十餘分鐘後，日本海軍的加賀號航母被一枚250公斤的穿甲彈擊中，脆弱的木質飛行甲板根本不能對從天而降的炸彈造成阻礙，隨着一聲轟天巨響，被命中飛行甲板中部的加賀號從機庫中冒出一陣濃煙，飛行甲苯也因爲這一發炸彈喪失了回收飛機的能力，還沒等日本人撲滅大火，接着機庫中又是一聲轟天的巨響，那是日本人堆積在機庫中的彈藥被引爆了，這次幾乎四分之一的飛行甲板被完全摧毀。
南雲看着濃煙滾滾，烈焰翻騰的加賀號航母，痛苦的閉上雙眼，呻吟道：“加賀號，帝國的加賀號完了！”
加賀號航空母艦是日本第一代的改裝的航空母艦，原來設計是戰列艦，作爲“八八艦隊計劃”的一部分，1920年7月開工，由神戶川崎船廠建造，1921年11月17日下水，按照1922年簽訂的華盛頓海軍條約規定：“加賀”號1922年停工，原計劃解體，日本將停建的主力艦的“天城”號、“赤城”號改裝爲航空母艦，1923年日本發生關東大地震，在船廠的“天城”號因龍骨被扭曲而報廢，日本遂將原定停建銷燬的艦體稍小的戰列艦“加賀”號接替“天城”號，改造爲航空母艦。
加賀”號1923年後重新開工，1928年3月21日完工，剛建造完成時“加賀”號的整體佈局形式與赤城號航空母艦相似，都安裝三段式飛行甲板，也是日本海軍中唯一兩艘採用三段式飛行甲板的航空母艦，三段式飛行甲板，呈階梯狀分爲三層，上層是起降兩用甲板，全長約190米，中、下兩層與雙層機庫相接可供飛機直接從機庫起飛，中層甲板供小型飛機起飛，長約15米，下甲板層較長供大型飛機起飛，長約55米，寬約23米，上層飛行甲板前端下面是橫跨艦體兩舷的艦橋，與“赤城”不同的是橫臥式煙囪延伸到艦尾附近，同樣安裝200毫米口徑火炮，其用途爲壓制以魚雷奇襲艦隊的水面艦，但赤城號的經驗認爲設置在右舷的煙囪排煙會影響戰機的起降，故在左右兩舷裝設巨大排煙管，試圖將煙引導致艦艉排放，但卻引發甲板與住艙的鄰近區域平均攝氏40度的高熱問題，同時引導到艦尾的廢氣仍然會干擾降落作業，因此這項設計和三段式飛行甲板的設計是相當失敗的。
進過使用後發現許多不便，在1934年6月至1935年10月“加賀”號在佐世保海軍造船廠進行現代化改裝，原先設計是想參考美國海軍的列星頓級航空母艦作爲範本，但是在“友鶴事件”之後所有日本船艦都進行重心的再計算，爲了減少側風面積因此列星敦級的艙面甲板設計被全面放棄，改爲與赤城號類似的航艦設計。
主要修改之處是向下彎曲的橫臥式煙囪因爲佔用艦艇空間過多加上煙囪溫度讓艦內環境不良因此取消，改成與“赤城”號相同的直接伸向舷外往海面大幅彎曲的樣式，這個修改讓“加賀”號減輕了100噸的重量，艦載機降落時亂流問題減少，也讓以往在煙囪旁的士官兵住艙以及飛行甲板高熱問題得以解決。
因爲跑道過短無法適應新級飛機的起降，取消不實用的中下兩層飛行甲板，改裝全通式飛行甲板，飛行甲板延伸至艦首用立柱支撐，在飛行甲板前方預留了飛機彈射器裝設空間，但是直到擊沉前日本的彈射機仍未研發完成；升降機增爲3座，島式艦橋設在艦體右舷，便於與“赤城”（島式艦橋設在艦體左舷）編隊並行時各自的飛機起飛、降落，飛行甲板改裝時“加賀”號同時進行主機更換，將2具英制布朗-柯蒂斯式渦輪機（brown curtis turbine）更換爲國產的艦政本部式渦輪機，因此艦尾略微延長。
艦艇武裝在改裝時也做了近代化，原先舊式的120公釐雙連裝高射炮撤除改換新級127公釐雙連裝高射炮，提高高射炮炮位讓高射炮火網可掩護僚艦；200公釐主炮則維持10門，在火力上是現在日本所有航空母艦中的首位。
主機更換與艦內可用容積增加後，艦內燃油搭載量增加至8200噸：“加賀”號的標準搭載機增加到90架，有必要時最大搭載機可到103架（這是使用九六式艦上戰鬥機等舊級機時狀態）；最高航速增加至28.3節，巡航速度由14節8000海浬提升至16節10000海浬；但是這次開戰之前，這種速度被第二航空戰隊長山口多聞嫌太慢，因此在一開始時曾經建議把第一航空戰隊排除在攻擊序列（赤城短腿：“加賀”速度不足），但是因爲“加賀”號的艦載機人員是日本海軍中參戰經驗最豐富的一羣，因此力保此艦得以參戰。
