清代的中央行政機構基本上承襲明制，六部直接受命於皇帝。但六部的領導體制和職能都有所變化。清朝的六部，是滿漢兩套長官，即一個滿人尚書，一個漢人尚書，侍郎也是滿漢各二，尚書和侍郎同爲“堂官”，共同負責部務。六部堂官以下的屬官，從堂主事、郎中、員外郎到主事，也同樣是滿漢各半。官員雖然滿漢各半，但權力關係卻不對等。一般來說，滿人長官的權力要大得多，各部、司的大印，例由滿人官員來執掌。但是，由於文化層次的差異，政治經驗的不同，漢宮的辦事能力（尤其是文字能力）一般要優於滿官，所以，在具體的行政操作層次，滿漢權力大體上還是平衡的。但是，這樣的安排，人口少得多的滿人，人仕機會顯然要比漢人大得多。
明清制度架構雖然一樣，但由於皇帝的行爲不同，政治操作的習慣各異，所以，六部的權限職能也有所不同。明代的吏部權力最大，吏部尚書不僅負責官員的升遷，而且是六部領袖，可以主持廷議和廷推，可以與內閣相抗衡。但是，清代的吏部，不僅官員升遷的權力已經被皇帝和軍機處拿走，而且也不是六部領袖，所有朝廷的議政會議，都由皇帝自己親自主持，吏部尚書只是各部堂官的一員而已。吏部的職能，只是負責官員的考覈，爲官員的升遷降黜提供參考意見，兼代辦理官員上任離任的手續，開捐時辦理相應手續，安排候缺的次序。
清朝的兵部，權限也有所縮減。軍政、軍令自有軍機處管，兵部所能管的只有武職將領的考覈，爲升遷提供資料。工部的事務也不多，歷來繁重的河工，已經另派河道總督管理，只有宮殿修繕的時候，他們纔有點事做。禮部的學校事務，多半由朝廷派出的學政管理。科舉考試也是皇帝另派主考、副主考操辦。部裡剩下的只是些朝廷的禮儀事務。
但是，刑部的事務比較繁多。由於清代皇帝親掌司法，所以必須爲他準備周全的刑獄資料。而且爲了防止皇帝抽查，凡是報到刑部的司法案件，資料必須詳盡而合乎法條，否則，一旦被皇帝查出毛病，事情就麻煩了。具體說來，刑部要負責各地司法案件材料的審覈，負責律例的修訂，還要負責各地死刑案件的審理。最後一項事務是跟皇帝直接有關的，所以必須小心謹慎。刑部秋審處必須提前將全國的死刑案件研究清楚，提出案件簡要的“說帖”（案件介紹），然後才能提交三法司審理，最後由皇帝勾決。三法司和皇帝的審理，實際上都要看秋審處的意見。所以，至少刑部的秋審處必須由精通刑獄的專門人士來擔任。秋審處有八個司員負責秋審，人稱“八大聖人”，據說2個個精通法律，而且性格剛直。
六部中事務最爲繁忙的要數戶部。戶部負責全國的財政收支，既負責賦稅和漕糧的徵收，也負責各個項目的錢糧發放。比較起來，戶部的所屬機構是最多的，設有14個分省區的清吏司，專門負責各省的賦稅和財政項目的報銷。清朝的大部分時間裡，地方財政基本處於無權狀態，所有收入都要上交，任何一項事務的開支都要向戶部報銷。戶部還負責軍隊開支、錢幣鑄造和發行、國庫管理。戶部的長官跟其他部也不一樣，除了尚書和侍郎之外，還有一個負責漕糧儲運的倉場侍郎，官衙設在通州。另有一個管理三庫的衙門（銀庫、緞匹庫、顏料庫），由管庫大臣負責。
清代是中央集權程度最高的朝代，集權的主要體現就是財權的集中。清朝的財政體制就是要地方一點可供自由支配的財權都沒有，凡是大一點的舉措，須由中央批准，在中央政府的掌控之中。地方沒有財權，便如嬰兒斷不了奶一樣，根本沒有可能作出出格的舉動，更談不上反叛了。當然，這樣一來，地方政府的彈性也沒有了，行政的效率自然也受到影響。當然，地方政府也不是一點應對之策也沒有。戶部雖然控制着所有的財政支出，但僅僅一個戶部事實上是無法對項目的開支進行有效監控的。只要有項目可以報銷，經手人必定虛報，所以，凡是有興兵（鎮壓小規模反叛）、工程、賑災等事項，只要給戶部經辦人員疏通好了，那麼支出肯定要大大超過實際花費。地方政府如此，其他部門也一樣，凡是有項目的地方，錢糧就溢出得多，因此河道總督往往是最肥的肥缺，清人筆記裡記載了很多關於河督奢費的故事，實際上反映了清朝財政體制的問題。
六部的尚書、侍郎，皆各部之堂官也。往例，堂官至，則衙役呵殿而入，惟工部，則司官均趨門外站班，若外官之於上司焉。他部皆否，但有呵殿耳。光緒丙午後所設之新部則無之。
堂官至，則掌印、主稿率全司司官魚貫而出，至堂檐下，書吏捧稿，每人而授之，使呈堂焉。受之者，莫知內容，亦勿庸知也。至堂上，則堂官整冠迎之，立而畫行，司官雁行立，畫畢，敬還司宮，不敢久閱以煩司官也。有問，則掌印、主稿肅以對，對畢，率其曹出，有隨班上堂數年，不得與堂官交一語者。
凡指麾一切者，謂之當家，部事向皆滿尚書當家，漢尚書伴食而已。四侍郎則更不事事，有半月不入署者。若管部爲滿大學士（注：清朝有時另派人爲管部大臣），或漢人而兼軍機，則實權在管部；若漢大學士管部，尚書則滿人而兼軍機，則管部絕不過問3。蓋視乎地位勢力而有異同也。然亦有以侍郎當家者，趙舒翹、沈家本之在刑部，皆以深明舊律，爲尚書所不及，實權乃漸集於侍郎。蓋因其人而生權力也。非當家之堂官，值司官來請畫稿，不敢細閱，謂之畫黑稿。故有任堂官數年而不知部事爲何物者。
掌印，佩司印之輸也。其事爲至榮，皆旗人，恆以繡荷包佩腰間以自表異。雖尚有幫掌印，掌印未至，印不得啓。漢人終身無佩印鍮者，有之，則在丙午後矣。主稿率以漢人充之。（徐珂：《清稗類鈔》第三冊）
清代六部體制的變化，事實上是皇帝集權趨勢所導致的。皇帝能夠直接管的事情，就直接拿到軍機處。如果需要專業技術的參與，直接管不了，那麼就將技術**務都集中到個別的部，如戶部和刑部，以便就近掌控。從某種意義上說，戶部只是皇帝的“總會計事務所”，而刑部則是皇帝的“司法顧問處”。六部沒有對各地督撫直接發佈政令的權力，所有來自中央的政令，都要由皇帝發佈。六部如此，原來對應六部的六科給事中諫議的功能也就只好退化了，變成了普通的御史。如錢穆先生所云，清既無宰相，六部亦幾下儕於具員。君權集中的程度較明代還高。小說.中國政治制度史導論（第2版）