隆慶時代的內閣班子並不團結，其傾扎比嘉靖時代的更爲激烈，因爲隆慶時代的內閣班子有兩個火藥桶，一個是高拱，一個是張居正。兩人的經歷相同，都是從進士到翰林院，然後再從六部入閣，缺乏挫折和地方的歷練，所以稚嫩而偏激。高拱自恃是裕王的老師，嘉靖培養的下一代官僚，所以在嚴嵩時期高拱就展露了自己的性格，他對嚴嵩多嘲諷，嚴嵩也拿他沒法。從嘉靖末年起高拱作爲帝國的二號人物已經跟徐階產生了矛盾，他們的矛盾可以從三個方面來解釋，一是性格上的，二是行事方式上的，三是學術思想上的。
高拱性格火辣，想什麼就說什麼，而徐階性格陰柔，有話不說，這些都令高拱所厭惡；高拱在行事方法上也是光明正大、敢想敢幹、崇尚革新，而徐階則顯得患得患失、謹小慎微、因循守舊；在思想上，高拱是經世濟用，徐階信奉的是陸王心學。徐階曾多次在京城開展大規模的講學活動，這些都令高拱十分反感，他跟張居正一樣都是抵制書院講學的人。
在高拱看來，這位徐首輔跟倒臺的嚴嵩一樣，一味迎合皇上，壓制言路，行爲苟且。嘉靖四十五年，吏科給事中胡應嘉彈劾高拱在內閣班房值班的時候經常私自回去會小妾，嘉靖對此並沒在意，但高拱認爲是徐階指使。
世宗駕崩後，徐階不與閣臣商議，私自擬詔，讓嘉靖自己抽自己的臉，高拱對此更是怒不可遏。高拱認爲徐階此舉徹底暴露了他的虛僞與狡詐，徐階通過私擬詔書將自己迎合嘉靖的責任推的乾乾淨淨，將這些被罷黜的官員召回來，這些人自然要死心塌地的替徐階賣命。
隆慶元年，吏科給事中胡應嘉考覈不合格，皇帝徵求衆位大臣的意見，高拱說胡應嘉沒有人臣之禮，應該貶斥，就這樣，隆慶皇帝將胡應嘉貶到外地爲官。高拱對科道的言官向來沒有好感，在他眼裡所謂的言官都是爲了自身團體的利益相互傾扎。高拱對胡應嘉的態度頓時令輿論譁然，人人紛紛指責高拱公報私仇。
事實表明高拱對付言官的確比前朝的嘉靖、嚴嵩和後朝的萬曆都要厲害的多，他直接命令徐階杖責這些損毀其名譽的言官，徐階拒不執行，兩人在內閣公開罵戰。
高拱質問道：“先帝在世時，你獻青詞以取媚，現在先帝駕崩，你立刻倒戈，而今你結交言官來對付我這個當今皇上在藩邸的腹心之臣，請問是何居心？”
徐階不慌不忙的答道：“我並非背叛先帝，我私擬遺詔乃是替先帝收買人心，你說我寫青詞取媚先帝，我承認，但先帝在世的時候曾以密信給我，先帝說高拱上書說也想爲齋醮盡一份力，問我可不可以，現在那份密信還在我那裡，你要不要看一下。”
徐階的回答將高拱噎的一句話也說不出來。徐階又說道：“你說我結交言官攻擊你，天下言官那麼多，難道我都能結交嗎？我又怎麼能讓他們攻擊你？即使我結交言官，難道你就不能結交。”
徐階的一番回答打的高拱是剎羽而歸，在這場鬥爭中，很明顯高拱是仗着裕王撐腰，他才肆無忌憚，高拱在徐階那裡折了面子，自然要報復。隆慶元年的徐階已經是江南第一大富戶，他的家庭擁有廣闊的良田，成羣的僕人，而且橫行鄉里。高拱就糾住徐階家人的不檢點予以彈劾，他不僅自己彈劾，還指使自己的手下彈劾，而此時朝廷裡有大批嘉靖朝被罷黜的言官，他們受徐階庇護得以重返朝廷，此時一個個摩拳擦掌。眼見高拱跟徐階作對，北京和南京的官員集體出動，他們像瘋狗一樣攻擊高拱，這種形勢即使是有隆慶撐腰的高拱也抵擋不住，爲了緩和氣氛，出於保護高拱的考慮，隆慶暫時讓高拱致仕。就這樣，在隆慶元年，這位不可一世的內閣大臣就這樣稀裡糊塗的回家了。
