然而考慮到盧宗漢新近來投、寸功未立，驟然就出任如此重要的職位必然會引起衆人的不服，任思齊考慮再三，遂調任宋立本爲內衛統領，盧宗漢副之，宋立本原來的鎮撫司司長的職位則有陳生接任。
對於盧宗漢來說，剛來到崇明就得以擔當重任，而且還是從事的老行業，不禁喜出望外。至於只是出任副職也表示理解，畢竟自己剛剛來崇明，只要自己全心全力的把內衛辦起來，辦好差事立下功績，相信任思齊會大力提拔自己，到時成爲正職自然不再話下。
而對於宋立本來說，從鎮撫司到內衛雖然是平調，雖然內衛只是初創，人員物質啥都沒有，可宋立本還是非常高興。因爲相對於鎮撫司來說，內衛距離任思齊更近。而且鎮撫司各種規章制度也已建立完善，在那裡做官只需按部就班照章辦事，實在沒有什麼挑戰性。而內衛就不同了，它雖然名義上只是負責都督府的防衛，負責在崇明島肅清敵方細作，可是它還有未明說的龐大職權，那就是監察崇明一系的官員，探訪民間民情。這個職位幾乎和朝廷的錦衣衛權力一樣，只不過沒有錦衣衛的抓捕刑訊之權。
任思齊在都督府撥出了一進院落，撥了幾十名侍衛文吏，撥給一批經費之後，崇明內衛就悄無聲息的成立了。任思齊能撥出的人力物力有限，其他的都需要宋立本和盧宗漢自己解決。招募人員，制定規章制度，在島內衆文武身邊安插細作，二人忙碌了起來。盧宗漢是錦衣衛老人對情報工作無比熟稔，便負責島內外的情報工作，主要是探查民情，在衆官員身邊安插細作；宋立本身爲鎮撫司司長，對軍隊更爲熟悉，便負責都督府的守衛，負責查探敵方的奸細。二人分工合作，內衛雖然剛剛成立，卻很快顯示出它的成績來。
根據內衛提供的情報，一大批貪贓枉法的崇明官員得到了懲處，或者降職或罰薪，情節嚴重者會被除以開除公職投入牢獄。
李彥直很鬱悶，因爲他提拔到崇明縣當差的幾個親戚都被崇明縣令沙福免職，就連他親自去說情也不管用。垂頭喪氣的回到了都督府，又被任思齊劈頭蓋臉的訓斥了一番，把一疊紙張摔倒了他的身上。
李彥直撿起地上散落的紙張，仔細看去，額頭頓時冷汗淋漓。紙張上記錄着他這些時日的言行，一切枉法之事都清清楚楚的記錄在案。包括他收受賄賂爲商人提供方便，接受哪些人的孝敬爲他們的升職說好話，這一切都記錄在紙張上。
“都督，屬下罪該萬死，”李彥直噗通一聲跪在地上，頭紮在地上身子不住的顫抖着，身爲參謀司司長，他自然知道內衛成立之事，可沒想到內衛剛剛成立，就查到了自己頭上，難道都督他已經對自己如此不滿了嗎？
“彥直兄啊，”任思齊嘆息着，伸手把李彥直拉起。聽任思齊還喊自己爲兄，李彥直的心一下子落了下來，也許事情還沒那麼嚴重。
“彥直兄，你還記不記得當初咱們在岱山初次交談之時，當時的你是何樣的慷慨激昂，談到朝廷的弊政民間的疾苦時，你是那樣的憤慨。現在怎麼了，剛做了高官沒多久，怎麼就和朝廷官員一樣了？”
任思齊痛心疾的訴說着，李彥直羞愧的滿臉通紅。
“朝廷官員俸祿不高，不貪贓不足以過上體面的生活，畢竟海瑞那樣清廉的人沒有幾個。可是咱崇明不一樣啊？咱崇明的薪酬可是要比朝廷官員高得多，拿你來說吧，你身爲司長，每月的薪酬是八十兩銀子，此外還有柴薪米麪若干，如此多的收入足以養活一家老小吧，又何必再去收受別人的賄賂？哦對了，我忘了，你娶了四房小妾，家裡人口較多，倒是情有可原。”任思齊調侃道。
“屬下錯了，我這就回去把她們打了去。”李彥直站起身來，滿臉通紅的說道。
“既然娶了，就這樣吧，你把她們趕走讓她們以後怎麼辦？不過以後就別再娶了，彥直兄你也快四十了吧，女人多了身子能吃消嗎，咱們崇明事業初創，咱們的大業還未見眉目，以後還有無數的事情還等着咱們去處理呢。”
任思齊說着從李彥直手中取過紙張，放進火盆中，火折閃過，紙張劇烈的燃燒了起來。
“都督......”李彥直兩眼終於流下了淚水來。
看着李彥直離去的背影，任思齊臉色變幻着，李彥直的問題很多，可畢竟人才難得，參謀司司長的職位除了他恐怕沒人能夠勝任，所以任思齊也只能高舉輕放，對他口頭訓誡一番。希望他以後能引以爲戒吧，對於跟着自己起家的兄弟，哪一個任思齊都不希望他們沒有好下場。
這次被查出問題的官員很多，畢竟島上官員實在太多了，現在的崇明沒有官吏之分，原來縣裡的六房司吏之類都被授予了品級，而且縣下設鄉里，鄉正里長都成了有品級的官員，整個崇明島有品級的官員足有數百人，其中大部分是由從揚州來的吏員充任，這些人的素質可想而知。由於查出問題的官員實在太多，任思齊也沒法對他們一一懲處，只能小懲大誡，訓斥罰銀了事。不過根據都督府的行文，犯事的記錄會納入他們的檔案，會影響他們以後的升遷，而且如果再犯的話，將會兩罪並起一併處罰！
在內衛66續續提供的情報下，崇明島展開了整肅官場的整風運動，重點是肅清明朝遺留下來的不良官場習氣。這場整風運動受到了滿島百姓的熱烈支持，有很多的百姓主動到內衛衙門告，告官員的不法事，而內衛衙門則會派員協同崇明縣府一同查案，只要查實，就會對犯事官員進行處理，而對告者則會給予獎勵。
也有官員如沈廷揚勸說任思齊停止整肅，畢竟現在還在戰爭事情，擔心引起軍心不穩，更擔心弄得島上人心惶惶。陳子龍卻對任思齊的做法大加讚賞，他認爲向那些庸碌貪婪的官員就應該及早剔除，換更有能力的上，如此崇明才能走的更遠，抗清大業纔會有指望！
因爲是戰爭事情，任思齊起的這場整肅僅限於崇明島內，也僅限於整肅文官系統，而經過了短時間的混亂之後，崇明的官場風氣爲之一正，一大批庸碌的官員被拿下，換上了有能力有幹勁的人，崇明官府的運作更加的有效率了起來。