其實劉瑾當權的時間也不長，前後五年而已，但形成的閹黨勢力不小。形成黨羽最主要的方法是給“自己人”授官，唐宋以來中華帝國防止結黨的辦法就是硬性規定重要的官職必須由科舉入，誰當權也不能隨意分發官位。某些人想繞開這個障礙，嘗試發明了傳奉官之類的制度，但最終都歸於失敗。劉瑾現在面臨一個重大的理論課題：如何在科舉制度下構築閹黨勢力？劉瑾的解決方案是由易到難，先繞開文官的正面防禦，從不受科舉制度限制的方面下手，比如軍官是由軍功，錦衣衛、中書舍人是由恩蔭，所以先從這幾者下手。
劉瑾先是利用鎮守太監出鎮邊關的機會，掌握邊鎮報功的環節，再跟兵部勾結（當時兵部尚書正是劉宇），專門給投靠閹黨的將校報功，劉瑾自己掌握着御印，不告訴明武宗，直接批准，這些虛報功勞而獲升賞的將校自然就成了閹黨成員。有一次虛報大同軍功，劉瑾一次性就超擢了一千五百六十多人。另一條線是錦衣衛。錦衣衛設置當初的目的就是給一些功臣子女解決待遇，所以也不由科舉進。本來何種功臣家裡有多少名額，可授錦衣衛什麼職銜也是有規定的，但這種規定畢竟不如考試來得嚴格，從程序上來說也是由皇帝特旨直接授予，劉瑾便經常自己製作特旨，自己蓋了御印就發出去，授了數百名錦衣軍官。至於中書舍人是和錦衣衛相似，由恩蔭入的一種低級文官。唐宋的中書舍人是中書省的中層領導，六位中書舍人各代表中書省聯繫尚書省的六部之一，非常高貴，但在明代僅僅是內閣的低級文員，處理文書雜務而已。朝廷給宰相公卿一些名額，每家可以出一兩位只能考上舉人、監生學歷的子孫來當這個小官，僅從七品，且屬於濁官，不能再往上升，只是給高官的一種蔭及子孫的福利。現在劉瑾把這些人違規升入清流之內，甚至有一些裝裱匠都獲得了官職。其中最嚴重者，有一名文華殿書辦官張駿，僅以舉人學歷當到了禮部尚書。
繞不開的問題還是文官系統，這畢竟纔是幹線，儘管文官皆由科舉入，入口是劉瑾掌控不了的，但考進來的這些文官也不可能個個都一帆風順，總有一些人遇到這樣那樣的問題導致升遷受阻。劉瑾便專門去找這種人，只要他願意投效就幫他升官。這個原理和胡惟庸專門去找那些犯了錯被明太祖責罰的開國功臣是一樣的，儘管一開始願意丟下廉恥投效閹黨的文官很少，但用心找還是會有的。焦芳就是第一個公然投效劉瑾的，以他爲突破口，閹黨的勢力不斷拓展，深入到帝國肌體的每一個角落，最後逐漸形成了一個龐大的閹黨。
當然，太監這麼大力提拔這些文官，並不是真愛，只是需要他們在行政系統幫他們站臺，配合小太監們大撈特撈。有人可能忍不住要問，難道整個天下就都是閹黨了嗎？當然也不是，“閹黨”既然能得這麼醜陋的一個名稱，說明他們畢竟不是主流，不然他們掌握了話語權，斷然不會讓這麼醜陋的名稱流傳。閹黨分子畢竟只有幾十人，在約三千多人的進士隊伍中仍然顯得很渺小。閹黨一時得勢主要是依仗了有劉瑾這個大太監做後臺，更重要的是他們形成了勾結勢力。中國的政治傳統是不允許結黨營私的，所以三千多進士雖然佔據了主要官位，但相互之間沒有抱團，這樣的官場上突然出現一個緊密勾結的團伙，一時容易受到他們的衝擊而已。閹黨擴大權勢，鞏固地位的方法無非就是相互拉攏，團結起來傾軋那些不願入夥的直臣，在大家都還沒充分意識到閹黨已經成形時，容易被打個措手不及。
