應該說國本之爭與明代的黨爭沒有直接關係，但是萬曆在國本之爭的“軟弱”表現，以及其後中央權威的缺失，爲黨爭的興起提供了溫牀。
在“靜攝”期間，萬曆實施無爲而治的方針，既不倚重閣臣，也不倚重太監，大家都沒有什麼權力，也沒有什麼事幹，爭吵的動機和載體沒有了，自然也就沒有什麼爭吵的必要了。
事實上，雖然萬曆躲了起來，羣臣是不會閒着的，他們很快就找到了新的樂趣，那就是：“與人鬥，其樂無窮”。
——黨爭的大戲開場了。
關於黨爭興起的源頭，明人自己有一個高度的概括：今日之爭，起於門戶，門戶起於黨爭，黨爭起於東林，東林起於顧憲成。
下面我們就來源頭看一看。
顧憲成是江蘇無錫人，他是東林書院的創立者，而東林書院是東林黨的發源地。
顧憲成的一生都在和人事打交道，他成爲東林黨的創立者，有其必然因素。
明萬曆四年（1576年），27歲的顧憲成參加鄉試，取得了第一名的成績，高中解元。在那次考試中，他的文章就闡述了選人、用人與治理國家的關係，可見他對人事的熱忱，源遠流長。
在人事上初試啼聲，就一鳴驚人，步入仕途後，顧憲成在人事方面的表現更是不同凡響。
萬曆十年以後，顧憲成的大部分時間在吏部工作，在此期間，他積累了豐厚的人脈關係，也不可避免地參與了當時的人事鬥爭。
當朝廷上黨爭剛剛萌芽的時候，我們就看見了顧憲成的身影。萬曆十五年的京察大計中，顧憲成上疏言事，因“語侵執政，被旨切責”，並被貶爲桂陽州判官，不久又 “擢升爲吏部考功主事，歷員外郎”，重新回到了他熱愛的人事工作崗位上。
在文官集團向萬曆開戰的時候，顧憲成顯然也沒有置身事外，當萬曆提出將三皇子並封爲王的建議時，顧憲成上疏力阻，明史對顧憲成的記載語焉不詳，卻用大量的篇幅轉載了這篇文章。
顧憲成在吏部的職務並不高，但能量卻很大，《明史》記載：“二十一年京察。吏部尚書孫籥、考功郎中趙南星盡黜執政私人，憲成實左右之。”
從這個記載中我們可以看到，顧憲成作爲一個小小的主事，卻能夠在幕後出主意，左右他的上級，去修剪皇帝的羽翼。
萬曆二十二年（1594年），顧憲成升任吏部文選司郎中，掌管官吏班秩遷升、改調等事務，這是一個很有實權的差事，顧憲成在這個崗位上，充分行使了他的職權，做出了許多令人驚奇的事情。
雖然他只是一個司長，但卻能決定部長的任命，“先是，吏部缺尚書，錫爵欲用羅萬化，憲成不可，乃用陳有年。”
首輔（錫爵）想用一個部長（羅萬化），但是司長（顧憲成）不同意，於是只好任用他人（陳有年）。
顧司長不僅不把首輔當回事，還老跟皇帝過不去，“所推舉率與執政牴牾”。
在封建社會，官大一級壓死人，皇帝對臣子更是有生殺予奪的權力，然而這種情況到了顧憲成這裡就完全顛倒過來了。
他不僅可以左右他上級和他上級的上級的意志，還可以任免他的上級，甚至還屢次與皇帝對着幹。如果不是史書記載，我不敢相信有這樣的事情。
這是什麼人呀？他吃了熊心豹子膽了？
親東林的《明史》不會爲我們剖析顧憲成皮袍下面藏着的小，但是我們可以自己去分析。
思前想後，我認爲只能有一個原因：他有自己的組織，因此有恃無恐。
有組織做靠山，一切都不在話下。
即使有危險，組織會出面保他；即使跌倒，組織會讓他東山再起；即使爬不起來，組織仍能保障他的利益。
顧憲成冒進的行爲方式，也爲他找來了麻煩。
不久，首輔王錫爵年老引退，便命吏部根據品望推選六七位能夠勝任首輔之職的官員聽候點用。顧憲成等人違背皇帝的意思，幾次提名的人，都是萬曆所厭惡的，萬曆認爲吏部在“徇私”，在吏部的奏疏上批了“司官降雜職”五個字，矛頭直指顧憲顧，給顧憲成降職處分。
關鍵時候，組織的作用顯現了，許多大臣上疏申救，奏疏上百封，這使萬曆更加惱火，他顯然己經感覺出了顧憲成和他的組織對他的挑釁。
