洪武皇帝實行了嚴厲的海禁政策，對外貿易完全是以官方的通貢貿易進行，這一方面滿足了外國貴族對中華物品的需求，另一方面維護了東方的朝貢秩序和天朝的虛榮心。但私下裡的海外貿易一直在進行，官方的態度也比較曖昧，從成化年起，一些出使他國的官員開始利用出國的機會在船隻中夾帶私貨，沿海市舶司的官員更是參與到走私活動當中。
而此時的日本正處於戰國時代，一些破產的大名或失去生計的武士流落到中土，開始騷擾沿海邊境，而沿海的一些失去生計的漁民也加入其中，協助聲勢。
帝國有三處市舶司負責海上通貢貿易，寧波司主要對日本，泉州司主要對琉球，廣州司主要對南洋諸國。嘉靖二年（1523年），日本國內兩大家族大內氏、細川氏分別派代表從寧波市舶使進入中國來通貢。按照寧波市舶司的規定，誰的船先進港，誰的船先驗貨，這天是大內氏的船先進港，但細川氏家族的使節賄賂了市舶司宦官，導致細川家族的船先驗貨。
中午在寧波市舶司舉辦的宴會上，細川家族的使節又坐在主座，本就在國內積怨甚深的兩大家族，此刻面對這種情況大內氏的代表憤起殺了細川氏的使節，接着，大內氏家族代表帶着他的人沿途燒殺搶掠，並打敗了前來圍堵的都指揮和千戶。
這一事情上報帝國後並未引起多大的重視，皇帝與羣臣正處於大禮儀爭鬥的熾熱階段，給事中夏言建議冷處理，關閉市舶司了事，嘉靖對夏言的奏書隨後批覆了事，從此中國與日本之間的通貢徹底斷絕，一直到甲午戰爭才恢復。
日本由於處在蠻荒的孤島上，形成了國民粗野的性格，所以歷代中土王朝都對日本沒有好感，屬於被排斥的對象，如今帝國希望能寄關閉市舶司一勞永逸的解決不必要的麻煩，但問題只能疏導，卻不能堵。明廷不知道粗暴的關閉了通貢窗口只會使問題更加複雜化。
儘管在以後的二十年中，日本人跟北方的草原人一樣哀求這個傲慢的帝國允許開放貿易，但無疑都遭到了拒絕。1544年當一個日本使團來到中國後再次遭到了拒絕，這些日本人開始轉而求助當地的商人。
明朝不僅關閉了官方貿易，對私人貿易也開始限制起來，這不僅影響到了日本人的利益，也影響到了中國沿海商人和普通民衆的利益，爲了生存，他們開始與日本人相互勾結起來，所以16世紀中期危害中國沿海的倭患大部分是由中國人蔘與的。
汪直是這場倭亂的主導者，從16世紀上半期他便開始從事走私生意，汪直大約出身於一箇中平之家，自小就有江湖習氣，有獨立意識與冒險精神。他最開始的時候是加入別人的走私集團，在其領導被朝廷擊潰後，其開始慢慢掌握整個走私船隊，控制了大陸與日本島之間的走私貿易。
這種走私活動進行的並不順利，其原因倒不是朝廷的壓制，而是地方士紳的剝削。汪直的走私團伙首先將貨物從地方商人手中收購過來，再運到日本銷售，然後從日本採購貨物運回國內，在這個過程中沿海的商人通常採取先收貨、後付款或者先收款、後付貨的方式，這自然侵蝕到了走私者的利益，在這些商人拒絕付款的情況下，走私者採取了暴力方式。所以從1544年以後帝國的東南區域已經發生了幾起針對當地富紳的暴力騷亂行爲，在這種情況下，朝廷開始醞釀解決危害東南的倭患問題。
朝廷開始派江蘇蘇州府吳縣人朱紈任浙江巡撫，提督閩浙兩省軍務。東南沿海的局勢已經很微妙了，當地已經是官紳一體，都參與了走私，無論是官府、士紳、小民都從走私中獲得了利益，而前幾次的火併不過是利益集團內部分贓不均所引致，眼看朝廷派大員來整治，這夥人開始悔恨莫及。
