王世充獲悉此消息，勃然作色，當下就命令手下將士披甲執銳，攻打含嘉門，圍攻宮殿。時已三更，元文都被外面的人喊馬嘶聲驚醒。他獲知王世充發動兵變以誅殺自己，不由得陷入極度恐惶之中。爲此，他連忙跑進乾陽殿，召集侍衛保護自己，命令他們緊閉宮門以拒敵。
這時候，王世充已率兵攻入了宮殿之內。元文都感到大事不妙，心想光靠這幾個侍衛是無法擋住王世充的進攻。於是沉吟了會兒，他就令將軍跋野綱領兵出去抗擊王世充的叛軍，把他們趕出宮外。然而，跋野綱是個識時務的武夫，他清楚元文都必喪命於王世充手下。因此，他不等王世充與自己交戰，就主動下馬投降了他。
元文都在宮殿中傻傻等候着跋野綱的好消息，誰知得到的竟是他不戰而降的事實。爲此，他大動肝火，痛罵了跋野綱一番，然後決定親率侍衛從玄武門出去攻打王世充軍的後頭。可宮門緊鎖，無法出去。此時右武衛大將軍皇甫無逸遣費曜、田闍領兵與王世充激戰於太陽門。然終因實力不濟而節節敗退，最後顧不上宮內的皇泰主和元文都他們，飛馬逃出宮城之外了。
在一片廝殺聲中，東方露出一縷曙光，天漸漸地亮了起來。這時，元文都從段瑜手中接過了鑰匙，將宮門打開。然後，他準備率軍從太陽門出戰。可剛衝出大門，就被王世充的士卒擋住了去路。元文都自知突不出重圍，只得抽身逃回乾陽殿以避刀鋒。王世充見太陽門已洞開，就趁機攻入。
進了太陽門，王世充命令自己的手下立即搜捕盧楚、皇甫無逸等異己分子。皇甫無逸見大勢已去，當下就拋下老母妻兒，砍破大門，朝長安方向逃亡。盧楚來不及出逃，只好躲藏在太官署，以避亂軍搜捕。然終未逃過此劫，不多久就給王世充的部下抓獲。大將董浚親自將盧楚提着到王世充跟前，請他發落。王世充見到盧楚目露兇光，厲聲斥責他一頓。盧楚雖外表文弱，可胸中有股凜然正氣，因而視死如歸。他怒目瞪視着王世充，大罵他爲逆賊。王世充怒不可遏，一劍刺向盧楚。
殺掉盧楚，王世充一轉身命令手下繼續攻打紫微門。他想借此敲打皇泰主，好讓他出來與自己談判。
果然，不一會兒皇泰主楊侗就令鴻臚卿崔善福登上紫微觀，質問王世充爲何舉兵作亂。王世充下馬，仰頭望着崔善福高聲答道：
“臣非作亂，只因元文都、盧楚等反賊對臣橫加陷害，爲自保不得已而爲之。”
“既如此，那就請王將軍收兵息事吧！”崔善福扯着粗嗓門對王世充嚷句。
“臣願息兵，以免再驚皇上。”王世充口氣堅定地亮出底牌，“然請殺元文都，臣甘願受刑罰！”
“王將軍何故如此，元大人乃皇上肱股，豈可讓皇上折一臂呢？”想了想，崔善福用央求的語氣說道，“請王將軍網開一面吧！”
“元文都與我乃水火也，不可相容！”王世充揮鞭指着高高立於門牆上的鴻臚卿，斬釘截鐵地回答道，“若元文都不死，臣定當率軍攻入乾陽殿，手刃仇敵，然後任由皇上處置。此仇不報，本將軍誓不罷休！”
崔善福見王世充態度如此強硬，自知多言無益，就下去向楊侗覆命。皇泰主聽說王世充要殺自己的寵臣元文都，心裡自是一百個不樂意。可他也明白如不答應王世充的條件，那他定會派兵攻破乾陽殿，活捉元文都，甚至很有可能會危及到自己的安全和地位。因此爲了自保，楊侗似乎只有舍卒保車這條老路可走了。但他內心對元文都充滿了顧念之情，因而遲遲不肯下令捉拿自己的愛卿。
這時，段達深知元文都明白真相後不可能束手就擒，因此使出一計，詐稱皇上請元文都商議反擊王世充之事。元文都一時糊塗，居然信以爲真，開門從殿內走了出來。段達見元文都中了自己的計，忍不住仰面哈哈大笑數聲，一揮手令手下把元文都綁了。元文都大驚失色，知道自己遭段達等人暗算，然爲時已晚。他一邊厲聲怒罵段達，一邊掙扎着朝紫微觀走去。
楊侗看見自己的寵臣如此痛苦不堪，不禁悲從中來。他忍不住對着元文都默然垂淚，良久方令將軍黃桃樹把元文都交出去，任由王世充處置。元文都自知必死無疑，反而冷靜了下來。他撲通一聲給皇泰主行了個大禮，然後悲聲對他說句：
“臣死不足惜，只是臣死之後，王世充必會加害皇上。臣請皇上多加小心啊！”
說罷，元文都充滿絕望的眼睛裡滾落出兩顆淚珠來。接着，他一扭頭，帶着親赴刑場的悲愴，跨出了城門。