最先遭到攻擊的是大學士劉健、謝遷，稀裡糊塗就被逐出了內閣，不過李東陽頑強地留了下來，並且牢牢佔據了首相之位。其後楊廷和、樑儲、費宏、蔣冕、楊一清等名臣相繼擔任公卿宰相，焦芳等人雖然升官很快，但其實也一直都處於這些名臣的強力遏制下，作惡有限。劉宇、曹元等人入閣後無所事事，一方面是他們自身才用不足，另一方面也是受到了正直文官們的遏制，確實無法施展。
閹黨當然也對直臣們進行過猛攻，劉瑾最恨的就是翰林官不聽他的話，經常直書他的過失，於是吹毛求疵地找翰林官在文字材料方面的紕漏，一旦找到就逐出翰林院。不過翰林官必須由一甲進士和庶吉士擔任這個規定他無法做出太大改變，這些頂尖學歷的進士中願意投效閹黨的就更是少之又少了，焦芳這種畢竟是極端個例，所以劉瑾最終也未能實現掌控翰林院。
劉瑾及其閹黨也曾嘗試直接攻擊科舉這個制度，但更不成功。他們首先是從違規授予翰林編修做起，焦芳、劉宇的兒子都沒考中庶吉士，按制度不能留翰林院工作，劉瑾卻想辦法讓他們的兒子直接成爲翰林編修，比老老實實先做三年庶吉士的人還快。繼而閹黨又大搞籍貫概念，在官員中製造地域矛盾，以期在矛盾鬥爭中製造分裂，尋找可以拉攏的對象。劉瑾、焦芳驅逐了一些不合他們意旨的翰林官，另尋一些人來補充，禮部報了四個人選，結果一看都是浙江人，劉瑾說這不都是劉健的鄉黨嗎？這事兒是謝遷乾的，他們在結黨！於是將劉健、謝遷削籍爲民，四位浙籍官員也不得入翰林院。
有一個叛國賊蕭明舉，本是江西萬安人士，因犯罪叛逃到滿剌加（今馬六甲海峽一帶），混得不錯，居然混成了貢使，代表滿剌加大搖大擺地回中國來朝貢，結果一路上作奸犯科，終於有人認出他就是當年叛逃的蕭明舉，舉國譁然。焦芳藉機大做文章，說：“江西人就是這麼壞！彭華、尹直、李孜省這些妖人都是江西人，應該削減江西鄉試名額五十名，而且江西進士就不要當京官了，出去當縣令（唐代官職，指代明朝的知縣）。”劉瑾也受此啓發，爲他的家鄉陝西和焦芳的家鄉河南增加名額。他們這些做法就是爲了在讀書人中製造對立，伺機拉攏失敗者，所找的藉口都非常牽強。其實焦芳得意忘形後還說過更令人無法直視的藉口：“王安石禍害宋朝，吳澄爲元朝當官，應該把他們的罪行製成榜，以後再也別亂用江西人啦！”
王安石是宋神宗（趙頊）朝宰相，南宋、明朝人大多認爲他推行著名的王安石變法，禍亂了宋朝的朝綱，造成“新舊黨爭”，導致了後來的“靖康之禍”，將其視爲超級大奸臣。吳澄則是元朝的名臣。但爲元朝當過官的漢人成千上萬，難道河南就沒人爲元朝當過官嗎？焦芳這種說辭已經在侮辱所有人的智商了。看來他確實是個讀了不少書，懂不少歷史典故，但邏輯蠻橫無理，也就是俗話說的書讀到狗肚子裡去了的那種人，難怪之前幸運地考取庶吉士，卻在翰林院受盡鄙夷。排名在焦芳之後的文淵閣大學士楊廷和（四川成都人）堅決不同意，站出來說：“因爲一個賊人禍連一方，裁減名額已經很過分了。拿宋、元人物來說事兒，難道要併案審理嗎？”焦芳才勉強作罷。但焦芳也並沒有完，又作一幅《南人不可爲相圖》獻給劉瑾，經常詆譭南方人，結果把很多同僚都貶得一文不值，最後驚喜地發現——原來全世界只有他一個好人呀！喜不自禁地說：“如今朝廷之上，誰還有我正直？”
