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朝廷之中的暗流突然開始涌動。
開封府城的陷落，讓皇上震怒，也讓一些人看出皇上對內閣極大的不滿，特別是兩次的朝會，內閣首輔周延儒認爲目前需要穩定局勢，暫時不要追究已經過去的事情，團結一致圍剿流寇，可這個提議被皇上直接否決，皇上要求追究開封府城陷落的責任。
已經沉默很長時間的東林黨人，抓住了這個機會。
蝸居了很長時間的工部右侍郎張溥，都察院右僉都御史張採、楊彝，大理寺右寺丞吳昌時，詹事府右俞德龔鼎孳等人，明銳的把握住時機，開始了行動。
張溥等人是已經遭遇重創的東林黨人之中的骨幹，內閣大臣錢士升、侯恂等人也是非常看着張溥等人的，朝廷之中發生的任何事情，他們幾乎都要告知張溥等人，錢士升等人還曾經努力，讓發配到遼東的錢謙益和瞿式耜等人回到京城，可惜機會不成熟，沒有能夠成功。
就在皇上決定追究開封府城陷落責任的同時，張溥召集張採、楊彝、吳昌時和龔鼎孳等人，詳細商議，結合他們掌握的情報，開始提出來彈劾的奏摺。
張溥等人的彈劾奏摺，在朝中迅速引發了波瀾。
按照張溥等人的建議，已故的兵部尚書、五省總督孫傳庭，應該要遭受到懲戒，因爲其在作戰部署的安排方面的失誤，直接導致後來的開封府城失陷，已故的河南巡撫吳甡，應該被削去一切的名爵，因爲其對開封府城的陷落有着直接的責任，河南總兵賀人龍應該交由刑部和大理寺審訊，其身爲河南總兵，未能保住開封府城，明顯失職。
至於說朝廷之中，張溥等人也將矛頭直接指向了已經辭去內閣大臣、兵部尚書職務的楊嗣昌，剿滅流寇的整體作戰部署。是兵部負責的，開封府城的失陷，表明兵部在用人上面和戰略部署方面，都出現了重大的失誤。楊嗣昌必須要承擔主要的責任。
內閣次輔張鳳翼也在被彈劾的人員之中，按照內閣首輔和內閣次輔的分工，原則上內閣首輔周延儒協理禮部、吏部和戶部的事宜，內閣次輔張鳳翼協理兵部、刑部和工部的事宜，兵部出現如此重大的失誤。導致開封府城陷落，張鳳翼同樣有着不可推卸的責任。
張溥等人的奏摺，猶如重磅炸彈，不少人認爲他們的膽子太大了。
不過內閣首輔周延儒卻是暗自佩服，他從彈劾奏摺之中，看到了錢士升和侯恂等人的影子，更是看到了錢士升等人揣摩皇上心思的本領。
皇上之所以一定要抓住開封府城陷落的事情，追究相關人員的責任，就是對內閣不滿意，希望通過這件事情來整頓內閣。而內閣之中的張鳳翼、楊一鵬、楊嗣昌等人，被認爲與南京兵部尚書鄭勳睿之間的關係不錯，皇上早就不滿意了，只不過找不到機會發泄而已。
錢士升、侯恂和張溥等人，一定是經過了仔細的分析，切中要害上奏了這份彈劾的奏摺，他們在關鍵的時刻迎合了皇上的心思。
周延儒幾乎都是在皇上的身邊，他隱隱感覺到了，皇上對鄭勳睿和鄭家軍已經是恨之入骨，日夜擔心。要不是因爲流寇和後金韃子的威脅，早就會對鄭勳睿和鄭家軍動手，可就算是局勢危急，也不能夠眼睜睜看着鄭勳睿和鄭家軍壯大起來。東林黨人與鄭勳睿之間有着不可調和的矛盾，這個時候啓用部分的東林黨人，放開手腳去對付鄭勳睿，皇上可以居中協調，毫髮無損的看着兩邊廝鬥，等到兩敗俱傷局面出現的時候。出手去收拾鄭勳睿。
錢士升和侯恂等東林黨人，應該是看清楚了局面，不過爲了振興東林黨，爲了能夠爭取到權力，付出一定的犧牲也是值得的，東林黨人通過效忠皇上、通過與鄭勳睿之間的博弈，來重新發展壯大，未嘗不可。
經過了仔細認真的分析，也經過了長時間的思索，周延儒終於下定決心，在皇上決定追究開封府城陷落責任的時候，辭去內閣首輔的職位，讓位給東林黨人，就讓這些東林黨人給皇上賣命，與鄭勳睿去博弈。
