魏忠賢集團對東林黨人的殘酷迫害，毫無疑問是非正義的，應該受到歷史的譴責，但是我們不能反過來得出東林黨人對魏忠賢的攻擊就是正義的這個結論。
對於這段歷史，人們普遍的看法是，由於天啓的昏庸，使得魏忠賢獨攬大權，出現了宦官專權的局面，東林黨人爲了扭轉這種局面，刷新政治，纔起來反對魏忠賢，從而招致了魏忠賢集團的殘酷暑迫害。
這不是誤解，而是極大的誤解。
事實恰恰相反。
正是因爲東林黨人結黨亂政，不堪使用，天啓纔不得己任用內臣，而東林黨人爲了達到控制皇帝，掌握政權的目的，才發起對魏忠賢的攻擊，目的正如天啓所說的“屏逐左右，使朕孤立”。
對東林黨人的打擊實質是皇帝對政治集團的處理，很難想像，在沒有皇帝的許可和支持下，魏忠賢能夠多次動用詔獄和中旨，抓捕朝廷命官，並在獄中刑死。可以說所謂“閹黨”的背後是皇帝，也可以說所謂“閹黨”就是“帝黨”。
如果拋開人道主義，單從政治的角度看，對黨派的處理是必要的。
天啓繼位時，面對的是一個不折不扣的爛攤子。
邊境上遼東戰事靡爛，敗報頻傳。朝廷上東林黨人把持朝政，致力於報仇雪恨，天天打口水仗，不以國事爲重。這是有明以來未曾出現過的局面，對於一個十五歲的少年來講，能看懂這兩個戰場都很困難。
這個既無母后保駕護航，又無能臣輔弼，孤立無援的少年天子，面對着一個龐大的東林黨利益集團，除了使用太監，他還能使用誰？
無處不在的黨爭對國事是個嚴重的威脅，影響方方面面，遼東戰場也未能避免。
天啓二年的廣寧大潰敗就是一個顯例。
經略熊廷弼和巡撫王化貞屬於不同的派別，王化貞欲立功而熊廷弼想拆臺，這才導致了失敗和失敗擴大化，這也是爲什麼王化貞戰敗而熊廷弼傳首九邊的原因。
因此，天啓不得不採取非常手段，結束這種混亂的局面，使朝政走上正軌。
在君主專制的大背景下，這場轟轟烈烈的黨爭最終以“六君子之獄”和“七君子之獄”的慘烈景像收場。
回顧這段歷史，我們一方面應該看到東林黨內確有正人君子，另一方面也應該看到東林黨內也不乏營營苟苟之人，整日致力於人事鬥爭。
一方面應該看到魏忠賢對東林黨人的迫害是非法的，另一方面也應該看到東林黨人勢力很大，遍佈於三法司，通過正常的司法渠道不足以徹底查辦東林黨人，剷除東林黨最直接有效的方式莫過於使用詔獄和中旨。
一方面要看到政治鬥爭的殘酷性，另一方面應該看到，東林黨骨幹分子常以在野之身影響朝政，除了肉體上消滅以外似乎沒有更好的解決辦法。
一方面要看到魏忠賢有泄私憤的成分，另一方面應該看到，天啓纔是東林命運的決定因素。
一方面應該同情當事人的悲慘遭遇，另一方面應該明白，作爲國家公務人員，一定要忠公體國，切不可結黨營私，無論古今中外，無論以何種理由，打着何種旗號，結黨都是一個最不好的現象。
從處理東林黨的決心和手段上看，天啓比萬曆更鐵血，由此可見天啓並不是一個只會玩弄木工的昏君，而是一個鐵腕的君主。
東林黨，作爲中國歷史上獨一無二的一個政治集團，幾經起落，最終歸於覆滅，只留功罪，後人評說。
著名歷史學家黃仁宇認爲，魏忠賢“用特務人員迫害文職官員，使各方憤怒。可是今日研究歷史的人將所有紀錄仔細檢討，只看出當時的官僚組織己不堪管制，文官吵鬧之中卻無一定的目標，也就不能自辭其咎。”
這個說法，委婉、客觀、公正，可以作爲這段晦澀歷史的最後鑑定。