出乎桓溫乃至所有人的意料，這場叛亂其實與海西公並無多大的瓜葛，也全無他等想象中的勢大，一切都是一個名叫盧悚的人搞出來的。
盧悚，彭城人，天師道教徒也。其時天師道繁盛，不但擁有大量底層民衆信徒，而且得到了統治階級的尊崇，上至皇室中人，下至許多世家大族子弟，譬如琅琊王氏、孫氏（就是日後的海賊王孫恩所屬的家族，孫家裡頭包括孫恩本人在內，很多都是天師道的重要成員）、陳郡謝氏、高平郗氏、義興周氏等等，不一而足，皆奉其道義。只是其內部組織鬆散，良莠不齊之下，每多生事。
盧悚本不過是個普通教徒，然而此人腦子靈活，最擅搞事。拿今天的話來講，這廝根本就是個妄人，他自稱大道祭酒，在彭城聚集徒衆八百多家，從此野心日增，生起了“做一番大事”的想法。
聽說司馬昱昏倒朝堂，盧悚立刻感覺到自己的機會到了，他先是派遣弟子許龍跑去吳縣，尋機會接近海西公，詐稱持有太后密詔，請司馬奕復辟。司馬奕倒是心動了一下，虧得家中有個侍女極有見識，勸道：“郎主當初就是因爲皇帝的身份這才遭了禍，如今僥倖留得性命，如何還敢輕舉妄動，自己惹禍上身？何況真是太后下詔的話，肯定會派遣相熟的官員前來，怎麼能指望一個毫不相識的外人？此事定然有詐！”
海西公司馬奕醒悟過來，於是向負責監視他的吳國內史刁彝告發許龍，結果許龍見機得早，脫身逃走了。許龍回來和盧悚這麼一報告，盧悚頓時急了，然而這廝又是個膽大包天的妄人，不但沒有逃竄，反而迅速調集了幾百名死忠的弟子趕往建康附近聚集，伺機起事。
本來建康宮內有五千禁衛駐防，外城又有驍騎軍梭巡，盧悚與手下的幾百狂熱信徒可謂全無機會。可巧司馬昱病勢加重，桓黨與王黨在建康城裡展開了一番明爭暗鬥，結果便把五千禁衛給調去了京口，盧悚聞訊大喜，趕忙調兵遣將，整備武器，隨時打算動手。
好消息接踵而來——司馬昱突然駕崩，桓溫聞訊自姑孰匆匆出發，百官盡數出城往新亭相迎，驍騎軍更是全軍龜縮在丹陽郡城裡頭，無一人外出。。。盧悚仰天狂笑：“此天助我也！建康空虛至斯，此時不動，更待何時？”當下擁集徒衆，打起海西公司馬奕的旗號，一舉衝入了建康宮北門廣莫門，四處燒殺起來。
王謝召集來護衛宮廷的內衛本就人數不多，今日又派了半數前去新亭，宮中所留不過百餘，防衛薄弱已極；又遭盧悚賊衆突襲，猝不及防之下丟盔棄甲，節節敗退。好在內衛皆是忠心之人，雖敗不亂，保護着太后與新君直退到了雲龍門之後，仗着雲龍門一帶地勢狹窄、宮牆高大，大夥兒先頂住了門，繼而在高牆上射箭禦敵，總算穩定了形勢，沒讓賊衆再殺進來。
內衛頭領又派出幾個身手敏捷的衛士，翻過牆頭突圍出去找驍騎軍求援。結果今日驍騎軍得段隨下了死令，若非他親自下令，任何人不得出丹陽郡城半步，違者皆斬！衛士們死活央求也無濟於事，只好借了馬匹趕來新亭求救。
事出突然，賊衆們又到處點火，宮中早已亂成了一團糟，內衛們也搞不清到底來了多少叛賊，因此方纔話裡就講得不甚清晰，這才讓桓溫“痛下決心”，派出了驍騎軍入宮平叛。
結果段隨急急趕回去，拉上部隊瘋也似地殺至建康宮，正打算血戰一場，卻發現敵人不但人數不多，戰力也只是稀鬆平常，此刻久攻雲龍門不下，反被射倒了不少，早就士氣低落，陣腳散亂。於是驍騎軍只一輪衝擊，賊衆便如冰雪消融，瞬間七零八落。
一炷香時間，建康宮裡的叛亂即告被鎮壓。數百賊人十停死了八停，餘人包括賊首盧悚在內，盡皆被俘，只有許龍發揮了其一貫高超的逃命大法，趁亂匿去無蹤。
段隨不敢怠慢，命令驍騎軍衆將士仔細搜尋宮中，以防尚有賊人隱匿；又分派人手四處滅火、清理宮室。。。忙了個不亦樂乎。
再後來桓溫帶着五百鐵衛也趕到了；百官聽說叛亂已經平滅，紛紛鑽出頭來，向着建康宮彙集；太后帶着戰戰兢兢的新君回到太極殿，迎來了大司馬還朝後的第一場朝會。
朝會開啓，第一件大事自然是受命輔政的錄尚書事、大司馬桓溫拜見新君。當然，桓大司馬可不會畢恭畢敬地行什麼大禮，反而是新君上前噓寒問暖，一副誠惶誠恐的模樣。桓溫對新君的表現還算滿意，撇撇嘴，說道：“溫當擇日前往高平陵，拜祭先帝！”新君唯唯稱是。
大約司馬昱覺着自己這皇位待不長久，去年甫一登位便着手修築自己的陵墓高平陵，規模並不算宏大，到了這時也將將修成了。倒好！果然他一命嗚呼，用上現成的了。王謝手腳也快，昨日連夜將司馬昱的遺體送去了陵中，還美其名曰：“國家多事之秋，遵先帝遺願，宜簡葬。”桓溫見不着司馬昱最後一面，按禮總要去陵前拜祭一番。