高拱的離去絕對不意味着徐首輔的勝利，恰恰暗示着徐階的倒臺。隆慶對這位首輔並無好感，徐階私自擬定的那份遺詔，隆慶雖然沒說什麼，但這也並不代表隆慶贊成徐階的所爲，嘉靖畢竟是自己的父親，這種讓死去的皇帝自己打臉的行爲在帝國的每一個人看來都是好笑的。隆慶元年高拱與徐階的較量可謂風雷激盪，隆慶對於言官一邊倒的現象頗爲警覺，他試圖恢復嘉靖以前的那種宦官權力，例如讓宦官督導北京的團營和南京的振武營，徐階都表示了反對，隆慶想去南海子游玩，徐階也陳述不可，皇帝漸漸對徐階厭惡之。當徐階覺察出皇帝不想再用他的時候，這位首輔便辭職了。此時徐階已經65歲了，七年的首輔生涯，十七年的內閣生涯就這樣結束了，雖然看起來很從容，但箇中滋味只有自己能夠體會。
在家中等待了二年半的高拱已經是急不可耐，隆慶三年的冬天接到了讓他回京的通知，他不顧天氣的嚴寒和新年的來臨馬不停蹄的趕到了京城。高拱的回京使那些曾經反對他的官員們惴惴不安，徐階已經不在了，高拱又爲吏部尚書，那位曾經彈劾過他的胡應嘉心裡懼驚，在熬過幾天的不應期之後，終於由於心中的巨大恐慌導致膽裂而死，還有一位彈劾高拱的官員歐陽一敬在歸鄉途中竟也由於懼怕而死。一時間滿朝風聲鶴唳，高拱對這種狀況十分滿意，滿意歸滿意，他還是通過自己的心腹之人放出了風聲，“我高拱重回廟堂是要與各位休慼與共，過去的恩怨都已經過去了”。
高拱的安撫雖然沒有達到實際效果，但至少令衆人的心境平靜了下來，再輔以時日才能夠慢慢平息。高拱既當國，他便開始大刀闊斧的改革，作爲吏部尚書他將吏治作爲首當其衝的改革方向。他推行進士與舉人並舉的用人方針，因爲相比較進士羣體來說，這個舉人羣體數目更加龐大，難免真玉掩埋其中；高拱還命各地建立人才儲備庫，實行公開招考人才的制度，對於吏部會推官員的制度也進行改革，他將私密的會推制度公開化，對於被罷黜的官員高拱也親自找其談話，告之被罷免的原因，一時無人不服；高拱還建立嚴格官吏考察制度，對天下官吏的品行每月一彙總，由高拱親自過目，年終再集中彙總作爲考覈官吏的依據。
除了吏治之外，高拱在與蒙古人互市以及處理南方少數民族問題也頗有亮點。隆慶五年與蒙古的和議雖然是順應時事，但跟高拱的推動也不無關係，三邊總制的都督以陝西跟宣大情形不同，不願意跟蒙古人互市，高拱去信斥責，不久陝西省也開始開放邊市。時貴州巡撫說本地土司造反，請朝廷派軍進剿，高拱知道這通常都是地方官員沒事找事，高拱保持了理性態度，派人去貴州調查，終於調查清楚真相，避免無謂的戰爭。
高拱雖然做了不少事情，但是其人毛病也少。高拱性情火爆，處事操切，求治心切，對待下屬刻薄，性格偏激，心胸狹小，好挾私報復。世宗死後，徐階重新任用的一批官員，高拱盡皆免去，而在嘉靖朝跟隨皇帝胡鬧而被徐階免去的一批官員，高拱又重新起用。高拱的所作所爲究竟是不是出於隆慶皇帝的指使或者暗示，歷史並沒有給予我們明確答案，但皇帝對於這一切肯定是默許的，在人事和決策上兩人是一致的。
事實表明，高拱、張居正這樣的人的確比嚴嵩厲害百倍，昔日嚴嵩當國對官僚一味忍讓，才換來官員們的攻擊，最後還是靠皇帝殺了幾個人才替嚴嵩解圍，而高拱和張居正當國的時候真的跟官員們較起真來的時候，這些人便都沒了脾氣。
高拱仍有一件私事沒了，那就是徐階問題。隆慶五年，高拱讓原蘇州知府蔡國熙擔任蘇鬆兵備副使，這蔡國熙跟徐階本就有矛盾，高拱將他放在這個位置上自然是讓他對付徐階。蔡國熙一直監視着徐府，終於他逮住了徐階兒子們的把柄，將徐階的兩個兒子充軍，一個兒子削職爲民，沒收徐家大批田產。徐家的子孫們抱着他痛苦流涕，徐階只好給張居正寫了封信，讓他居中調停。
張居正對高拱施加了壓力，抑或者高拱自己感覺做的過份，便終止了跟徐階之間的恩怨，這倒令蔡國熙無路可走，他大罵高拱出爾反爾，賣了他。
高拱的專權與跋扈在帝國日益激烈，雖然跟官僚們一再起衝突，他都得到了隆慶皇帝的庇護。隆慶五年，隨着殷士儋的致仕，高拱將保守派官僚全部踢了出去，他算是真正的權柄在握，但他不知道一個隱藏幕後的人正向他伸出鋒利的匕首。