周延儒很清楚，一旦東林黨人決定要動手，等待他們的就是覆滅的命運，皇上保不住這些東林黨人，關鍵時刻也不會出手保護，當初在南直隸和淮北等地發生的事情，他記得很清楚，鄭勳睿是讀書人，不願意動手殺讀書人，那是因爲勝券在握，也是希望東林黨人能夠反省，不過鄭勳睿的隱忍換來如此的局面，人家再次動手的時候，還會手軟嗎。
六月中旬的朝會，足足持續了兩整天的時間，這在大明歷史上是空前絕後的，朝會上發生了激烈的爭論，甚至是爭吵，而這次的朝會，也開啓了大明皇室迅速衰敗的源頭，從這個時候開始，朱由檢開始走向了一條不歸路。
也就是從這次的朝會開始，朱由檢做出了一個決定，司禮監的太監參與到朝會之中，可以明確的發表意見建議。
這個大膽的決定，讓不少的朝臣反對，畢竟先皇的時候，魏忠賢儘管是權傾朝野，但也沒有參加過朝會，表面上還是要維持皇室規矩的，可朱由檢居然推翻了這一切，明確要求司禮監太監參與到朝會之中。
朝臣的反對沒有作用，朱由檢最終拍板，做出決定，要求司禮監太監參與朝會並針對朝政提出意見建議，朱由檢甚至還準備爲司禮監太監參與朝會下發聖旨，將這件事情完全明確下來，今後都照此執行，被司禮監大太監王承恩勸阻了。
激烈的爭吵之中，朱由檢始終掌控局勢，有了司禮監太監參與朝會，他產生了強大的自信，也能夠冷靜的分析出來文武大臣的心思了。
兩天的朝會結束，朱由檢也做出了最終的決定。
崇禎十四年六月二十日，皇上下旨。
原內閣首輔周延儒、原內閣次輔張鳳翼、原內閣大臣楊一鵬因爲身體原因致仕；原內閣大臣、兵部尚書楊嗣昌，因開封府城陷落之事免去一切職務；已經陣亡的原兵部尚書、右副都御使、五省總督孫傳庭，因指揮大軍作戰出現重大失誤，剝奪一切的名爵；陣亡的原河南巡撫吳甡，未能很好的護衛開封府城，本應遭受懲戒，不過其拼死守衛開封府城，效忠朝廷，此等精神應該嘉獎，賜予太子少保之職銜，着令厚葬；原河南總兵賀人龍，未能履行職能，免去其河南總兵職務，交由兵部和大理寺審訊。
內閣大臣錢士升出任內閣首輔，內閣大臣陳新甲出任內閣次輔。
工部右侍郎張溥出任河南巡撫，即刻上任，主持河南局勢，包括調遣軍隊事宜；右僉都御史張採出任兵部右侍郎；右僉都御史張採出任戶部右侍郎；大理寺右寺丞吳昌時出任都察院左僉都御史；詹事府右渝德龔鼎孳出任都察院右僉都御史……
聖旨出來之後，舉朝震驚。
兩起兩落的周延儒，準備回到家鄉去了，其實他的年紀並不是很大，以身體原因致仕，這有些說不過去，不過對於內閣首輔的職位，周延儒已經沒有任何的眷念了。
朝中的局勢已經完全明確，皇上的心思已經表露無遺，自此之後，朝中的局勢將會出現重大的變故，這一點是在周延儒的預料之中的。
大明江山自此之後，將出現三個重大的對手，鄭勳睿和鄭家軍成爲了大明王朝最大的對手，其次就是後金韃子，最後是流寇，從大明朝廷的實力方面來看，無法戰勝任何的一個對手，而且皇上已經將鄭勳睿和鄭家軍作爲了最大的對手，在內閣的調整方面，包括朝廷大臣的調整方面，重用了鄭勳睿的死對頭。
內閣此次的調整很大，他周延儒、張鳳翼、楊嗣昌和楊一鵬等人都離開了內閣，新任的內閣首輔和內閣次輔都是曾經的內閣大臣，按說需要補充不少人進入內閣的，皇上對這件事情沒有馬上做出決定，而是要求朝中大臣舉薦。
周延儒對皇上的這些做法感覺到可笑，一方面依靠司禮監牢牢掌控朝政，一方面利用東東林黨人與鄭勳睿對抗，殊不知鄭勳睿根本沒有將這些事情看在眼裡，人家悶頭髮展，實力已經非常強大了，可以說鄭勳睿和鄭家軍若是公開造反，朝廷根本無法抵禦，大明京城很快就會被鄭勳睿和鄭家軍拿下。
周延儒的動作很迅速，此次他能夠全身而退，很不簡單了，必須在皇上尚未想到過往事情之前，迅速的離開，他知道不少的秘密，不少的秘密都是很要命的。
新上任的內閣首輔錢士升、內閣次輔陳新甲等人，都打算前來拜訪，被周延儒直接拒絕了，不在其位不謀其政，既然離開了，那就徹底離開。
僅僅在京城逗留了兩天的時間，周延儒就起身離開京城，回老家去了。。