高，而且各軍的軍長，到軍團司令，幾乎都換成了年輕面孔。而這些軍長，司令都是對皇帝絕對忠誠的。再加上朱祁鈺所建立起來的低級軍官培養體系，那麼帝國軍隊從低級軍官到高級將領，都將成爲皇帝的嫡系人員。這也就讓帝國軍隊徹底地掌握在了皇帝的手中！