“陛下……這……”朱由校此舉分明是要將趙南星放在火上烤，查案之前是少保，案件結束就是太保了，這讓其他人如何想，但趙南星又不知道該如何拒絕。
趙南星猶豫了一會，才說道：“臣謝陛下隆恩！”
“東林黨一脈結黨營私，在朝廷勢力太大，不利於朕治國，在現在這個時間，朕不會允許有任何人能挑戰朕的權威，東林黨的東林書院也必須解散。你是東林的領袖之一，自然知道應該如何處理。”朱由校坦白地說道。
“臣明白，臣請告退。”趙南星哀聲說道。
……
朱由校終於要對東林黨動手，這是趙南星的第一個想法。趙南星明白現在的朱由校一邊要用東林人，一邊又不想東林坐大。這就讓朱由校產生了解散東林書院的想法。東林書院是東林人的精神象徵，一旦解散勢必對東林人產生巨大的影響。
這次山西的鍋，朱由校故意讓趙南星來背，就是有意造成東林人與天下官紳階層對立的局面。現在楊漣出任左都御史，依照楊漣的“眼睛裡揉不進一粒沙子”性格，在朱由校的支持下，勢必會掀起更大的官場地震。
趙南星在離開大同之前，他決定一定要去見見楊漣。
“大洪，你現在出任左都御史，掌管督察院，可謂是位高權重，其職之重要性不在六部尚書之下，你是如何看待的？”趙南星問道。
“不知大人此話何意？”楊漣疑惑地問道。
“督察院糾劾百司，辨明冤枉，提督各道，爲天子耳目風紀之司。可當今天下之勢，正如陛下所言，官員貪污成風，非一朝一夕才能扭轉，需要循序漸進，急切不得，有時候退一步是爲了向前走兩步。”趙南星勸說道。
“孔子云：‘託孤寄命，臨大節而不可奪！’今陛下賢明，勵精圖治，誅奸邪，清吏治，據外虜，眼看我大明中興有望，我等身爲臣子，豈可畏首畏尾，漣只願國家強固，聖德剛明，海內長享太平之福。此癡愚念頭，至死不改。今漣得陛下重用，漣自當爲陛下先鋒，鞠躬盡瘁死而後已！”楊漣慷慨說道。
“大洪，可知陛下要解散東林書院？”趙南星輕聲問道。
“爲何？”楊漣驚訝地問道。
“東林勢大，陛下以爲東林人會威脅到皇權。”趙南星說道。
“下官即刻去求見陛下，請求陛下收回成命。”楊漣說道。
“你們去吧，我已經不在廟堂之上了，此事我就不參與了。”趙南星苦笑道。
……
聽到朱由校要解散東林書院的消息，楊漣、左光斗和黃尊素三人不敢有絲毫遲疑，他們立刻就去找朱由校求情，希望朱由校能收回成命。
看着跪在地上給東林書院求情的三人，朱由校冷聲說道：“世人都說‘東林勢盛，衆正盈朝’，朕一直不以爲然，現在朕只是想解散東林書院，你等就立刻前來阻止，難道是朕錯看了你們嗎？”
“東林人一直以廉正奉公，振興吏治，開放言路，革除朝野積弊爲己任，不敢有任何私心，還望陛下明鑑。”楊漣直言道。
“那好朕問你，士農工商中，每年誰給國庫繳得賦稅最多？”朱由校問道。
“農乃國之根本，自然繳稅最多。”楊漣說道。
“士農工商中，誰最有錢？”朱由校問道。
“這……自然是商人。”楊漣猶豫了一下說道。
“這天下最窮的人承擔了最重的賦稅，最有錢的人卻是少繳稅，甚至不繳稅，這是爲什麼？這是哪裡來的道理？”朱由校問道。
“這……”楊漣一下被朱由校問住了。
“趙南星曾經說過‘士農工商，生人之本業’，這句話朕是認可的，李應升希望朕‘愛商恤民，上不妨工而下利於途’，朕也認可，但絕不是給商人免稅，天下財富十之五六皆在商人之手，三十稅一，如此低的稅收，依然還有這麼多人卻是想盡辦法不繳稅，爲這些人爭辯的大多就是東林人，你以爲朕不知道，許多東林人只知東林，而不知朝廷嗎？”朱由校冷聲說道。
“陛下，食祿者不得與下民爭利，受大者不得取小……”黃尊素剛說了一句就被朱由校打斷了。
“現在國庫空虛，爲什麼國庫空虛？你們總是在說不可與民爭利，要朕節源，但節源也要開流，你們告訴朕怎麼開流？”朱由校問道。
朱由校見三人都不說話，他又說道：“朕養新軍十萬，每年所費就高達上百萬兩，養新軍是貴，但是卻有用，大同之戰我們所有人也看到新軍的厲害之處，朕如果有一百萬這樣的新軍，別說建虜了，就算任何敵人朕都不怕，朕定可橫掃六合，享萬世之太平。可是養新軍的錢應該從哪裡來？你們告訴朕，難道一直要靠內努來支持嗎？”
“朕告訴你們，錢從哪裡來？京師對商戶徵稅以後，京師去年賦稅就翻了一倍，今年朕預計最少可以翻三倍，如果全國的商人都繳稅的話，那就意味着國庫收入一年可以翻三倍。現在士人不繳稅，商人少繳稅，卻只有最窮的農民在繳稅，你們這是在逼着他們造反，如果明亡，百年之後定會有人說明亡在於對士人過寬，與庶民過嚴。你們以爲朕說得有道理嗎？”朱由校問道。
“陛下，東林人中的確有部分人貪贓枉法，違背了東林當初的宗旨，但這一切絕對跟東林書院無關。”左光斗說道。
“東林書院朕可以答應你們暫時不解散，但你們東林人必須得改，從今日起，左光斗出任陝西巡撫，黃尊素出任河北巡撫，楊漣協助你們兩人，你們兩人與徐光啓治理的山西做一次比試，朕明年年初就要看到結果，如果你們都贏了，東林書院朕就不解散，如果你們兩都輸了，可見朕說的就是對的，東林書院就必須解散。”朱由校說道。