焦芳、劉宇、曹元這些人都是在文官的內部競爭中失利，才選擇投效閹黨，他們自己也深明其理，所以找文字、籍貫等藉口在鄉試名額、選才用人等方面上下其手，目的就是在文官隊伍裡製造矛盾，把競爭變成鬥爭，伺機招攬更多的失敗者加入他們的閹黨。
劉瑾攻擊直臣的另一種做法則是矯詔訓斥大臣，劉瑾經常以皇帝的名義發一些詔旨訓斥大臣，大家也搞不清楚到底是明武宗本人的意思還是劉瑾的意思。最嚴重的一次是明武宗正德元年冬（正德元年主要在公元1506年，但此事發生在冬末，按陽曆計算已在1507年），劉瑾召集百官跪於金水橋南，宣示奸黨名單，包括宰相劉健、謝遷，尚書韓文、楊守隨、張敷華、林瀚，其下還有郎中、翰林、給事中、御史等近百人，都是當時最有正直名聲的人。這本是以皇帝名義發佈的詔書，但其實從頭到尾明武宗都沒出現過，也沒人能去向他求證到底是不是他自己的意思，很顯然是劉瑾矯詔攻擊直臣的一次成功應用。
除了名譽上打擊直臣，劉瑾還需要在肉體經濟上直接打擊，他發明了一種“用枷法”，即指使親信廠衛將一些得罪他的低級文官逮入詔獄，用枷鎖虐待，但又不弄死，休息好了送出去充軍，以此製造恐怖，促使膽小怕事的人不敢再揭露他。另一種經濟上的打擊則是“罰米法”，即逮住官員的小過失，處罰大量金額，輸往邊鎮充作軍費。《明史》稱劉瑾創造了罰米法，其實也不準確。罰米法是太祖朝就定下的律令，而且在太宗朝應用頗多，當時還被法學界視爲一種不錯的法制，既寬宥了罪人，又補充了軍費。劉瑾不是發明這種辦法，而是將此法濫用於私。他罰米的對象是針對那些不肯依附於他的清官，要把人罰得來傾家蕩產、賣兒賣女，實際成了他打擊報復的工具。至於罰得的錢表面上運往邊關，實際上是不是被他手下的鎮守太監貪墨了就無從得知了。已經退休的尚書雍泰、馬文升、劉大夏、韓文、許進，都御史楊一清、李進、王忠都曾遭到此法的打擊，侍郎以下被罰得家破人亡的就更是數不勝數了。
以往太監作亂時，文官們最多是怯於鬥爭，對太監的惡行睜一隻眼閉一隻眼，但雙方很少起正面衝突，太監也不會主動進攻文官。現在劉瑾卻頻頻向文官發起猛攻，攻勢一浪高過一浪。而且這種進攻不是太監過於囂張，霸氣外露觸犯了文官，而是有意識、有計劃、有步驟地打擊文官系統，促使文官們倒向他的閹黨。所以歷史上將正德初年作爲閹黨登場，並向正義發起進攻的一個危險時代。關鍵是很多肉體打擊的方法已經超出了常規的官場鬥爭範疇，很多戲曲文藝小說也將劉瑾的時代作爲一個宦官亂政的黑暗歲月，很多和閹黨不屈鬥爭的故事都選擇正德初年作爲時代背景。
當然，正如前文所說，劉瑾這些手段畢竟毀滅不了正義，當他對正義的衝擊達到一定程度時，人們自然會對他形成反擊。而且他自己也犯下了一個致命錯誤，導致他的閹黨一朝崩塌。
劉瑾當權不久，便進行了一個重大改革。以前邊關可以收繳一些外貿商人的關稅，雖然也要上交戶部，但戶部固定從這筆錢中列支一部分返還給上交的邊鎮充作軍費，鼓勵他們保護關稅。邊鎮一般也要開展屯田，按民田稅率上交戶部後盈餘則可充作軍費，但屯田的具體畝數可能有一定的隱匿。正德三年（1508年），劉瑾下令取消邊鎮關稅的固定返還，並且派人清查屯田畝數，隱匿的部分要補足。這極大地觸犯了邊鎮的利益，尤其是派往寧夏鎮的大理少卿周東，爲了多清查出一些銀兩給劉瑾作謝禮，追查甚急，極大地觸怒了當地軍鎮，甚至藩王。