很快，元文都被黃桃樹押解到興教門。王世充已立在那兒恭候多時了，他瞧見元文都，心間洋溢着無限的歡快，禁不住對着自己的仇家縱聲大笑。此刻，元文都已完全將生死置之度外，他用輕蔑的眼光掃視了眼自己的政治對手。沉默片刻，他痛罵了番王世充。
王世充一言不發，嗖地一聲拔出劍，用力刺向對方的胸膛。一股殷紅的熱血如水注般噴射出來，濺在他的面頰上。他咬着牙，伸開手掌擦了把臉上的血跡，兩眼死死地盯住緩緩倒下的仇敵，嘴角邊露出絲猙獰的冷笑
王世充信守諾言，幹掉元文都後，就立馬令將士卸甲棄戈。持續了近兩個時辰的廝殺終於停止了，宮殿內外一片沉靜。王世充警惕性極高，爲了預防殿內侍衛行刺自己，在入宮拜見皇泰主之前將他們全部換成自己的人。完畢，王世充方纔擡頭挺胸，闊步邁向乾陽殿，叩見皇泰主。
皇泰主雖因今日之事對王世充心存芥蒂，可他清楚要保住東都就不能開罪這位兵權在手的大將軍。因此，他盡力壓制住心中的怒火，用較爲溫和的語調責問拜伏於地的大臣：
“王世充，你膽大妄爲，竟敢不稟奏朕，就擅自舉兵誅殺朝廷大臣。你說，這是爲臣之道嗎？”
王世充知道楊侗不敢對自己怎麼樣，心生邈視之意，卻故作誠惶誠恐之狀，伏地哭拜道：
“此乃臣之罪過，請皇上恕罪！臣承蒙先皇厚愛，粉身碎骨也難以報答皇恩，豈敢有二心。今日之事，實爲所逼。元文都包藏禍心，欲與李密勾結危害社稷。此賊怕臣不同意，便欲加害於臣。臣迫於求生，來不及稟奏皇上。然臣實無惡意，也不敢忤逆皇上。此心昭昭，日月可鑑，請皇上明察！”
皇泰主也不糊塗，他當然清楚王世充所說非實情，只不過是藉此掩蓋自己的真實企圖。說到底，王世充就是想剷除元文都這股異己勢力，以便獨攬大權。楊侗自然不想看到王世充專權宰政，這對自己很不利，所以，他暗自支持元文都、盧楚等人與王世充分庭抗禮，甚至消弱他的勢力。然而如今元文都完敗於老奸巨猾的王世充手上，所有的計劃都宣佈落空了。爲此，楊侗感到很失望，很難受。
但是他又不能將這份怨氣撒在王世充頭上，這很可能會激怒他，從而使他做出不利於自己的瘋狂舉動。爲今之計，最明知的做法就是想辦法穩住這隻惡狼，讓他儘量服從自己，繼續爲自己賣命。這麼一想，楊侗慢慢地緩和了面色，語氣頗爲和悅地說：
“愛卿之心，朕自當深察。卿無罪，朕豈能加罪於你！如此，則不寒了天下功臣之心嗎？”
“謝皇上不殺之恩！”王世充聞之，叩頭拜謝，接着信誓旦旦地說，“皇上對臣有再造之恩，臣願爲皇上肝腦塗地，死而無憾！”
皇泰主對王世充的表白半信半疑，然他深知王世充爲人奸詐殘暴，又手握東都之重兵，若不重用他，很可能會促使他叛逆自己，甚至置自己於死地。因而，楊侗只能給王世充高官厚祿，以拉攏他替自己賣命。於是，很快皇泰主頒詔，任命王世充爲尚書左僕射，專宰朝政。
王世充大權獨攬，飛揚跋扈，他大力剷除異己，捕殺趙長文、郭文懿、盧之意等異己者，同時又任用親信，命兄長王世惲爲內史令，監視皇泰主的一舉一動，又令兒子和弟弟爲軍隊統領，其餘軍政部門也安插自己的人主管。如此一來，東都完全掌控在王世充的手中，而身爲皇帝的楊侗變成了一個無力主政的傀儡。
在王世充與元文都內鬥的同時，李密跟宇文化及正在衛州激戰。瓦崗軍的確驍勇善戰，大戰一番之後，終於擊敗了宇文化及，並獲得宇文化及大將王軌、陳智略、樊文超、許敬宗等十餘人。然而這一場惡戰也使得李密損兵折將，傷亡慘重，直接導致了瓦崗軍進一步走向衰敗。正因爲如此，這場勝利並沒有令李密感到多少凱旋的欣喜，他滿腹憂傷地帶着滿營傷兵，朝東都而來，打算入朝主政。
可到溫縣，噩耗就傳到了李密的耳朵裡，他的政治盟友元文都、盧楚等人皆爲王世充殺掉。這料想不到的變故着實令李密驚慌失措，一時間不知如何是好。李密清楚王世充發動政變殺掉元文都的原因，其目的就是爲了主宰朝政，獨霸東都。既然如此，那他也就容不下他這個要跟自己爭權奪勢的異己分子了。而現今東都軍權已落入王世充手中，他必定會想方設法阻撓自己入朝主政。如此，東都是進不去了。
這麼一想，李密不禁仰天長嘆，滿腹憂傷與憤懣。他做夢也沒想到，自己付出了這麼沉重的代價，到頭來竹籃子打水一場空。此刻，他有些後悔當初的決定，甚至懷疑這是皇泰主、王世充等人早已設置好的圈套。他很氣憤，卻又無可奈何，只好帶着一身的疲憊與傷痛返回金墉，在那兒屯兵以抗王世充的反擊。