作爲鄰居，雲南又與廣西接壤，吳可怎麼可能忽視雲南境內發生的戰事？
先不說吳可跟勞崇光之間的齷齪，單單防止雲南亂象波及到廣西這個理由，便足以兩廣清軍派出一支精銳人馬，堵在雲南與廣西交界之處。
更何況雲南同時還與緬甸以及安南接壤，兩廣若是想將影響力在這兩處藩屬國擴散的話，必須得有云貴兩地的鼎力支持不可。
眼下對吳可來說，雲貴總督勞崇光越倒黴越好，這樣兩廣若有需要的時候，勞大總督也沒膽子拒絕兩廣的提議。
所以，儘管朝廷下旨要求兩廣清軍出兵雲南，幫助雲貴總督解決境內叛亂問題，吳可一邊派兵堵在雲南與廣西交界之處，一邊坐山觀虎鬥誰也不好多說什麼。
……
1868年2月19日，回民叛軍楊榮等部北路軍攻陷富民，西路軍佔領安寧。20日，上述兩路叛軍人馬進至昆明城郊：北路軍由富民進佔昆明西北的團山、大普吉、梨煙村、夏家窯一帶；西路軍由安寧攻佔昆明西面的碧雞關、高嶢、樑家河、普坪等村寨，氣勢逼人清軍根本無從抵擋。
28日，南路軍攻陷易門。杜文秀部叛軍東征的節節勝利，使清軍中的許多回族將領備受鼓舞，昆陽楊振鵬、新興田慶餘、澂江張元林、曲靖馬天順、尋甸馬世德等，“悉舉所據地方響應”，杜文秀見機擴大聲勢均授予大司之職。
不得不說，杜文秀這廝確實文武雙全，並且在掌控大局以及尋覓戰機方面是一把好手，起碼錶現比北方的同行捻軍首領要強得多。
3月9日、10日，在楊振鵬、田慶餘等配合下，南路叛軍襲佔了晉寧、呈貢，隨後即進佔昆明城南的西嶽廟、五華寺等處。至此叛軍從北、西、南三面包圍了省城昆明，難怪雲貴總督勞崇光驚呼：“人心驚惶，省城危在旦夕”。
朝廷令雲南巡撫劉嶽昭率領所部湘軍火速由黔入滇，以解昆明之圍。在劉嶽昭到達之前，防守昆明的署理提督馬如龍因在城外作戰屢敗，退入城內採取“以防爲剿”的方針堅守不出，等待援軍達到。
他以“謀叛”的罪名捕殺了總兵合國安等數名回族將領，設立巡防總局強迫軍民日夜登城防守，並以自己和勸捐得來的資財充當軍餉以安定軍心。
在如此有利的形勢下，兵力居於優勢的圍城叛軍不是一鼓作氣向昆明城發動猛攻，而是列兵城下利用附城的寺廟、堡寨，築牆挖壕，企圖憑藉堅固的營壘“坐困”城中清軍。
這種持久圍困的方針，使清軍爭得了時間，以調整力量調派援軍向叛軍反撲。無疑這種局勢，對於遠離根據地的叛軍是極爲不利的。
而且，十萬叛軍雖然包圍了昆明，但對城東封鎖不嚴，金馬寺至宜良的通道沒有完全截斷，城內清軍仍可由此得到糧食接濟以苟延殘喘。
十萬叛軍爲阻截雲南布政使岑毓英的援兵，曾準備控制曲靖，可惜由於行動不迅速果斷此計未行，而岑毓英的援軍已進到昆明城下，從而使圍城形勢變得撲朔迷離複雜起來。
從這其中，便可看出回民叛軍的不成熟來。
爲此，吳可還特意招來軍中將校進行分析，一致認爲回民叛軍放着大好人數優勢不緊急攻城，反而還玩圍城這種傷敵一千自損五百的手段，這表現就很不如人意，根本就沒有利用好叛軍高漲的士氣和如虹的鬥志。
究其原因，還是杜文秀部上下沒能達成一致意見，或者說杜文秀坐鎮後方不能第一時間掌握前線局勢，以致錯失作戰良機。
爲了讓小弟們記住教訓，吳可特意將此戰例作爲反面教材，加入軍官培訓班的課程之中，讓小弟們明白抓住戰機的重要性。
1868年3月6日，雲南布政使岑毓英督率三萬餘清軍，由曲靖赴援昆明：遊擊楊玉科率兵一部繞道四川會理，出奇兵抄襲圍城清軍後路；岑毓英自率主力，進攻昆明城外的叛軍一部。
爲了達成進攻的突然性，岑毓英揚言師出陸涼（今陸良），實際取道馬龍、宜良，於3月14日秘密地進至離昆明七十里的七甸。隨即指揮清軍由黃土坡、水海子一帶向叛軍一部發起進攻，數日之內即佔領了大小石壩、小板橋、官渡等地，切斷了呈貢和江右館叛軍大營之間的聯繫。