鎮守寧夏的藩王是安化王朱寘鐇，明太祖第十六子慶靖王朱栴之後。由於劉瑾的動作極大觸犯了邊鎮的利益，甚至導致邊鎮軍費出現虧空，關鍵劉瑾確實把柄極多，很多人勸安化王以當年明太宗（當時鎮守北平的燕王）奉天靖難的格式，以“清君側，誅劉瑾”爲號，起兵造反。安化王於明武宗正德五年（1510年）春，誘殺地方官，正式發檄起兵。當然，明太宗自身能以藩王造反成功，他自然早就注意到了這個問題，將藩王的權力限制得極低，他之後的藩王實際上是沒有能力造反的。安化王叛亂只用了18天就被地方官鎮壓，這場叛亂的真正意義是暴露了劉瑾的很多問題，因爲安化王發佈的清君側檄文裡列舉了劉瑾的罪行，這些情況平時是到不了明武宗耳朵裡的，但這個檄文就再難瞞得過去了。
如果明武宗身邊的人拼命爲劉瑾掩護或許還有一線生機，但這時劉瑾更大的一個漏洞卻同時暴露了出來，那就是在勢力擴張的過程中結了不少仇家，其中最致命的一個是他曾經的兄弟，“八虎”之一的張永。張永最初也是劉瑾黨羽，正德初年鎮守神機營，權勢也很大。但劉瑾逐漸發現張永不是那麼貼他的心，於是在明武宗面前進讒言，想把他貶黜到南京去。但構陷太監和構陷文官可就不是一回事兒了，文官被你構陷了有時候無處伸冤，但人家是和你一樣的太監，你能在皇帝面前進讒言，人家一樣可以。張永徑直到明武宗面前控訴劉瑾在害他，明武宗召劉瑾當面對質，兩個太監竟然在御前揮拳毆打。明武宗也只好讓另外的太監擺酒給他們說和。所以，劉瑾應該明白太監沒有讀書人那麼彬彬有禮。
安化王在寧夏叛亂，地方官當即鎮壓，但由於古代通訊不發達，朝廷仍徵發了大軍出征平叛，由右都御史楊一清總督，張永監軍。兩人白跑一趟，回師時閒聊，楊一清說：“現在外亂已平，朝廷的內患怎麼辦？”並在手上劃了一個“瑾”字。張永明白其意，說：“此人日夜在皇上身邊，旁人無法進言，他的耳目也很廣，您看我們現在都只能打啞謎。”楊一清說：“張公也是皇上的親信，討賊不託付別人而託付給張公，足以表明我的心意，現在功成奏凱，趁機揭發劉瑾的奸惡，陳說海內怨恨，皇上必然聽信。殺了劉瑾，張公也可以更受重用。”張永見他不再打啞謎，也站起來說：“唉！老奴又怎能惜此餘年不報主呀！”
其實劉瑾又豈能毫無察覺，他也在準備迎擊張永。當時傳聞說劉瑾的哥哥劉景祥死了，劉瑾將在八月十五日舉辦葬禮，百官都會參加，劉瑾會趁機發動政變。張永原定的獻俘儀式也是八月十五日，劉瑾卻通知獻俘儀式延期，這很可能是政變的先兆，至少對張永來說是非常危險的。於是張永果斷地提前入宮面見明武宗，舉行非正式的獻俘儀式。明武宗非常高興，給劉瑾、張永賜酒，自己也喝了不少。及至深夜，劉瑾終於告退。這時張永纔將安化王討劉瑾的檄文獻上，明武宗看了大驚，找不到爲劉瑾辯護的理由。張永趁機又奏劉瑾不法諸事，並說寧夏之亂是被劉瑾故意激發的，他還圖謀不軌，將作更大的亂。明武宗喝得半醉，喃喃道：“劉瑾負我。”張永見奏效，連忙說：“逮捕劉瑾，事不可緩！”馬永成等太監也在一旁幫腔，明武宗醉醺醺地就同意了，下令連夜逮捕劉瑾。劉瑾還沒到家，抄家的人就追上了他。第二天，明武宗宣佈貶劉瑾爲奉御（從六品宦官），去鳳陽守陵。明武宗親自帶隊抄家，結果抄出來僞玉璽一枚，宮牌、衣甲、弓箭、玉帶等大量違禁物品。最關鍵的是，劉瑾常持在手中的兩把扇子，中間藏有匕首，劉瑾平時就拿着這兩把扇子天天在皇帝面前晃悠！明武宗大怒，將其下獄。劉瑾在獄中承認了諸多不法行徑，被判凌遲處死，活剮3357刀後斷氣。很多人花錢競拍劉瑾的肉片祭奠被他害死的親人，甚至生吃泄憤。
