嘉熙四年，蒙軍又紛紛南下，汪世顯再次攻克成都，窩闊臺汗趁勢遣達魯花赤月裡麻思爲使與宋議和。但這一次宋廷卻出奇強硬，扣押了月裡麻思，拒絕議和。這位月裡麻思也堪稱豪傑，宋人許以富貴毫不心動，被囚於長沙飛虎寨36年而卒，堪稱蒙古蘇武。後元世祖賜其子忽都哈思爲答剌汗，東征日本時戰歿，是蒙古（元）爲數不多的滿門忠烈。淳佑元年（1241年），窩闊臺汗駕崩，享年55歲，在大汗位12年，元世祖追贈廟號元太宗。窩闊臺汗崩時，大蒙古國通過“長子西征”，擊敗了俄羅斯、匈牙利、波蘭和波斯等國，只有進攻南宋始終不利。窩闊臺汗遺囑由闊出之子失烈門繼位，但年齡太小，暫時由其妻脫列哥那攝政，史稱乃馬真哈敦（哈敦相當於皇后）。但五年後乃馬真哈敦立其子貴由爲大汗，在位三年而崩，元世祖追贈廟號元定宗。這一段時間蒙古戰線拉得過長，更重要的是，遊牧民族每一位領袖去世，都意味着新一輪的內鬥開始。
貴由汗甚至曾率兵西征金帳汗國，不過崩於途中，避免了蒙古的一次嚴重內耗。貴由汗崩後，其妻海迷失哈敦攝政。此時闊出之子失烈門、拖雷之子蒙哥、貴由之子腦忽、忽禿黑展開了激烈爭奪，三年沒有選出新的大汗。這一段時間蒙古非常混亂，而且沒有留下史料，《元史》只能以一句“行事之詳，簡策失書，無從考也。”來交代。南宋也獲得了寶貴的喘息之機，對自身進行了調整。四川是南宋的三大防區之一，也是最重要的上游屏障和經濟支柱，但曹友聞歿後戰績非常糟糕，川軍早已不復當年吳氏兄弟的威風。淳佑二年，宋廷以大理少卿餘玠爲兵部侍郎、四川安撫制置使兼知重慶府。當時四川大部分地區包括成都都已淪陷，餘玠此去既要重振川軍，更要先收復失地。赴任前餘玠慨然對理宗保證：“手挈全蜀還本朝，其功日月可冀。”孟珙也支援了6000軍、10萬石軍糧隨餘玠入川。蒙軍不能在成都平原上堅守，於是又焚平成都，退出四川，恢復此前穩固的川陝邊界。
在餘玠之前16年間，四川換了三名宣撫使、九名制置使、四名副使主持工作，有的昏庸無能，有的在任太短，四川軍政日益敗壞。餘玠到後，人心初定，開始大力整飭。餘玠最重要的工作是深入研究四川的地形，在險要處築城，以使蒙軍不敢輕入。尤其是合州（今重慶合川）釣魚山，最爲形勝，“賢於十萬師遠矣，巴蜀不足守也。”隨後餘玠又築青居、大獲、釣魚、雲頂、天生等十餘城，都是因山爲壘的險要，將郡守都遷徙至城砦中，囤積物資，這些城砦尤其是釣魚城後來都成爲抗蒙戰爭的中堅。在餘玠的治理下，四川恢復了元氣，在與蒙軍作戰中屢屢獲勝。蒙軍多次突入四川劫掠，在餘玠的打擊下往往得不償失。中路的孟珙更是隻手遮千里，不但在京湖戰區屢敗蒙軍，還經常馳援川東、淮西，威風八面。直面京湖戰區的蒙古河南行省人心惶惶，“降者不絕”，甚至領行省事範用吉（女真族，原名孛術魯久住）也秘密聯絡孟珙請降，但宋廷沒有同意接受。
當時孟珙已病重，嘆道：“三十年收拾中原人，今志不克伸矣。”以檢校少師、寧武軍節度使致仕。淳佑六年（1246年）九月，漢東郡公孟珙薨，享年51歲，累贈至太師，封吉國公，諡忠襄，立威愛廟。孟珙滅金抗蒙，無疑是南宋後期最耀眼的一顆將星，雖名氣遠遠不及岳飛，但如果僅論戰績，未必在岳飛之下。而餘玠的下場比孟珙要慘一些，他雖累官至資政殿學士、四川制置大使，但在任上因爲工作關係得罪了下屬的雲頂山統制姚世安。姚世安聯合宰相謝方叔等對抗餘玠，餘玠鬱鬱不樂。寶佑六年（1258年），餘玠聽說要召他入朝，非常不安，一天晚上突然就死了，有人說是服藥自盡。“蜀之人莫不悲慕，如失父母。”餘玠的生年、贈、諡均不詳。在窩闊臺汗崩後十年間，蒙古陷入內亂，南宋也獲得了寶貴的喘息之機。但隨着孟珙、餘玠這兩位旗幟性名將的去世，宋軍其實也並不樂觀。而蒙哥汗（元憲宗）繼位後，蒙古卻走出調整階段，進入新一輪強盛期。宋軍也將迎來更加殘酷的新挑戰。