但是南雲怎麼也沒有想到，這剛開戰沒多久，加賀號就慘遭重創，自從被首發命中後，加賀號的噩夢似乎來臨了，在六點四十六分，加賀號再次被兩發穿甲彈命中，一發命中艦艏，一發命中右舷艦島前方的一輛油罐車，直接引發了恐怖的大爆炸，燃燒的燃油開始在木質甲板上蔓延，巨大的爆炸力直接破壞艦橋，艦長岡田次作上校以下的艦上重要幹部當場死亡；炸彈以及燃料引發的大火讓艦上狀況失控，在七點整的時候加賀號再次被一發炸彈命中右後部，四發炸彈的命中讓加賀號完全喪失了作戰能力，在七點三十分伴隨着太陽下山，加賀號被下令棄艦，在夜色中加賀號火勢延燒到汽油槽引發大爆炸，不久艦體斷成兩截帶着大部分艦載機沉入了海底。
在加賀號受到重創的時候，其他日本艦船的處境也不樂觀，和加賀號呈上難兄難弟的是飛龍號，在加賀號被擊中沒有十分鐘，飛龍號也被一枚炸彈擊中艦艏。
飛龍號這艘航母是日本第二代專門設計的航母，在設計建造時，日本海軍基於“友鶴事件”以及“第四艦隊事件”的教訓，對“飛龍”號的設計也產生影響，飛龍號和蒼龍號比，進一步加強了艦體結構強度，提高了艦艏幹舷，改進了裝甲防護，飛龍號比蒼龍號稍寬一些，排水量比蒼龍號更大，有別於“蒼龍”號的雙船舵設計：“飛龍”號則改爲單船舵。
飛龍號航空母艦最大的變化是島式上層建築改到了左舷(蒼龍號島式上層建築位於右舷)，當時海軍航空本部對“飛龍號”的設計提出建議，島式上層建築的理想位置應該儘可能靠近船體中部，中部也是煙囪的最好位置，於是乾脆把島式上層建築移到左舷，按日本海軍的邏輯，兩艘姊妹艦在並行時，準備在左邊艦上(蒼龍號)降落的飛機，在上空整理隊形或返航準備降落時，可以向左盤旋；在右邊艦上(飛龍號)降落的飛機可以向右盤旋，兩艦的飛機不會發生空中交通衝突，這種見解在航空母艦“赤城”號和“加賀”號進行現代化改裝的時候就被採納了，但英國航空母艦的實踐已經表明，飛行員在降落過程中一旦碰到麻煩，由於某些原因往往向左轉，左舷島式上層建築造成的降落事故比右舷多一倍，實際上：“赤城”號在“飛龍”號竣工之前完成改裝，實踐表明並不象想象中的那樣，但要補救“飛龍”號上層建築配置在左舷的問題已經來不及了。
在這次出征中，飛龍號與蒼龍號編爲第二航空戰隊，作爲第二航空隊的旗艦，在被命中第一發炸彈後，山口多聞當機立斷命令部隊吧還在甲板上堆積的加油的油罐車和彈藥全部推入海中，所有的飛機不管什麼飛機全部起飛，但是這個命令植被執行了一半，飛機根本沒辦法起飛，因爲在高速機動時起飛就是在玩命，接下來一段時間飛龍的運氣似乎好了不少，中國飛機投下來的炸彈似乎都有意識的偏航，對飛龍號都沒有構成威脅。
正在全艦的船員都在感謝天照大神照顧時，隨着一聲轟天巨響，在指揮室裡指揮作戰的山口多聞被猛地甩在了甲板之上，還等他爬起來就聽見周圍有人喊：“航母左舷被魚雷命中，機艙大量進水！”
這個時候，飛龍號裝甲薄弱的弱點就顯現出來了，一枚魚雷就基本上癱患了這艘鉅艦，接着趁着這艘航母航速降低的時候，新的一輪圍攻開始了，頓時幾乎同一時間，飛龍號再次被四發從天而降的穿甲彈命中，隨着一連串的爆炸，大火在飛龍號上燃燒起來，火勢很快蔓延，很快機庫內已經加滿油的飛機被接連引爆，飛龍號完全報廢，隨着機艙進水的增加，航速也漸漸的減慢，六點五十分，一架魚雷攻擊機再次突破日本的防空火力，在飛龍右舷260米處投下一枚魚雷，沒過多長時間在飛龍號全體艦員的絕望的中目光，這枚魚雷轟然在右舷爆炸，屢受重創的飛龍號再也支持不住，在7點20分沉入海底，準備與艦同沉山口多聞幾乎是被手下綁着轉移到了蒼龍號上。
七點三十分後，隨着夜幕漸漸的降臨，中國空軍的攻勢終於開始減弱，機羣開始返航，日本艦隊總算逃過一劫，在南雲的司令室內，看着手裡的損失報告，南雲心痛的幾乎要暈過去，在中國機羣返航沒多久，日本的第一攻擊波次也返航了，但是去的一百多架飛機回來的只有不到三十架，其中還有一半身上帶傷，降落之後就宣告報廢，戰果卻是擊傷兩艘航母，而自己這方呢？航母沉沒兩艘，蒼龍中創，赤城號輕創，長良號輕巡洋艦被擊沉，神國丸號油船被擊沉，另外還有三艘驅逐艦被擊沉，其他艦隻也有三分之一都扶了不同程度的傷，出師未捷，這樣的結果讓南雲難以接受。
有別於日本這面的情緒低落，士氣消沉，中國的艦隊方面卻是歡聲笑語不斷，首戰得勝，自己航母部隊再建奇功，相對於日本艦隊方面的慘重損失，自己這面的艦隻基本上都沒有社麼損失，這讓人怎能不喜，