劉瑾一死，閹黨轟然崩塌，劉瑾的親族、黨羽大多伏誅。更重要的是文官中投效了閹黨的無恥之徒，朝廷張榜公示閹黨分子，《明史 閹黨列傳》不惜筆墨窮舉了名錄：
內閣大學士有焦芳、劉宇、曹元。
尚書有吏部張彩、戶部劉璣、兵部王敞、刑部劉璟、工部畢亨、南京戶部張澯、禮部朱恩、刑部劉纓、工部李善。
侍郎有吏部柴升、李瀚，戶部韓福，禮部李遜學，兵部陸完、陳震，刑部張子麟，工部崔巖、夏昂、胡諒，南京禮部常麟、工部張志淳。
都察院有副都御史楊綸、僉都御史蕭選。
巡撫有順天劉聰、應天魏訥、宣府楊武、保定徐以貞、大同張禴、淮揚屈直、兩廣林廷選，操江王彥奇。前總督文貴、馬炳然。
大理寺有卿正張綸，少卿董恬，寺丞蔡中孚、張檜。
通政司有通政使吳釴、王雲鳳，參議張龍。
太常寺有少卿楊廷儀、劉介。
尚寶司有尚寶卿吳世忠，尚寶丞屈銓。
府尹有陳良器，府丞有石祿。
翰林院有侍讀焦黃中，修撰康海，編修劉仁，檢討段炅。
郎中有吏部王九思、王納誨。
給事中有李憲、段豸。
御史有薛鳳鳴、朱袞、秦昂、宇文鍾、崔哲、李紀、周琳。
其他郎署監司又十餘人。
共計六十餘人。
這六十餘人中，官最大的是三位“閹黨宰相”，但其實首惡恐怕當數張彩。張彩被下獄，刑部準備以結交內侍的罪名起訴，這本來已經夠可怕了，後來劉瑾被定罪爲謀反，刑部又準備起訴張彩同謀。美男子被活活嚇死在獄中，因爲罪大惡極，死後還被戮屍於市，妻兒被流放海南。
其實除了張彩被嚇死，閹黨其餘人受罰並不重，大部分只是貶官處理。
焦芳貪了錢喜歡運回泌陽（今屬河南駐馬店）老家，修建了非常宏麗的府第。大盜趙鐩有一次搶劫了焦芳的府第，從窖藏裡發掘出大量金銀，將焦芳、焦黃中父子的衣冠掛在樹上，將其“斬首”，並說：“爲天子誅此賊！”後來趙鐩被捕，臨刑時嘆道：“吾不能手刃焦芳父子以謝天下，死有餘恨！”但意外的是，由於焦芳的贓款都被趙鐩劫走，甚至連大宅都被趙鐩燒燬，後來劉瑾倒臺，焦芳硬說自己是清官，別人居然還真就找不到證據，這位最可恥的“閹黨宰相”居然得了善終，連劉瑾的侄孫劉二漢都憤憤不平地說：“我當然該死，但我家所作所爲，都是焦芳和張彩乾的，現在張彩和我被處極刑，焦芳卻屁事沒有，這不是天大的冤枉嗎？”他這話雖然不在理，但也道出了很多人的心聲——閹黨覆滅時，“閹黨宰相”居然還能得善終，確實天不開眼。
至於劉宇、曹元，在劉瑾倒臺時立即上表苦苦哀求，最後朝廷准許削籍爲民，不再窮究。
還有一些閹黨分子反應迅速，劉瑾倒臺時立即加入了彈劾劉瑾的隊伍。吏科給事中李憲（與宋朝著名宦官同名）極盡諂媚劉瑾之能事，在同僚中則走張彩一樣的路線——到處炫耀自己和劉瑾關係很鐵。李憲每次與各科給事中一起面見劉瑾時，不按朝儀地站在最前，自封爲“六科都給事中”，還經常揣着銀錠向同僚們炫耀：“這是劉公送我的！”劉瑾一倒臺，李憲立即彈劾了劉瑾六件事，事事切中要害，連劉瑾在獄中都被他氣得發笑。最終，李憲還是被作爲閹黨一員被開除。