大司馬與新君交流已畢，接下來這朝會便與新君關係不大了，基本上成了桓溫的一言堂。
盧悚竟敢冒天下之大不韙，聚衆衝殺皇宮，可謂罪大惡極。桓溫將其定性爲“妖人”，即刻斬首示衆，並誅其族；追隨他的信徒同樣推出斬首，一個不留；又派人前往吳縣，追查海西公是否參與了此次變亂。
虧得家中有一位聰慧的侍女，海西公不曾稀裡糊塗地跳上盧悚這艘小破船，又得吳國內史刁彝爲他作證，桓溫便不再追究。經此一事，司馬奕越發小心謹慎，故意沉溺酒色之中，整日裡喝得爛醉如泥，不問世事，免得朝廷再對他生出疑心。先前桓溫誣他生了痿疾（陽痿），司馬奕竟也甘於屈辱，但有妻妾生下孩子，他便全部溺死。時人聞之，皆心生哀憐，朝廷也不再對之防備。雖說過得如此悽慘，但也正因如此，司馬奕居然活到太元十一年（公元386年）纔去世，也算是善終罷。這些都是後話，按下不表。
桓溫殺盡盧悚及其黨徒，這還不算完。他借題發揮，又揪出了尚書陸始，以“替慢罪”（即玩忽職守罪）革職查辦，打入大牢。陸始是江東望族的代表人物，與南渡大族素來不對付，也是桓溫的眼中釘。這次桓溫還朝，與王謝“暗戰”了一番，自知暫時不宜去動王謝，可也不肯空手而歸，便拿江東望族開刀。王謝保住了自己，也不願再多事，何況江東望族與他們之間並不和諧，同樣是一堆矛盾，於是便任由桓溫出手不加阻攔，這也算是政治角力中的一種相互妥協罷。
大約桓溫覺着收拾陸始這件事辦得相當簡潔順暢，腦子一熱，又順帶着處置了一幫與陸始交好的朝臣，多半屬於江東望族，一樁盧悚案好歹讓他剷除了不少異己，心中好過許多。
這一下江東望族不幹了，紛紛跳出來指責盧悚之亂裡頭，禁軍宮衛亦負有不可推卸的責任，這是盯上毛安之了。
桓溫面色微慍，倒是沒想到他等的反擊來得這般迅速。毛安之可是桓溫的左膀右臂，之後還要指着他控制建康局勢，桓溫如何肯輕易處置？沉吟了半晌，桓溫突然嘴角一揚，高聲道：“諸君言之有理，且罷去中領軍、散騎侍郎桓秘諸般官職，以儆效尤！”
此言一出，江東望族們氣焰頓消，再也無法挑刺。桓秘是中領軍，照道理不論禁軍還是內衛，統統由他掌管，正是毛安之的頂頭上司；他又是桓溫的親弟弟，桓溫把這一位推出來抵罪，於公於私，大夥兒可都沒話說啦。
瞧着江東望族們吃癟的樣子，桓溫臉上裝出冷肅痛心的表情，心中卻在暗暗偷笑，別看他“被迫”罷免了桓秘的官職，其實心中可沒半分不快。
桓家幾個兄弟之中，就數桓秘最不爭氣，既無鎮守一方的才能，做箇中領軍也是吊兒郎當。譬如這回內廷之爭，毛安之的禁軍被趕出了皇宮，按理說這當口桓秘應該挺身而出，把內衛抓在自己手裡，可這廝毫無作爲，要緊時刻也不知在哪裡花天酒地，讓桓溫失望透頂。
偏偏桓秘還自負才華橫溢，目空一切，連桓衝也看不起，平日裡說話行事更是處處令人生厭。桓溫對他早就生了不滿之意，這次狠下重手，可不光光是迫於江東士族的壓力，說白了還是藉機修理下這個讓自己恨鐵不成鋼的弟弟，順便又把自己大公無私的形象豎立起來了，何樂不爲？
再處理了一些朝政，眼看朝會將散，桓溫忽然從上首大步跨了下來。大夥兒吃了一驚，不明所以，就見桓溫直直走到段隨面前站定了，臉上看不出一絲表情。
又來了！百官再次緊張起來，心想：段隨這廝真是晦氣，看來大司馬終究不肯放過他啊！
便在這時，桓溫臉上突然綻出一絲笑顏來，緩緩道：“段隨你平叛有功，好！好！好！”
羣臣一片譁然：哦！倒是我想錯了，原來大司馬與段隨和解了。
紛紛攘攘的朝堂之上，桓溫的聲音霍然拔高了八度：“段隨與其部驍騎軍武勇過人，忠心可嘉，當移駐彭城，清剿妖人盧悚殘部，並震懾北地宵小，以彰我大晉國威！”
我去！這彎子拐的，也太大了點罷！好幾個官員沒能憋住胸中的悶氣，咳嗽起來。大夥兒均想：就說嘛，這事哪能這麼簡單？大司馬終究還是把段隨調離建康，趕去了邊關！誒，只怕這不過是個開始罷，日後有的是讓段隨好受的。。。
段隨一滯，目光瞥處，似乎看到謝安微微搖了搖頭，又似乎沒有。
時間已容不得他多做考慮，桓溫目光炯炯，彷彿就快看透他的心房！段隨咬了咬牙，一拜到地：“謹遵大司馬令！”