爲了奪回小板橋要隘，叛軍揚威大都督蔡廷棟、大司戎馬國春會同大司略楊振鵬、大司撫田慶餘等率領數萬叛軍部隊，於3月25日由呈貢猛攻該處清軍。
清軍則扼守要隘以逸待勞，頂住了叛軍發起的一波波銳利攻勢。待叛軍人馬疲憊之時清軍猛然出擊，將措不及防的叛軍擊敗。
接着，清軍又攻佔了昆明城東金馬寺、古庭庵、大樹營等地。這時岑毓英部副將楊國發等亦在楊林、大板橋等地紮營，準備進攻嵩明、尋甸。這樣清軍就打通了省城東面的通道，保證了城內外清軍的糧餉供給。
之後岑毓英指揮清軍繼續向江右館、石虎岡等叛軍據點進攻。叛軍憑藉堅固的工事頑強抵抗，由於這些據點挖有地窖、交通壕和池塘，清軍開花大炮的威力無法充分發揮，因此進攻難以奏效。
同時，爲了牽制進攻的清軍，並重新控制滇東通道，切斷清軍的糧食補給，駐守晉寧的叛軍大司治張元林在擊敗臨安兵練之後，乘勝進攻呈貢清軍軍營；蔡廷棟、李芳園聯合尋甸、嵩明等地叛軍，猛攻岑毓英部清軍佔據的楊林。
呈貢、楊林同時吃緊，雲南布政使岑毓英不得不“以楊林爲東路咽喉”，只得“先其所急”，於5月7日親自率部增援楊林。
5月上旬，新任雲南巡撫劉嶽昭率二萬餘清軍由貴州畢節到達曲靖，他認爲“心須進攻尋甸，方可早解省圍，爭保東路”，因而決定親率所部湘軍往攻尋甸，令雲南布政使岑毓英配合馬如龍解昆明之圍。
岑毓英在勉力解了楊林之圍後，於7月初回到昆明城外距城十二里的響水閘大營，繼續向昆明城郊叛軍據點發起進攻。之後清軍以巨大的傷亡爲代價，佔領了地處呈貢、宜良進省要道上的石虎岡和另外少數幾個據點，但由於尋甸、澂江、新興等地叛軍不斷供應糧米彈藥，圍城叛軍仍可以憑藉工事長期固守，使清軍一時無法解除省城之圍。
見此情況，雲南布政使岑毓英決定改變戰法，由馬如龍堅守昆明，以一部兵力牽制圍城叛軍，而以主力圍攻昆明外圍州縣的叛軍一部，企圖先“去其羽翼”，然後集中力量消滅孤立無援的圍城叛軍人馬。
8月，岑毓英率其主力親赴呈貢前線，指揮清軍作戰。這樣連同楊玉科部滇軍在內，清軍在昆明外圍東、南、北三個戰場上，與叛軍展開了激烈的爭奪戰。
晉寧、呈貢爲昆明以南的重地，在昆陽、新興等地叛軍的支援和配合下，駐守晉寧的叛軍大司治張元林、駐守呈貢的大將軍馬開義各率叛軍作戰極爲賣力，多次擊敗來犯清軍之進攻。
雲南布政使岑毓英到呈貢前線時，正值晉寧和昆陽叛軍在擊潰臨安兵練之後，前來救援呈貢，他趁晉寧城內叛軍兵力薄弱之機，令署總兵樑士美部偷襲晉寧。
8月19日傍晚，樑士美遣其弟樑士偉率軍由江川（今江川江城）出發，夜行八十餘里，繞過叛軍的營壘，於20日凌晨前抵達晉寧城外。
守城叛軍疏於防守，清軍奪門而入。叛軍大司治張元林率部下奮力反擊，駐紮城外的叛軍也適時入城與之配合，挫敗了清軍一舉奪佔全城的企圖。
岑毓英見此無法，一面令遊擊何秀林、王正坤等猛攻呈貢，牽制叛軍兵力，一面派遊擊岑寬德、都司劉重慶等帶兵二千六百人由水路援晉寧。
樑士偉因在城內進攻受阻，即分兵一部，與援軍內外夾攻，佔領了晉寧城外四鄉。昆陽楊振鵬率叛軍一部援救，遭水陸兩路清軍阻截未能到達。
8月底，清軍攻佔晉寧北面的歸化，截斷了晉寧、呈貢之間的陸路交通。接着岑毓英又派總兵馬忠等帶兵三千名，由歸化向晉寧進攻，截斷了晉寧通澂江、昆陽的通道。晉寧叛軍頓時孤立無援形勢危急，但張元林仍率叛軍人馬在城內與清軍相持不下。
雲南布政使岑毓英見晉寧一時難以攻下，便令何秀林、王正坤日夜不停地猛攻呈貢。儘管晉寧危急呈貢後路已斷，叛軍仍努力奮戰打退了清軍的多次進攻。
9月29日，岑毓英“傳齊各營，填壕而進”。清軍四面架梯登城，衝入城內。叛軍與清軍展開巷戰，奮戰一夜大將軍馬開義等三千餘人站死，呈貢終於失守。
直到這時，坐鎮貴陽遙控指揮前線戰事的雲貴總督勞崇光，這才稍稍鬆了口氣感覺壓力不那麼巨大……