還有一些閹黨分子當時受貶，後又起復。比如通政左參議張龍，當時被貶爲知州，後認錦衣都督同知朱寧爲乾爹，逐漸升遷至登州（今山東蓬萊）知府，因爲貪殘暴虐，與另外三位貪官被稱作“四害”，即便這樣他還是繼續升遷爲右通政使。不過朱寧提拔他是爲了讓他幫自己斂財，張龍卻從中謀取私利，被朱寧察覺，逐出門庭，失去了保護傘的張龍很快在嘉靖初年被論死。
劉瑾打造閹黨，目的還是在於擴大太監的勢力範圍，是一次從傳統的後宮勢力向牢固的文官系統入侵的嘗試。劉瑾的思路非常清晰，重點是要掌控文官系統的人事任免。小太監們是直接幫劉瑾撈錢的，但閹黨的首要問題則不是錢，而是人，掌握了官職升遷，才能聚集一衆黨羽合力撈錢。對於這些加入閹黨的文官而言，既然能過五關斬六將，高中進士，說明個個都是飽讀詩書的儒士，和生理殘缺的閹人絕不在一個層次上，但面對權力的誘惑，他們中的有些人放下了尊嚴和廉恥，投效在宦官門下，換來了“閹黨”這個醜陋的名聲。
劉瑾雖然沒讀過什麼書，但其實智商不低，他的很多作法都表現出了極大的政治智慧，在理政治國上其實也靈光乍現。劉瑾在貪腐問題上所表現出的節制理性也足以令人驚歎，他可以說是貪腐這個慢性病毒進化到明代中葉一個極具里程碑意義的突變品種。事實上，劉瑾的敗亡根本不在於貪了多少錢，儘管他和他手下的小太監確實撈了不少，但客觀地說這本身還不足以導致閹黨徹底崩盤。劉瑾真正的問題還在於他過分地爲宦官收攏權力，已經觸及到了文官系統的根基，尤其是他不能使用傳奉官，所以輕微地破壞了科舉、館選、恩蔭等基本人事制度。但文官對此的敏感性遠遠超過普通的貪腐行爲，哪怕是輕微破壞也容易引起文官的激烈反彈——尤其是當發現有一些通過了科舉考試的進士開始投效私人，而且不是個別，而是形成了羣體時。所謂閹黨就是這個羣體暴露在了公衆視野內，這時文官們會以劉瑾這類人完全意想不到的爆發力發起最猛烈的反擊。
隋唐以來的科舉制度本來是閹黨這類人的防火牆，以嚴格的考試防止一些賣身爲奴的人投效在某些權貴私人門下（無論這個人是皇帝、權臣還是宦官），形成門閥勢力體系，但如果通過了考試的人還要投充爲奴，防火牆就失效了。按說這種概率很小，因爲考上就有官當，不需要再去爲奴爲婢，整體風氣也不允許奴才高升。但隨着形勢的變化，尤其是當劉瑾這類權閹出現時，他的力量突破了這道唐宋以來就已經成爲中華帝國最堅實政治根基的防火牆，遴選出焦芳、張彩等無恥之徒，甚至形成了所謂的“閹黨”，這不是劉瑾一個人的問題，也不是焦芳、張彩某個人的問題，而是標誌着科舉制度這個防火牆本身出了問題，這纔是令文官儒士們最爲緊張的癥結所在，所以劉瑾包括他之前的一些太監們在經濟方面大肆貪墨都得到了文官系統的寬宥甚至默許，但在這個問題上一旦輕微觸線，立即引來文官們志在必殺的猛攻，這也就是前文所說唐伯虎作弊一案其實比普通經濟犯罪嚴重得多的問題所在。
所以，劉瑾雖然是《華爾街日報》力捧的明朝首富，其貪墨數額震古爍今，但其真正的問題恰恰還不在於簡單的貪墨錢財，而是一個更加嚴重得多的問題。不過無論如何，劉瑾這次閹黨之禍，還勉強算是被及時扼止。