萬曆一定在心裡想，我就不信，我這個皇帝連個吏部郎中都辦不了，我要辦不了你，我這個皇帝就不當了！
於是，他以“忤旨”之罪將顧憲成革職爲民，那些上疏申救的官員也都受到外放、降調、削職等處分。
皇帝真的惱了，顧憲成只好暫時服貼一下。
回到家鄉以後，顧憲成並沒有養望林下，短暫休整之後，顧憲成就開始以講學爲名，廣交朋友，四處活動，他請進來，走出去，在自己住宅南邊造了幾十間書舍專供來人居住，還經常與蘇州、松江、常熟、太倉、嘉興、宜興等吳中學者聚會。
隨着活動量的增加，顧憲成迫切感到必須具備一個固定的講學場所，從而將分散的講學活動變成一個有協調組織的統一活動，從而增強社會影響力。
萬曆三十二年（1604年），經顧憲成等人的努力，官府終於批准在無錫城東門內的東林書院遺址重建東林書院。九月工程告竣，共用了1200多兩銀子。作爲首倡發起人之一的顧憲成捐銀最多，又去策動吳地官員和縉紳捐資助修，出了很大力。
顧憲成親自爲書院講會審訂了宗旨及具體會約儀式，這年十月，顧憲成會同顧允成、高攀龍、安希範、劉元珍、錢一本、薛敷教、葉茂才（時稱東林八君子）等人發起東林大會，制定了《東林會約》，它規定每年一大會，每月一小會，除了嚴寒盛暑外，定期會講。
東林書院從成立之初就不是一個單純的學術團體，而是一個政治意圖明顯的在野人士俱樂部，它由一批心有不甘的在野人士發起成立，主要活動是學術搭臺、政治唱戲。
明代官場各種複雜關係不斷在東林書院交匯凝結。東林書院很快就發展成爲各種關係的總部基地，編織成一個隱秘而龐大的關係網，每年一次的大會有時多達千人，積聚了很大的政治能量，從而吸引了衆多在職官員參與其中，小官加入其中可相互取暖，大臣也願意引以爲後盾，形成了勢力龐大的東林黨。東林黨是明朝黨爭的始作俑者，對明代政治影響深遠。
東林黨雖然站在道德的制高點上，以氣節道義相號召，以君子自居，但有一點是可以肯定的，結黨必定營私，結黨必破壞平衡，無論古今中外，結黨都不是一個好現象。
“風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；家事、國事、天下事、事事關心”這個漂亮的對聯，也不能掩蓋結黨的消極方面。
事實上這幅對聯是有毛病的，一個人要知所進退，尤其是在工作中要守“本分”，不該聽的不要聽，不該關心的事不要關心，不能“聲聲入耳”、“事事關心”。
“本分”二個字，可不是說着玩的，它是一種境界，也是一種修養，在一部分廷臣看來，顧憲成等人的問題，就在於太不守“本分”。
由於東林黨人對政治生態平衡的破壞，威脅到其它非東林黨人的利益，許多非東林黨的官員爲自保也紛紛以地域爲單位，以高官爲領袖，結成幫派，一時朝中宣黨、浙黨、楚黨、齊黨林立，他們聯合起來打擊東林黨人，而萬曆皇帝也逐漸對東林黨感到厭惡，因此，在萬曆期間，東林黨使終在黨爭中處於下風。
一開始雙方尚未在朝堂上公開交手，而是利用京察互放冷箭。
明代“京察”和“外察”是對官吏進行考覈的兩種制度。“京察”是考察在京任職的官員，每6年一次；“外察”是考覈在地方上任職的官吏，每3年一次。一般是趁外官來京師朝見皇帝時給以考察。“京察”是根據官員的政績、品行，來決定升遷、降調或罷官等獎懲。若是“京察”中被罷了官，就將終身不再起用，政治生命就此結束。
由於“京察”的致命性，常常成爲官僚間互相鬥爭的一個重要場合，東林黨和非東林黨人開戰以後，京察更是成爲雙方的主戰場。
萬曆三十三年，主持“京察大計”的是東林黨人都御史溫純和吏部侍郎楊時喬，他們藉機把浙黨官員錢夢皋、鍾兆鬥等人貶謫了。但南京的“京察大計”主持者則是齊、楚、浙黨主持，他們也斥逐東林黨的官員。