朱紈來到浙江後才發現這裡的形勢複雜，地方官員不聽指揮，衛所的軍隊無法調動，這些困難對有着處理地方複雜政務、軍務的朱紈來說不過是小菜一碟。他開始自己招募軍隊，將地方官員撇開單幹。此時的朱紈知道從中樞到地方他沒有一個支持者，自己的面前是兇險萬分，如果出錯，即使皇帝不殺自己，浙閩兩省的官員和士紳也會殺了自己。
朱紈在福建漳州建立剿倭指揮部，他開始執行嚴厲的禁海政策，毀掉船隻、填塞港口、保甲連坐。這是永樂時代起東南沿海最嚴厲的海禁時期，真正達到了片板不能下海。很快，有史以來最大一次倭寇入侵在大明朝發生了，一夥由中國人組成的海盜侵入寧波、台州殺人放火，沿海的駐軍沒有做出任何反應，他們只是睜一隻眼、閉一隻眼，甚至是引寇入侵。情報顯示這些海盜主要集中在雙嶼和九山兩個島嶼，很快朱紈擬定了對這兩個地方的作戰計劃。
戰鬥在深夜打響，官軍乘着夜色向這兩個島嶼發起猛攻，官軍面對的海盜頭目正是汪直。海盜們在這次的突襲中遭到了慘敗，大部分人就地被殲，小部分人逃入外海，朱紈不顧地方官員的強烈反對將在這次戰鬥中捕獲的人全部處決，被處決的人當中甚至有閩浙兩省的地方官員的父親和其他親屬。
第二年，朱紈命人攻擊了停泊在福建沿海的一支大商船的船隊，將捕獲的中國人、葡萄牙人、日本人一共96人公開斬殺，此舉震動了整個帝國。
總督數省軍務是封建王朝爲了應對突發事件便於協調數省而設置的官職，朱紈作爲閩浙總督這在明代歷史上是從來沒有的事情，朱紈從1547年到任，以雷霆手段在兩年的時間內就解決了倭寇問題，並實行了嚴格的海禁，尤其是1549年的這次公開斬殺更是震驚中外。雖然皇帝授予了朱紈便易行事的權力，但如此大規模公開斬殺走私百姓也的確有些令人髮指。
正沉浸在勝利喜悅中的朱紈不知道危險已經悄悄臨近了。大批在朝的閩浙兩省的官員紛紛彈劾朱紈行事偏激、濫殺無辜，福建籍御史陳九德也彈劾朱紈濫殺百姓。嘉靖皇帝接到這些奏摺後將朱紈浙江巡撫一職改爲巡視。
憤憤不平的朱紈上書指責浙閩兩省的人視倭寇爲衣食父母，並一針見血的指出閩浙兩省“士紳民寇一體”，而且對一些在朝官員進行了公開點名。在這種情況下，嘉靖派了兩名非閩浙籍的官員赴閩浙兩省調查此事，調查的結果是被斬殺的佛朗機人只是跟沿海百姓進行公開貿易，並無劫掠情節，而且被斬殺的也多爲福建沿海出外行商的百姓。
當事情逐漸清晰後，嘉靖命人逮捕朱紈進京詢問，得到消息的朱紈悲憤交加，他寫好了《都察院右副都御史秋厓朱公紈壙志》的奏摺後服藥而死。他在奏書中寫道：“一不負天子，二不負君子，命如之何？丹心青史。縱天子不欲死我，閩浙人必殺我。去外夷之盜易，去中國之盜難，去中國之盜易，去中國衣冠之盜難。”
明代史學家談遷在《國榷》中寫道：“朱紈十年中丞，田不畝闢，家徒壁立。”
朱紈的悲劇一定程度也是個人造成的，他行事直線化，他不明白閩浙兩省大批的人口賴以海洋生計，他也不明白貿易能夠使雙方都獲利，百姓能夠獲得便宜價格的蘇木、胡椒、香料，沿海百姓也能夠將自己的日用之資高價賣給這些日本人或佛朗機人，但這些從根本上來說還是受制於帝國的政策。
朱紈既死，在閩浙兩省官員的努力下，帝國取消了向閩浙兩省派遣巡視大臣的制度，朱紈的防衛力量和保甲制度也盡皆裁撤，他的兩名副手盧鏜、柯喬也被定了死罪，關在福建的按察使司獄中。嘉靖年第一次轟轟烈烈的滅倭行動就這樣結束了，很快帝國將會自吞苦果。
