魏忠賢出手打擊汪文言對東林黨人震動很大，儘管東林黨人與魏忠賢集團長期齟齬，但這些鬥爭都是針對個別人，涉及到的人物也都無關緊要，這次魏忠賢對汪核心舞劍，意在整個東林，與以往有本質的區別，東林黨人對此深感不安。
天啓四年（1624年）上半年，汪文言事件後不久，東林黨人在北京召開秘密會議，討論魏忠賢的問題。
東林黨內部就是否與魏忠賢攤牌意見不一，相當一部分人忌憚魏忠賢的權勢，擔心打狗不成反被狗咬，不贊成對魏忠賢發起攻擊。
左副都御史楊漣爲人激進，又曾在天啓即位時有逼宮壯舉，有恃無恐，他力排衆議，主張向魏忠賢開戰。
六月一日，楊漣上疏攻擊魏忠賢，彈劾魏忠賢二十四大罪，包括擅權、迫害忠臣、干預人事任免、謀殺宮中異己、強迫皇后墮胎、絕帝〔天啓皇帝〕嗣子等。
楊漣奏章直斥天啓與魏忠賢、客氏的三角關係，指出魏忠賢權大震主，人們怕禍不敢反映意見，魏忠賢偶爾“奸狀敗露”，又有客氏“爲之彌縫”。
他批評皇上政務過於依賴魏忠賢，造成大量無恥朝臣對魏忠賢“攀附枝葉，依託門牆，更相表裡，迭爲呼應”，以至於人人“但知有忠賢，不知有陛下”。
他質問皇上，正值“春秋鼎盛”之年，“生殺予奪，豈不可以自主？”
最後，楊漣提出了自己的要求，請皇上將魏忠賢交刑部議處，“以正國法”，並將奉聖夫人客氏驅逐出宮。
奏疏一出，京師爲之震動。此後東林黨人炮火源源不斷，揭發魏忠賢罪狀的奏疏像雪片一樣送進宮中。
儘管楊漣等人的火力很猛，可他註定是要失敗的，因爲結黨本身是有問題的，任何一個帝王都不會允許，對東林黨的處罰，是天啓本人的意思，魏忠賢雖然起到了參謀助手作用，並具體負責執行，但最終決策權還是牢牢掌握在天啓手中，魏忠賢不過是皇帝的一隻狗而己，皇上讓他咬誰，他就咬誰。
毫無懸念，楊漣受到天啓“嚴旨切責”，天啓批評他的動機是“屏逐左右，使朕孤立”，以便控制皇上。在天啓的支持下，魏忠賢對上疏的東林黨人進行大規模的反擊。
工部官員萬燝，曾任職皇陵工程，他控告魏忠賢不肯拿出內官監的舊銅器建築光宗的陵墓，而在香山碧雲寺爲自己建造的墳墓卻很宏大，跟皇陵不多。
萬燝的立論奇特，而且上疏時間在皇帝屢次“嚴旨切責”之後，屬於頂風作案。
被朝臣彈劾搞得焦頭爛額的魏忠賢正無處出氣，決定殺雞駭猴，拿萬燝立威，於是萬燝被罰午門前杖一百，罷斥爲民。
六月十七日，一幫內侍闖入萬燝家，將萬燝抓往午門。
從萬燝家到午門有三四里路，魏忠賢公報私仇，讓內侍們先上點小菜，一路上對萬燝拳打腳踢棍毆，把萬燝打了個半死。到午門後，開始上大餐，內侍們趁熱打鐵，行梃杖時格外賣力，將萬燝打得死去活來，萬燝身受重傷，不久死去。
此後，對東林黨的打擊不斷擴大，由點到線，由線到面，一批東林黨人受到處理。
七月，葉向高被逼去職。
十月，趙南星、高攀龍、魏大中因人事問題被罷黜。
同月，因吏部尚書趙星南的繼任人選問題將楊漣、左光斗、陳於廷削籍（永不錄用）。
十一逐斥接替葉向高的首輔韓爌
十二月逐斥接替韓爌的首輔朱國楨，首輔之位落入魏忠賢集團的顧秉謙手中。
天啓五年（1625年），打擊東林黨的行動掀起**，許多反對東林黨的人與魏忠賢結合在一起，展開了對東林黨的大圍剿。爲了明確打擊目標，東林黨的反對者們制定了黑名單，獻給魏忠賢，以便定點清除。
魏廣微和顧秉謙搞了一本《縉紳便覽》，其中將葉向高、趙南星、高攀龍、楊漣、左光斗等一百餘人列爲邪黨，將賈繼春、霍維華、徐大化等六十多名反對過東林黨的人列爲正人。
崔呈秀搞了兩本：一本是《同志錄》，收錄東林黨人名單。一本是《天鑑錄》，收錄東林黨反對者名單。
最精彩的要數王紹徽編的《點將錄》，王紹徽是老牌東林黨反對者，從萬曆三十七年就和第一代東林黨人掐過架。他編的《點將錄》將東林黨一百零八人按其特徵分別對應《水滸傳》中的一百零八將，十分傳神。
大批東林黨人被揭發出來，成了禿子頭上的蝨子，無處躲藏，魏忠賢集團按圖索驥，定點清除，東林黨的勢力跌到了低谷。
在打擊東林黨的同時，魏忠賢起用非東林黨人填補東林黨人留下的空缺，一批曾經被東林黨人打擊過的官員紛紛官復原職，爲了防止東林黨人阻撓，此時的人事任免一般都是通過皇帝中旨的方式下達，而不是通過傳統的由內閣票擬的手續。