石莫制定下了計算機硬件的發展方向後，繼續安排其他的研發事項。
2012實驗室計算機系統研究所，主要從事圖形界面系統、多媒體、計算機科學基礎等領域的研究，致力於推動計算機科學前沿發展，着眼下一代革命性技術的研究，助力公司實現長遠發展戰略。這個研究所由姚期知負責。
姚期知，計算機學家，1946年出生於中國上海，1967年姚期智獲得臺灣大學物理學士學位；1972年獲得哈佛大學物理博士學位；1975年獲得伊利諾依大學計算機科學博士學位，之後先後在美國麻省理工學院數學系、斯坦福大學計算機系、加州大學伯克利分校計算機系任助理教授、教授；2000年圖靈獎獲得者，是美國國家科學院院士、美國藝術與科學學院院士、中國科學院院士、港科院創院院士。
姚期知的研究方向包括計算理論及其在密碼學和量子計算中的應用，最先提出量子通信複雜性，提出分佈式量子計算模式，後來成爲分佈式量子算法和量子通訊協議安全性的基礎。
石莫任命好計算機系統研究所的負責人，姚期知就向石莫問道：“老闆，這個圖形界面系統是美國施樂公司設計的那種系統嗎？”
PC上的第一個圖形界面系統是Xerox Alto，其於1973年被施樂公司所設計，施樂的工程師在發明鼠標的時候，順便設計了配合鼠標使用的圖形操作系統，但該系統並未商用，主要用於大學和研究機構。
現在IT行業主要用圖形界面系統還很少。蘋果公司的第一個圖形界面系統是1984年發佈的。微軟的Windows 1.0系統要到1985年秋天纔會正式發佈，之前用的一直是DOS系統。
石莫說道：“是的，因爲現在的Unix系統使用門檻太高了，電腦的每一個操作都必須下指令，靠輸入指令來運行程序，如此難用，這會制約個人電腦的市場化普及。計算機其實可以更好用，可以通過點擊鼠標來完成大部分的操作。未來必然是操作簡單快捷的圖形界面系統的時代，因此我們要提前佈局，現在就組建團隊開始設計圖形操作系統，到82年時要配合我們的CPU芯片，研製出一臺劃時代的個人電腦來，開啓操作系統和應用軟件的革命。”
“這個操作系統要完整地集成桌面和應用程序以及圖形界面，相比Xerox Alto系統，我們還要開發一些新技術，比如，基於窗口用圖標的UI，窗口可以被鼠標移動，可以使用鼠標拖動文件和目錄以完成文件的copy和move，可以執行多個程序並在各個程序之間自由切換。”石莫怕姚期智做的跟Xerox Alto系統一樣簡單，這些技術在Xerox Alto上都是沒有的，因此提示說道。
“好的，老闆，我知道如何做了。”姚期智點頭應聲道。
石莫繼續說道：“期智，除了操作系統，你還要做支撐軟件，包括一系列的基本工具，比如：編程語言、編譯器、數據庫管理、存儲器格式化、文件系統管理、用戶身份驗證、驅動管理、網絡連接等方面的工具。”
支撐軟件是支撐各種軟件的開發與維護的軟件，又稱爲軟件開發環境（SDE）。軟件產品的研發是研發人員通過編寫特定計算機編程語言，然後利用該語言環境下的一系列工具，手動或自動對其編寫的代碼進行編譯、執行、調試、集成和測試的過程。
姚期智點了點頭，表示自己瞭解。
……
2102實驗室計算機應用軟件研究所，主要是研發辦公軟件、多媒體軟件、分析軟件、商務軟件、協作軟件等面向用戶的應用軟件。
應用軟件是爲滿足用戶不同領域、不同問題的應用需求而提供的那部分軟件，它可以拓寬計算機系統的應用領域，放大硬件的功能，這些產品往往是用戶最有感知的。這個研究所的負責人爲劉炯郎。
劉炯郎，生於GD省廣州市，少年時期長於葡屬澳門。留美順利取得麻省理工學院計算機碩士、博士。之後曾經執教麻省理工學院、伊利諾大學、國立清華大學等，並擔任伊利諾大學香檳校區助理副校長一職。
劉炯郎先後當選美國電子電機工程師學會院士、美國計算機協會（ACM）傑出會員，並於2000年當選臺灣“中央研究院”院士。2002卸下國立清華大學校長一職後，依舊於清華大學信息系、香港科技大學繼續從事教學工作。
劉炯郎對於即時系統、電腦輔助設計、VLSI佈局、組合優化、離散數學等領域均有傑出貢獻，並且在2011年獲得有“EDA界的諾貝爾獎”之稱的卡夫曼獎。
石莫對劉炯郎說道：“你要到82年時研發出一套辦公軟件出來，還有電子郵件和超市收銀軟件，到時配合我們公司的個人計算機一起發佈。”現在還是互聯網發展早期，並沒有瀏覽器等，所以石莫沒提。
“好的，老闆，我曉得。”劉炯郎點頭應道。
“炯郎，你還需要研發一些工業軟件，設計軟件和輔助軟件等。比如：CAD、EDA、仿真軟件等。”這些軟件普通人看不見它，而且投資巨大，但又是某些領域必須用到的。
硬件設計離不開電子設計自動化（EDA），EDA技術就是以計算機爲工具，硬件設計者在其EDA軟件上完成電路設計、仿真和生成交付給製造廠商的硬件電路圖。從後世集成電路的複雜程度和晶體管數量來看，可以毫不誇張地說，沒有EDA軟件就無法設計硬件電路，自然也就無法制造硬件了。
還有一個叫做CADENCE的電子設計輔助軟件，由於未來芯片都到了納米的維度，沒有這種軟件，芯片產品根本就設計不出來。後世這些工業軟件大多被美國科技企業牢牢把持，石莫可不想授人與柄，因此要提前佈局。