朱紈既死，閩浙兩省之間的走私貿易再無障礙，我們的五峰船主汪直正式走到了前臺。爲了撲滅一些不聽指揮的海盜，閩浙兩省官員去信給汪直，讓他協助撲滅，這對於汪直來說是一舉兩得的事情，一來在官府那裡邀了功，二來也消滅了競爭對手，很快汪直打垮了兩個較大的海盜勢力集團，汪船主終於一統江湖，成爲名副其實的海上霸主。他的全盛時代手下控制了數萬人的人馬，擁有全副武裝的近百艘的現代化戰艦。
我們的五峰船主有一個理想，那就是開放海禁，在大陸與日本之間進行公平的貿易，以互惠兩國人民。汪直自認爲他剿滅海盜對朝廷有功，他上了一道奏章要求開放貿易，但這道奏章自然毫無意義，朝廷給了一百石的糧食作爲撲滅海盜的獎勵。失望的汪船主變得不理性起來，他要讓大明帝國知道他的厲害。
歷史進入16世紀50年代，東南地區的自然災害增多起來，從城市到鄉村似乎都動盪起來，成羣失去生計的百姓成爲盜匪，沿海的鄉村都是結牆自保。繼汪直海盜集團的總部雙嶼島被朱紈攻破後，這些人就轉移到了舟山外海的萬表山，朱紈死後，朝廷也停了他所招募軍隊的糧餉，這些士兵便投入萬表山成爲海盜，此刻聚集在萬表山的海盜已達萬餘名，一場大的暴風雨就要來了。
1552年這些海盜從萬表山出發，沿途劫掠台州、溫州、寧波、紹興等地，並攻陷黃岩縣城，在城內整整呆了七天，這清楚地表明騷亂已經開始了升級。過去海盜只是劫掠村莊，此次竟然攻陷了城池，人們發覺了事態的嚴重性，並開始反思處置朱紈的失誤之處。
羣臣建議恢復派人巡視閩浙的制度，皇帝令吏部會推，會推的結果是山東巡撫王忬。王忬是明代史學家王世貞的父親，他跟朱紈一樣有着處理地方政務與軍務的經驗，此刻由他出任空缺四年的浙江巡撫兼浙閩總督一職，預示着朝廷的對倭政策又來了個180度大轉彎。帝國再次風起雲涌。
除此之外，朝廷還在浙江和南直隸增設一名參將，分別爲俞大猷和湯克寬，王忬到任後又將朱紈的部將從牢裡放出來重新聘用。但此時的情況跟朱紈時代已經不可同日而語，汪直的勢力已經大增，實際上官軍已經不是其對手。
1553年汪直的海軍大規模向內地進攻，整個東南沿海，南京以東和以南的地方全部失陷，州府一級的城市開始被攻陷，府衙被燒、知府被殺，在這兩萬多人的入侵者中大部分是中國沿海的破產農民、盜匪、倭寇、還有一些歐洲的探險愛好者，他們也夾在這些人中起鬨。大明朝的國門形同虛設，久未訓練而且缺員三分之二的衛所根本抵擋不住這些瘋子們的進攻。
而此時的閩浙總督王忬手段遠遠沒有朱紈毒辣，他也沒有一個明確的對付海盜的辦法，他不是像朱紈那樣主動派兵渡海作戰，而是讓各府各縣結牆自保。在1553年的戰鬥中，有一股四十餘人的倭寇脫離了大部隊單獨行動，他們從浙江進入安徽，從蕪湖兜了一個圈子，然後打到南京城下。這夥倭寇人數少、行動迅速，官軍難以發現其蹤跡，雖然最終在江蘇境內將其全部殲滅，但沿途軍民也死傷數百人之多。
帝國的陪都南京竟然也遭到威脅，半個東南岌岌可危，備倭形勢已是刻不容緩，在這種情況下，嘉靖皇帝罷免王忬，調南京兵部尚書張經提督沿海五省軍務，從外省調客家軍入浙參戰，有斬倭寇首級者一級賞銀一百兩，按說這些規格都是相當高的，只差沒有調動邊軍了。
此時海盜的主力兩萬餘人盤踞在松江這個地方，張經打算對這個地方進行攻擊，但他要等兩廣的土司兵、湖廣苗兵抵達，兩廣土司兵很快抵達，但張經還要等苗兵抵至才肯出擊。張經的僵化頭腦最終還是給自己埋下禍根，朝廷就需要在短時間內對倭取得勝利，哪怕是一次局部勝利也可以取得皇帝對自己的信任，從而爲接下來的剿倭戰爭打下基礎。但張經來到浙江一年多了也沒有任何進展，他只是牢牢守住一些重地，聽任海盜肆虐鄉村。